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- PDB-9pda: Structure of Porcine Trypsin Crystals Grown From PEG and Complexe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9pda
タイトルStructure of Porcine Trypsin Crystals Grown From PEG and Complexed With Crystallization Additives IV
要素Trypsin
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Crystallization / additives / PEG / Silver Bullets / ligands / solvent regions / refinement
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / digestion / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZAMIDINE / MALONATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / Chem-PG6 / PYROMELLITIC ACID / Trypsin
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.18 Å
データ登録者McPherson, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Porcine Trypsin Crystals Grown From PEG and Complexed With Crystallization Additives IV
著者: McPherson, A.
履歴
登録2025年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trypsin
B: Trypsin
C: Trypsin
D: Trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,919120
ポリマ－97,7144
非ポリマー15,205116
水22,6451257
1
A: Trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,11820
ポリマ－24,4281
非ポリマー2,68919
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,39132
ポリマ－24,4281
非ポリマー3,96231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,08929
ポリマ－24,4281
非ポリマー3,66028
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,32139
ポリマ－24,4281
非ポリマー4,89338
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.660, 50.720, 125.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.520, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Trypsin


分子量: 24428.424 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00761, trypsin

-
非ポリマー , 11種, 1373分子

#2: 化合物
ChemComp-BEN / BENZAMIDINE


分子量: 120.152 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#3: 化合物
ChemComp-PG5 / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE


分子量: 178.226 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O4
#4: 化合物 ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE


分子量: 266.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O6
#5: 化合物...
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION


分子量: 102.046 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H2O4
#8: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-PMA / PYROMELLITIC ACID


分子量: 254.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H6O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.89 % / 解説: monoclinic prisms
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Sitting drop vapor diffusion in Cryschem plates with reservoirs of 30% PEG 3350 buffered at pH 6.5 with 0.1 M HEPES. Drops composed of 3 ul reservoir, 2 ul of additive mix (oxalic acid, malic ...詳細: Sitting drop vapor diffusion in Cryschem plates with reservoirs of 30% PEG 3350 buffered at pH 6.5 with 0.1 M HEPES. Drops composed of 3 ul reservoir, 2 ul of additive mix (oxalic acid, malic acid, oxaloacetic acid, pyromellitic acid), and 3 ul of a 40 mg/ml protein stock

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年7月4日
放射モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.18→48.17 Å / Num. obs: 288012 / % possible obs: 91.06 % / 冗長度: 4.81 % / Biso Wilson estimate: 15.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.18→1.22 Å / Rmerge(I) obs: 0.346 / Num. unique obs: 800

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
d*TREKデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.18→39.25 Å / SU ML: 0.1897 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1 / 位相誤差: 28.2162
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2303 13008 4.96 %
Rwork0.1948 249236 -
obs0.1965 262244 91.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.18→39.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6568 0 1012 1257 8837
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01177679
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.279710068
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09951032
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01011241
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.0153005
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.18-1.190.42584330.42387648X-RAY DIFFRACTION85.1
1.19-1.210.39334200.40147705X-RAY DIFFRACTION84.86
1.21-1.220.41463900.39037717X-RAY DIFFRACTION85.35
1.22-1.240.3943990.38977946X-RAY DIFFRACTION86.96
1.24-1.250.38953700.35747820X-RAY DIFFRACTION86.58
1.25-1.270.3674130.35187944X-RAY DIFFRACTION87
1.27-1.290.37354740.33967925X-RAY DIFFRACTION88.01
1.29-1.310.36074010.32858074X-RAY DIFFRACTION88.52
1.31-1.330.34424160.29878194X-RAY DIFFRACTION89.91
1.33-1.350.31424550.27998109X-RAY DIFFRACTION90.02
1.35-1.370.31744450.26628263X-RAY DIFFRACTION90.57
1.37-1.40.28133680.23998297X-RAY DIFFRACTION90.62
1.4-1.430.2684590.21768291X-RAY DIFFRACTION91.49
1.43-1.460.27354450.2098323X-RAY DIFFRACTION91.62
1.46-1.490.24434560.19758398X-RAY DIFFRACTION92.57
1.49-1.520.24194470.18688334X-RAY DIFFRACTION91.92
1.52-1.560.22664260.17248466X-RAY DIFFRACTION92.9
1.56-1.60.21934690.1628519X-RAY DIFFRACTION93.52
1.6-1.650.22584460.15898543X-RAY DIFFRACTION93.61
1.65-1.70.21924710.15458471X-RAY DIFFRACTION93.21
1.7-1.760.19964540.14798548X-RAY DIFFRACTION93.81
1.76-1.830.20444230.14978534X-RAY DIFFRACTION93.54
1.83-1.920.1974520.15088556X-RAY DIFFRACTION93.65
1.92-2.020.20444170.15248571X-RAY DIFFRACTION92.87
2.02-2.140.21354460.17638208X-RAY DIFFRACTION90.22
2.14-2.310.22064150.18868040X-RAY DIFFRACTION87.5
2.31-2.540.22494510.19078366X-RAY DIFFRACTION91.18
2.54-2.910.21614670.18339058X-RAY DIFFRACTION98.67
2.91-3.670.20064340.17169205X-RAY DIFFRACTION98.75
3.67-39.250.21594460.19739163X-RAY DIFFRACTION96.67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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