PDB-9p5i: E. coli Dihydropteroate Synthase in complex with pterin-based inh...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9p5i

タイトル

E. coli Dihydropteroate Synthase in complex with pterin-based inhibitor

要素

Dihydropteroate synthase

キーワード

TRANSFERASE / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydropteroate synthase / dihydropteroate synthase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / response to xenobiotic stimulus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.141 Å

データ登録者

Snoke, H.E. / Reeve, S.M. / Lee, R.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2025
タイトル: Development of Pyrimido Pyridazine Analogs through Increased Whole Cell Target Engagement of the Dihydropteroate Synthase Pterin Binding Site in Gram-Negative Bacteria.
著者: Snoke, H.E. / Reeve, S.M. / Dharuman, S. / Wallace, M.J. / Loudon, V.C. / Zhao, Y. / Bowling, J.J. / Murphy, P.A. / Waddell, B. / Lee, R.B. / Bulitta, J.B. / Lee, R.E.

履歴

登録	2025年6月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9p5i.cif.gz	119.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9p5i.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9p5i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9p5i_validation.pdf.gz	988 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9p5i_full_validation.pdf.gz	995 KB	表示
XML形式データ	9p5i_validation.xml.gz	26.5 KB	表示
CIF形式データ	9p5i_validation.cif.gz	35 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/9p5i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/9p5i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9p4aC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dihydropteroate synthase

B: Dihydropteroate synthase

ヘテロ分子

60.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.721, 94.551, 136.846
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth seq-ID: 1 - 277 / Label seq-ID: 1 - 277

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Dihydropteroate synthase / DHPS / Dihydropteroate pyrophosphorylase 分子量: 29845.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: folP, dhpS, b3177, JW3144 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AC13, dihydropteroate synthase
#2: 化合物	ChemComp-A1CG7 / 7-amino-1-methyl-3-{[(1H-tetrazol-5-yl)amino]methyl}pyrimido[4,5-c]pyridazine-4,5(1H,6H)-dione 分子量: 290.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₀N₁₀O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.37 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 50 mM Tris, 32-50% Ammonium Sulfate / PH範囲: 8.0-8.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14→68.42 Å / Num. obs: 31532 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 11.8 % / B_iso Wilson estimate: 25.27 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.12 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.131 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 18.1
反射シェル	解像度: 2.14→2.2 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.626 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2357 / CC_1/2: 0.722 / R_pim(I) all: 0.443 / R_rim(I) all: 0.771 / Χ²: 0.77 / % possible all: 91.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.105)	精密化
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.105)	位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.141→68.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 5.221 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.194 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.238	1490	4.734 %	RANDOM
R_work	0.1921	29987	-	-
all	0.194	-	-	-
obs	-	31477	97.983 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.506 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.849 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.511 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.141→68.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3885	0	42	209	4136

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	4009
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.626	1.822	5431
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.124	5	517
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.337	5	25
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.617	10	678
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.954	10	160
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	635
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2963
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	1906
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	2752
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	213
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.172	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.46	2.628	2074
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.642	4.696	2583
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.619	2.916	1935
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.234	5.198	2846
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.668	30.645	6180
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.096	0.05	7677

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09616	0.05007
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09616	0.05007

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.141-2.196	0.25	105	0.244	1986	X-RAY DIFFRACTION	89.8196
2.196-2.257	0.265	101	0.211	2159	X-RAY DIFFRACTION	99.8233
2.257-2.322	0.278	93	0.201	2059	X-RAY DIFFRACTION	96.2864
2.322-2.393	0.261	113	0.195	2000	X-RAY DIFFRACTION	99.4353
2.393-2.472	0.27	94	0.199	1941	X-RAY DIFFRACTION	97.1824
2.472-2.558	0.262	80	0.2	1935	X-RAY DIFFRACTION	98.2927
2.558-2.655	0.281	104	0.197	1806	X-RAY DIFFRACTION	98.9637
2.655-2.763	0.217	82	0.181	1773	X-RAY DIFFRACTION	97.7345
2.763-2.886	0.22	84	0.16	1717	X-RAY DIFFRACTION	99.6128
2.886-3.026	0.207	82	0.166	1621	X-RAY DIFFRACTION	98.3256
3.026-3.19	0.241	88	0.171	1548	X-RAY DIFFRACTION	98.4949
3.19-3.383	0.245	52	0.182	1519	X-RAY DIFFRACTION	98.8672
3.383-3.616	0.244	73	0.179	1401	X-RAY DIFFRACTION	99.7294
3.616-3.904	0.209	71	0.187	1301	X-RAY DIFFRACTION	99.1329
3.904-4.276	0.185	68	0.188	1198	X-RAY DIFFRACTION	99.061
4.276-4.778	0.255	62	0.194	1110	X-RAY DIFFRACTION	99.154
4.778-5.513	0.238	54	0.203	980	X-RAY DIFFRACTION	98.9474
5.513-6.741	0.314	33	0.257	851	X-RAY DIFFRACTION	99.7743
6.741-9.487	0.163	32	0.173	683	X-RAY DIFFRACTION	99.5822
9.487-68.42	0.312	19	0.219	399	X-RAY DIFFRACTION	95.2164

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)