PDB-9p6i: Crystal Structure of the Histidine Kinase VC2136 from Vibrio chol...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9p6i

タイトル

Crystal Structure of the Histidine Kinase VC2136 from Vibrio cholerae serotype O1

要素

histidine kinase

キーワード

TRANSFERASE / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID) / Histidine kinase / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Kiryukhina, O. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Histidine Kinase from Vibrio cholerae serotype O1
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Kiryukhina, O. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)

履歴

登録	2025年6月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb9p6i.ent.gz	481.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9p6i_validation.pdf.gz	508.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9p6i_full_validation.pdf.gz	525.7 KB	表示
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CIF形式データ	9p6i_validation.cif.gz	72.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/9p6i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/9p6i	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSBID-IDP97926.102

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (8) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (8)

登録構造単位

A: histidine kinase

B: histidine kinase

C: histidine kinase

D: histidine kinase

E: histidine kinase

F: histidine kinase

G: histidine kinase

H: histidine kinase

ヘテロ分子

319 kDa, 8 ポリマー
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1

A: histidine kinase

B: histidine kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: histidine kinase

D: histidine kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.5 kDa, 2 ポリマー
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3

E: histidine kinase

F: histidine kinase

ヘテロ分子

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79.5 kDa, 2 ポリマー
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4

G: histidine kinase

H: histidine kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	86.211, 86.211, 212.636
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	histidine kinase 分子量: 39346.504 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌) 遺伝子: VC_2136 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): magic / 参照: UniProt: H9L4P6, histidine kinase
#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.7 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein: 6.5 mg/ml, 0.15M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3; Screen: Anions (G8), 0.37M Sodium sulfate, 0.1M MES pH 6.5. Cryo: 2M Lithium sulfate.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97848 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97848 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→30 Å / Num. obs: 45970 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.7 % / B_iso Wilson estimate: 68.8 Å² / CC_1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.106 / R_pim(I) all: 0.034 / R_sym value: 0.106 / Χ²: 1.136 / Net I/σ(I): 23.9
反射シェル	解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 10.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2314 / CC_1/2: 0.634 / CC star: 0.881 / R_pim(I) all: 0.418 / Χ²: 0.997 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.75→28.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 34.487 / SU ML: 0.353 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28631	2322	5.1 %	RANDOM
R_work	0.24022	-	-	-
obs	0.2425	43575	99.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 93.051 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	16.29 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	16.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	-32.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.75→28.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10887	0	213	57	11157

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.012	11200
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	11037
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.845	1.642	15186
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.665	1.57	25285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	0.853	5	1376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	1.587	5	120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	2.793	10	1943
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.041	0.2	1825
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	13064
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	2488
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.363	5.692	5537
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.362	5.692	5537
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.944	10.222	6902
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.943	10.223	6903
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.316	6.143	5663
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.209	5.993	5492
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.743	10.95	8027
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.187	60.7	12920
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.148	60.68	12914
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.75→2.821 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.38	156	-
R_work	0.305	3241	-
obs	-	-	99.71 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5426	-0.1924	-0.664	2.7542	-1.7082	1.3653	-0.0261	-0.1735	1.7754	-0.279	0.2441	-0.408	0.1377	0.2887	-0.2179	0.6448	-0.2404	0.1182	1.4743	-0.4708	1.3907	41.99	30.214	42.367
2	2.7424	0.6914	-0.813	6.6948	1.9708	6.1237	0.3441	-0.3427	0.5451	0.0965	0.171	-0.2529	0.1557	0.1374	-0.5151	0.2287	0.0331	-0.1055	0.1103	-0.1241	0.3386	24.249	29.606	51.335
3	8.1877	4.1216	-0.0002	4.2223	0.2659	0.353	0.1341	-0.5783	0.3964	0.1063	-0.1015	0.0583	0.2682	0.1043	-0.0326	0.2922	0.0699	-0.0558	0.1522	-0.0561	0.0603	17.049	12.688	47.488
4	15.5638	8.2522	1.403	4.3872	0.5854	3.3486	-0.7351	-1.0287	-0.8837	-0.3437	-0.5186	-0.524	-0.0062	-0.4537	1.2537	0.6624	0.144	0.1951	0.6829	-0.0449	0.6287	-30.025	4.026	56.503
5	17.4404	-0.5767	-5.2412	0.4671	0.4912	1.8512	0.0599	-0.098	-0.1389	0.0453	-0.1664	0.081	-0.111	-0.086	0.1064	0.3345	-0.0079	-0.0376	0.0974	-0.0632	0.0784	-10.171	9.335	54.278
6	4.529	-2.517	3.7473	1.4526	-2.1403	3.1778	0.8571	1.7815	-0.0979	-0.2565	-0.9558	-0.0715	0.4941	1.5754	0.0986	1.1558	0.2521	0.1096	1.6035	-0.6493	1.8695	47.82	24	39.512
7	4.7684	-1.3106	1.867	2.2729	0.9159	7.1015	0.0777	0.0209	-0.0073	0.1666	0.287	-0.4607	0.3683	-0.157	-0.3648	0.297	0.1711	0.0284	0.1989	-0.0927	0.2553	38.297	11.326	30.303
8	12.1231	-0.2953	-3.3301	0.0866	-0.1772	1.789	0.2374	0.2749	0.2468	-0.0489	-0.0234	0.0436	0.0617	-0.0683	-0.214	0.3089	0.0561	-0.1038	0.0642	-0.0321	0.065	4.351	6.268	39.437
9	12.9673	-7.6717	-0.9987	4.782	0.0347	1.4169	-0.238	-0.0469	-1.0203	0.02	-0.0756	0.561	0.2322	0.1893	0.3136	0.1842	0.0294	-0.0051	0.2283	-0.2277	0.4898	-31.464	15.207	50.141
10	16.4179	-5.3323	-1.3019	7.8913	0.1763	0.1283	-0.407	-0.3089	0.2944	0.7337	0.4368	0.5454	0.0229	-0.0381	-0.0298	0.2673	0.0259	0.0009	0.2724	-0.0361	0.1257	-15.253	0.927	42.741
11	7.9157	0.1275	-3.34	1.8973	0.1064	1.4248	0.4517	-0.064	0.8119	0.2726	-0.0454	-0.6998	-0.1968	0.0161	-0.4063	0.4712	0.0325	0.0026	0.1871	-0.0609	0.3911	3.713	56.237	65.841
12	3.8914	-0.1901	-0.2321	4.2151	1.5622	3.116	0.1647	-0.0028	0.0713	0.0761	-0.2972	-0.259	-0.1385	-0.3044	0.1325	0.1698	0.051	0.0018	0.0894	0.0042	0.159	11.016	43.651	58.228
13	1.2144	-0.9931	0.3705	7.1069	1.9233	1.5924	0.0935	-0.3264	-0.0291	0.8857	0.1413	-0.19	0.703	0.0712	-0.2348	0.7104	0.0348	-0.1138	0.1869	0.0061	0.0972	4.436	2.142	57.31
14	2.1998	2.0037	-0.8927	2.1938	-1.1968	0.7662	-0.4679	-0.5265	-1.3937	-0.0241	0.1877	-0.979	-0.2899	-0.4649	0.2801	1.352	0.6315	0.4148	1.4037	0.89	1.1797	19.606	-19.069	45.005
15	2.5805	-4.2924	-0.945	16.3632	9.2884	7.1005	0.0258	-0.155	-0.242	0.6366	0.3228	-0.0671	0.6257	0.3805	-0.3487	0.308	0.034	-0.0802	0.2649	-0.014	0.0711	10.812	-1.07	53.569
16	2.6387	0.8068	0.901	3.2776	0.7234	2.5849	0.2534	0.3597	0.1881	0.2332	-0.3696	0.7536	0.2965	-0.1772	0.1162	0.4549	0.0018	0.1271	0.3256	-0.1018	0.2678	-10.171	48.074	72.143
17	5.344	-6.7342	-1.9552	11.3589	4.6002	2.7082	-0.3584	-0.7935	0.2836	0.9712	0.551	-0.2708	0.5907	0.2129	-0.1926	0.5054	0.0416	0.0063	0.3736	-0.0986	0.1157	1.586	10.368	65.862
18	9.083	-0.4764	1.5012	1.574	2.5931	4.8604	0.6589	0.8724	0.3357	-0.1996	-0.2615	-0.2844	-0.19	-0.2612	-0.3974	0.1361	0.0894	0.0364	0.215	0.1363	0.1886	28.579	-19.343	53.86
19	0.3598	-0.7357	0.5526	1.5958	-1.4826	2.2092	-0.4128	-0.3218	-0.2369	0.6611	0.4252	0.397	0.048	0.4138	-0.0124	1.1725	0.7022	0.3309	1.2159	0.1362	0.7263	14.02	-16.967	62.529
20	33.4548	0.0313	0.9055	28.7296	2.7626	0.2906	-0.4569	-0.4244	-1.6407	0.4756	0.5271	-0.2909	0.0218	0.0462	-0.0702	0.4049	-0.0477	0.0167	0.1311	0.0502	0.0949	-0.096	-7.258	64.5
21	0.1637	-0.6156	-2.759	2.4913	11.4071	52.5559	-0.0473	0.2049	0.0043	0.0531	-0.5289	0.0858	0.1345	-2.006	0.5762	0.3569	-0.1034	0.0928	0.6913	0.108	0.4635	-56.353	-36.485	33.652
22	0.4362	-0.2071	-1.717	4.4161	-2.174	9.0347	-0.2647	0.3682	-0.045	0.2147	0.1124	0.2721	0.6008	-1.8301	0.1523	0.6215	-0.0531	-0.2111	0.69	0.0216	0.5838	-46.211	-21.67	28.412
23	6.0143	-0.5416	3.1386	5.2242	-2.4285	12.8727	-0.4261	-0.2474	0.091	-0.281	0.2233	0.5637	0.1578	-0.2512	0.2028	0.1484	0.073	-0.0971	0.07	-0.0424	0.3011	-44.303	-9.1	21.545
24	6.7073	4.666	-0.3804	5.228	2.1971	3.397	-0.101	-0.0333	0.1051	-0.2867	-0.0262	0.1796	-0.2568	-0.0813	0.1272	0.3198	0.0561	-0.1787	0.1245	0.0063	0.1529	-33.967	-11.836	19.574
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26	4.5878	-2.2198	-1.8736	1.4185	0.5151	1.2322	-0.1215	0.5854	0.1748	-0.1869	0.2954	0.0922	0.2724	-0.9309	-0.1739	0.5731	-0.2336	-0.2525	1.1286	0.1848	0.5612	-44.379	-29.615	31.531
27	0.9884	0.7667	3.0536	4.8728	2.8326	9.8497	0.0551	0.053	-0.0892	-0.1415	-0.0298	-0.0213	0.1367	0.1868	-0.0254	0.1296	0.0809	-0.0408	0.118	0.0189	0.2048	-28.586	-31.89	40.293
28	15.5331	-2.0602	-4.0441	5.0651	0.5853	1.6393	0.368	0.4216	-0.3605	-0.1765	-0.2304	-0.3504	-0.3544	-0.2907	-0.1377	0.3917	0.0682	0.0138	0.1948	0.079	0.1576	-27.7	-23.187	41.903
29	16.4237	10.9963	-1.5407	8.3914	-1.9288	0.936	0.0598	-0.195	0.0514	0.0716	-0.0181	0.0624	-0.015	-0.0428	-0.0417	0.2068	0.0877	-0.0327	0.1522	-0.0554	0.03	-17.877	-14.065	35.43
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31	2.9902	-1.8301	-2.3906	4.9328	-2.0546	5.1608	0.3463	0.4745	-0.0105	-0.539	-0.1429	0.2001	0.032	-0.5404	-0.2034	0.2979	0.072	0.0025	0.4276	0.1012	0.3908	-50.126	26.079	3.588
32	5.9397	0.1308	-0.574	7.0683	1.9165	3.5704	0.0015	0.0523	0.1039	0.0178	0.265	0.1577	-0.1591	-0.1241	-0.2665	0.1419	0.1078	0.013	0.0928	0.0242	0.1151	-44.441	12.488	13.097
33	0.8142	-1.3049	1.3249	4.2386	-0.1279	4.0525	0.052	0.3336	-0.0726	0.1328	-0.0151	0.2503	0.2853	0.9137	-0.0369	0.2434	0.2173	0.0584	0.6509	0.076	0.1084	-10.757	4.361	11.191
34	4.4867	-8.0721	4.6295	28.1735	-10.4018	5.4083	-0.3796	-0.3712	0.3396	1.6617	0.1514	-0.5377	-0.6137	-0.5795	0.2282	0.475	0.3381	-0.2332	0.5072	-0.122	0.2201	11.416	-25.161	21.865
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36	2.4353	4.0411	-0.7925	6.7735	-1.4064	0.4333	0.3052	0.0113	0.4978	0.3515	0.0475	0.8938	0.0688	-0.2816	-0.3527	0.6132	0.1411	0.0736	1.0266	0.25	0.6642	-46.757	32.41	3.501
37	9.3566	-4.1621	-1.2764	6.7098	0.7595	2.6133	-0.0841	0.5797	0.6744	0.3332	0.1226	-0.204	0.0407	-0.2783	-0.0386	0.1374	0.0055	-0.0163	0.1583	0.1031	0.1118	-29.743	34.649	-2.453
38	5.3488	-6.4828	2.0059	8.0377	-1.8654	2.5915	-0.0926	-0.212	-0.1089	0.2115	0.3588	0.0866	0.2575	0.1598	-0.2661	0.1492	0.081	0.0578	0.2377	0.0708	0.1401	-18.827	12.261	1.349
39	6.8129	-3.5958	-1.8367	1.905	0.9571	0.5632	0.0166	0.5606	-0.411	0.0584	-0.2954	0.1879	-0.1527	-0.1929	0.2787	0.6547	0.063	-0.362	0.2344	-0.1693	0.4433	-0.502	-28.739	14.417
40	1.121	0.4885	1.598	0.2252	0.7245	2.3477	-0.1827	-0.1045	0.0622	-0.0722	-0.024	0.0743	-0.1962	-0.0847	0.2067	0.4531	0.0911	0.1404	0.329	-0.0067	0.2566	5.582	-17.243	8.045

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	13 - 50
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	51 - 86
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	87 - 136
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	137 - 164
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	165 - 192
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	12 - 43
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	44 - 107
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	108 - 141
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	142 - 171
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	172 - 187
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	15 - 43
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	44 - 106
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	107 - 159
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	160 - 169
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	170 - 187
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	15 - 105
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	106 - 145
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	146 - 163
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	164 - 177
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	178 - 186
21	X-RAY DIFFRACTION	21	E	12 - 16
22	X-RAY DIFFRACTION	22	E	17 - 42
23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	43 - 70
24	X-RAY DIFFRACTION	24	E	71 - 105
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	106 - 192
26	X-RAY DIFFRACTION	26	F	12 - 43
27	X-RAY DIFFRACTION	27	F	44 - 75
28	X-RAY DIFFRACTION	28	F	76 - 99
29	X-RAY DIFFRACTION	29	F	100 - 126
30	X-RAY DIFFRACTION	30	F	127 - 187
31	X-RAY DIFFRACTION	31	G	15 - 39
32	X-RAY DIFFRACTION	32	G	40 - 103
33	X-RAY DIFFRACTION	33	G	104 - 143
34	X-RAY DIFFRACTION	34	G	144 - 160
35	X-RAY DIFFRACTION	35	G	161 - 188
36	X-RAY DIFFRACTION	36	H	15 - 43
37	X-RAY DIFFRACTION	37	H	44 - 90
38	X-RAY DIFFRACTION	38	H	91 - 141
39	X-RAY DIFFRACTION	39	H	142 - 159
40	X-RAY DIFFRACTION	40	H	160 - 186

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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