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- PDB-9p6p: Crystal Structure of the SARS-CoV-2 2'-O-Methyltransferase with (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9p6p
タイトルCrystal Structure of the SARS-CoV-2 2'-O-Methyltransferase with (m7GpppA)pUpU (Cap-0) and S-Adenosyl-L-homocysteine (SAH).
要素
  • 2'-O-methyltransferase
  • Non-structural protein 10
  • RNA (5'-D(*(M7G))-R(P*AP*UP*U)-3')
キーワードTRANSFERASE / Viral Protein / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID) / 2'-O-Methyltransferase / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / ISG15-specific peptidase activity / TRAF3-dependent IRF activation pathway ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / ISG15-specific peptidase activity / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / snRNP Assembly / Replication of the SARS-CoV-2 genome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / double membrane vesicle viral factory outer membrane / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / SARS coronavirus main proteinase / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / DNA helicase / methyltransferase cap1 activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / regulation of autophagy / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / copper ion binding / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : ...RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / Lipocalin signature. / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / : / Coronavirus replicase NSP7 / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / RNA / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Maltseva, N. / Kim, Y. / Kiryukhina, O. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00035 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the SARS-CoV-2 2'-O-Methyltransferase with (m7GpppA)pUpU (Cap-0) and S-Adenosyl-L-homocysteine (SAH).
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Maltseva, N. / Kim, Y. / Kiryukhina, O. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
履歴
登録2025年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2'-O-methyltransferase
B: Non-structural protein 10
C: 2'-O-methyltransferase
D: Non-structural protein 10
E: RNA (5'-D(*(M7G))-R(P*AP*UP*U)-3')
G: RNA (5'-D(*(M7G))-R(P*AP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,86443
ポリマ－100,0796
非ポリマー3,78537
水9,494527
1
A: 2'-O-methyltransferase
B: Non-structural protein 10
E: RNA (5'-D(*(M7G))-R(P*AP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,65720
ポリマ－50,0393
非ポリマー1,61817
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 2'-O-methyltransferase
D: Non-structural protein 10
G: RNA (5'-D(*(M7G))-R(P*AP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,20723
ポリマ－50,0393
非ポリマー2,16720
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)168.471, 168.471, 99.945
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 2'-O-methyltransferase / Non-structural protein 16 / nsp16


分子量: 33627.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): magic
参照: UniProt: P0DTD1, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: タンパク質 Non-structural protein 10 / nsp10 / Growth factor-like peptide / GFL


分子量: 15075.190 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: rep, 1a-1b / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): magic / 参照: UniProt: P0DTD1

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RNA鎖 , 1種, 2分子 EG

#3: RNA鎖 RNA (5'-D(*(M7G))-R(P*AP*UP*U)-3')


分子量: 1336.800 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

-
非ポリマー , 6種, 564分子

#4: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-MGT / 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 7,8-ジヒドロ-7-メチルグアノシン5′-三りん酸


分子量: 539.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H20N5O14P3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.3 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein: 3.8 mg/ml (nsp10/nsp16 1:1), 0.15M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 7.5 , 2mM SAM, 1mM TCEP, 5% Glycerol; Screen: Classics II (B3), 0.5M Magnesium formate, 0.1M HEPES pH 7.5; Soak: 0.5 ...詳細: Protein: 3.8 mg/ml (nsp10/nsp16 1:1), 0.15M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 7.5 , 2mM SAM, 1mM TCEP, 5% Glycerol; Screen: Classics II (B3), 0.5M Magnesium formate, 0.1M HEPES pH 7.5; Soak: 0.5 hours, 0.2mM m7GpppAUU, 5mM SAH, in 2M Lithium sulfate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97913 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97913 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 117967 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 34 Å2 / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Rpim(I) all: 0.064 / Rsym value: 0.167 / Χ2: 1.006 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 5809 / CC1/2: 0.43 / CC star: 0.776 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→29.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 5.422 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1925 5861 5 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs0.1693 112081 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 172.3 Å2 / Biso mean: 45.607 Å2 / Biso min: 23.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.48 Å20.24 Å20 Å2
2--0.48 Å2-0 Å2
3----1.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→29.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6482 182 195 538 7397
Biso mean--71.83 48.14 -
残基数----848
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0137243
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0156541
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2231.6489904
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.321.58415116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.2785878
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.23723.916309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.645151161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.7651522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2962
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0540.028095
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0480.021602
LS精密化 シェル解像度: 1.953→2.003 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 439 -
Rwork0.28 8092 -
obs--98.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1126-0.3390.77930.0858-0.37442.9086-0.1624-0.13930.34920.0855-0.0037-0.0274-0.36860.03770.1660.23240.0143-0.03910.0274-0.02590.123394.17636.21629.2651
20.8705-0.14110.11241.10770.09191.54990.00740.0579-0.0286-0.08190.05490.02370.125-0.0457-0.06230.16490.0271-0.02760.02420.00030.034289.806320.1152-1.7431
31.4531-0.16660.75871.0613-0.04722.4992-0.06250.02650.1542-0.0150.0655-0.093-0.19940.0848-0.0030.1540.0193-0.01650.02050.01020.091393.158831.92592.0364
41.00070.5807-0.31263.7546-1.48362.3934-0.11430.1822-0.0508-0.33360.0807-0.3080.19220.2360.03360.20160.06340.05550.1488-0.04720.0766103.176815.1132-13.4916
50.0546-0.85980.117817.35110.8023.01430.05630.00090.0616-0.4335-0.2527-0.60110.47570.09750.19640.2217-0.0975-0.0290.15190.01760.298560.9044-4.9103-18.218
63.0083-0.2407-0.09532.5096-0.00623.02670.13080.1887-0.2163-0.3675-0.05260.43940.2363-0.5024-0.07820.1874-0.0047-0.13890.18960.02090.140867.456122.2695-14.8255
74.341-0.979-0.41755.83293.714510.15410.29260.1521-0.8439-0.31080.09440.38050.79880.1716-0.3870.3262-0.0675-0.17520.0581-0.0230.23269.92785.8867-16.7757
80.9759-0.45140.29451.7917-1.58153.15330.20730.3752-0.2688-0.46870.00050.40310.3625-0.5238-0.20780.3088-0.0023-0.21760.3328-0.07190.183764.920221.4648-24.3986
94.63870.25-0.6051.14190.36261.79320.0327-0.0212-0.4097-0.1324-0.0039-0.04170.34650.2114-0.02880.29670.0360.01810.0542-0.05860.137592.3271-39.0129-23.5034
100.99960.20870.01440.88220.27781.76350.02210.0365-0.0143-0.13050.0316-0.0111-0.02750.0068-0.05360.1910.00460.01210.0134-0.01720.030488.4218-24.6535-14.5002
115.01430.0137-0.09344.1528-0.41264.3410.1125-0.2363-0.04760.0934-0.0767-0.45060.07980.6095-0.03580.13540.0003-0.02220.1244-0.00680.0529101.7963-26.00534.3547
120.06520.2553-0.04328.8151-8.67749.6001-0.0148-0.00620.0013-0.00460.45330.2598-0.0627-0.476-0.43850.2170.02120.01180.0472-0.01280.096490.8532-3.4351-5.8573
130000000000000000.1116000.111600.1116000
141.68523.5811-0.20049.45672.3194.11170.35050.03720.29120.6878-0.16480.5312-0.1029-0.3355-0.18570.16750.1218-0.03520.1743-0.0420.331955.6447-3.0356-9.2155
152.08861.01380.4393.5775-0.52753.06170.1535-0.15150.18180.1243-0.12860.5230.0499-0.6111-0.0250.067-0.0310.00930.1491-0.03890.096865.0817-23.7281-4.988
162.61121.41760.1937.12360.09965.60330.1533-0.25930.58690.4562-0.13910.4568-0.7555-0.287-0.01420.1970.060.07780.0763-0.06970.221267.6208-7.529-2.9706
171.54230.2213-2.15673.7357-0.62635.20910.13730.07310.22660.3111-0.04060.7924-0.1872-1.0382-0.09670.13360.00940.12020.4292-0.08670.308256.9582-20.78563.0392
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 28
2X-RAY DIFFRACTION2A29 - 212
3X-RAY DIFFRACTION3A213 - 253
4X-RAY DIFFRACTION4A254 - 298
5X-RAY DIFFRACTION5B12 - 26
6X-RAY DIFFRACTION6B27 - 73
7X-RAY DIFFRACTION7B74 - 89
8X-RAY DIFFRACTION8B90 - 139
9X-RAY DIFFRACTION9C0 - 28
10X-RAY DIFFRACTION10C29 - 252
11X-RAY DIFFRACTION11C253 - 284
12X-RAY DIFFRACTION12C285 - 297
13X-RAY DIFFRACTION13C301
14X-RAY DIFFRACTION14D17 - 32
15X-RAY DIFFRACTION15D33 - 74
16X-RAY DIFFRACTION16D75 - 95
17X-RAY DIFFRACTION17D96 - 135

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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