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万見
- PDB-9p6h: Structure of P. gingivalis PorK and PorN complexes from cryo elec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9p6h
タイトルStructure of P. gingivalis PorK and PorN complexes from cryo electron microscopy
要素
  • Gliding motility protein GldN
  • Lipoprotein, putative
キーワードTRANSPORT PROTEIN / T9SS / porphyromonas gingivalis
機能・相同性
機能・相同性情報


formylglycine-generating oxidase activity
類似検索 - 分子機能
Gliding motility associated protein GldN / Gliding motility associated protein GldN / : / Sulfatase-modifying factor enzyme / Sulfatase-modifying factor enzyme 1-like domain / Sulfatase-modifying factor enzyme superfamily / C-type lectin fold / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-mannopyranose / Gliding motility protein GldN / Lipoprotein, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis W83 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Hanssen, E. / Morton, C. / Gorasia, D.G. / Veith, P.D. / Reynolds, E.C.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1123866 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1193647 オーストラリア
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Near-atomic structure of the PorKN rings, disulfide bonded to PorG and bound to Attachment Complexes, provide mechanistic insights into the type IX secretion system
著者: Gorasia, D. / Hanssen, E. / Mudaliyar, M. / Morton, C. / Valimehr, S. / Seers, C. / Zhang, L. / Ghosal, D. / Veith, P. / Reynolds, E.
履歴
登録2025年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gliding motility protein GldN
B: Lipoprotein, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,7658
ポリマ－81,2662
非ポリマー3,4996
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Gliding motility protein GldN


分子量: 30080.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Porphyromonas gingivalis W83 (バクテリア)
株: W83 / 参照: UniProt: Q7MXB4
#2: タンパク質 Lipoprotein, putative


分子量: 51184.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Porphyromonas gingivalis W83 (バクテリア)
株: W83 / 参照: UniProt: Q7MXB7

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糖 , 3種, 5分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-L-fucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-2)-[alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)]alpha-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1217.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DGalpNAcb1-3DGalpNAcb1-4LFucpb1-4DGlcpb1-4DGlcpAa1-2[LRhapa1-4]DManpa1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/6,7,6/[a1122h-1a_1-5][a2122A-1a_1-5][a2122h-1b_1-5][a1221m-1b_1-5][a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2211m-1a_1-5]/1-2-3-4-5-5-6/a2-b1_a4-g1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-GlcpA]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-L-Fucp]{[(4+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-GalpNAc]{}}}}}[(4+1)][a-L-Rhap]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-2)-[alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)]alpha- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-2)-[alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)]alpha-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 664.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpAa1-2[LRhapa1-4]DManpa1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,4,3/[a1122h-1a_1-5][a2122A-1a_1-5][a2122h-1b_1-5][a2211m-1a_1-5]/1-2-3-4/a2-b1_a4-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-GlcpA]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}[(4+1)][a-L-Rhap]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 1種, 1分子

#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PorK/N protein complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL
分子量値: 3.5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 株: W83
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTris-HCLC4H11NO3.HCl1
250 mMSodium chlorideNaCl1
30.5 %n-Dodecyl-B-D-maltosideC24H46O111
41 MUreaCH4N2O1
試料濃度: 1.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 15mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 295 K / 詳細: Blot forace -1 blot time 3sec sample size 4ul

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 64000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 5.34 sec. / 電子線照射量: 54 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8909
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.5.1粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC4.5.1CTF補正
7Coot0.9.8.93モデルフィッティング
9cryoSPARC4.5.1初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.5.1最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.5.1３次元再構成
13PHENIX1.19.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 556522
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 69982 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 9MYJ

9myj


Accession code: 9MYJ / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 2.75 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00318342
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.56324903
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.5362679
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0432766
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0053171

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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