PDB-9pcs: Crystal structure of Dihydrodipicolinate Synthase from Mycobacter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9pcs

タイトル

Crystal structure of Dihydrodipicolinate Synthase from Mycobacterium tuberculosis in complex with pyruvate

要素

4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

キーワード

LYASE / Complex / Substrate

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Rosa, L.V.S. / Dias, M.V.B.

資金援助

ブラジル, 5件

組織	認可番号	国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)	22/03967-9	ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)	20/03850-9	ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)	22/12234-5	ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)	2021/10577-0	ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)	2024/22643-5	ブラジル

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2025
タイトル: Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from Mycobacterium tuberculosis in complex with pyruvate and insights into allosteric regulation.
著者: Rosa, L.V.S. / Blaszczyk, B. / Blundell, T. / Dias, M.V.B.

履歴

登録	2025年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9pcs.cif.gz	930.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9pcs.ent.gz	769.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9pcs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9pcs_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9pcs_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	9pcs_validation.xml.gz	128.1 KB	表示
CIF形式データ	9pcs_validation.cif.gz	177.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/9pcs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/9pcs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

G: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

H: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

ヘテロ分子

250 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
125 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

G: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

H: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
125 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.470, 87.016, 141.059
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.19, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / HTPA synthase 分子量: 30888.221 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: dapA, Rv2753c, MTV002.18c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P9WP25, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

-
非ポリマー , 7種, 2797分子

#2: 化合物	ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID 分子量: 88.062 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2747 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.7 % / 解説: Thin plates
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 28% PEG4000, 170 mM MgCl2, 100 mM Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS SIRIUS / ビームライン: MANACA / 波長: 0.97718 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97718 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→47.86 Å / Num. obs: 347369 / % possible obs: 98.54 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 15.68 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.07 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 13.97
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.663 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 11409 / CC_1/2: 0.742 / CC star: 0.923 / R_pim(I) all: 0.307 / R_rim(I) all: 0.732 / % possible all: 90.76

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
pointless	1.12.14	データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→47.86 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1685	3939	0.58 %
R_work	0.151	-	-
obs	0.1511	347360	98.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→47.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17056	0	168	2747	19971

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	17769
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.894	24256
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.117	2685
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	2931
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	3185

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.52	0.3155	127	0.2722	22339	X-RAY DIFFRACTION	91
1.52-1.54	0.312	137	0.255	22837	X-RAY DIFFRACTION	92
1.54-1.56	0.268	127	0.2406	22991	X-RAY DIFFRACTION	93
1.56-1.58	0.2583	141	0.2232	23409	X-RAY DIFFRACTION	95
1.58-1.6	0.2169	141	0.2066	23603	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6-1.63	0.1833	132	0.197	23915	X-RAY DIFFRACTION	97
1.63-1.65	0.1795	117	0.1877	24237	X-RAY DIFFRACTION	98
1.65-1.68	0.2059	160	0.1806	24570	X-RAY DIFFRACTION	99
1.68-1.71	0.203	154	0.1814	24662	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.74	0.1992	134	0.1775	24524	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.77	0.2308	126	0.1766	24714	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.81	0.2029	170	0.1755	24623	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.85	0.2165	136	0.1764	24635	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.89	0.2035	133	0.1647	24686	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.94	0.1878	143	0.1573	24682	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.99	0.1626	141	0.1483	24744	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.05	0.1891	148	0.1488	24563	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.11	0.1787	132	0.1477	24718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.19	0.1671	157	0.1447	24594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.28	0.1798	143	0.1421	24671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.38	0.1606	140	0.1429	24628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.51	0.1775	141	0.1425	24643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.66	0.1455	135	0.1453	24646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.87	0.1669	147	0.1466	24715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-3.16	0.1618	142	0.1406	24583	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.61	0.1182	144	0.1282	24653	X-RAY DIFFRACTION	100
3.61-4.55	0.1088	146	0.1178	24531	X-RAY DIFFRACTION	99
4.55-47.86	0.1722	145	0.1445	24487	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -5.9989 Å / Origin y: 0.1332 Å / Origin z: 41.8896 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1403 Å²	0.0051 Å²	0.004 Å²	-	0.145 Å²	0.006 Å²	-	-	0.1503 Å²
L	0.0346 °²	0.0141 °²	0.0129 °²	-	0.0559 °²	0.0531 °²	-	-	0.0917 °²
S	-0.0026 Å °	0.0021 Å °	0.0059 Å °	-0.0161 Å °	-0.0091 Å °	0.0055 Å °	-0.0071 Å °	-0.0252 Å °	0.013 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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