PDB-9p4z: Human EAAT3 with sodium bound at inward facing state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9p4z

タイトル

Human EAAT3 with sodium bound at inward facing state

要素

Excitatory amino acid transporter 3

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / hEAAAT3 / Sodium bound

機能・相同性

機能・相同性情報

D-aspartate transmembrane transport / regulation of protein targeting to membrane / D-aspartate transmembrane transporter activity / Defective SLC1A1 is implicated in schizophrenia 18 (SCZD18) and dicarboxylic aminoaciduria (DCBXA) / distal dendrite / cysteine transport / cysteine transmembrane transporter activity / neurotransmitter receptor transport to plasma membrane / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity / glutamate:sodium symporter activity ...D-aspartate transmembrane transport / regulation of protein targeting to membrane / D-aspartate transmembrane transporter activity / Defective SLC1A1 is implicated in schizophrenia 18 (SCZD18) and dicarboxylic aminoaciduria (DCBXA) / distal dendrite / cysteine transport / cysteine transmembrane transporter activity / neurotransmitter receptor transport to plasma membrane / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity / glutamate:sodium symporter activity / response to decreased oxygen levels / L-glutamate import / cellular response to mercury ion / Transport of inorganic cations/anions and amino acids/oligopeptides / retina layer formation / L-glutamate transmembrane transporter activity / L-glutamate transmembrane transport / glutathione biosynthetic process / D-aspartate import across plasma membrane / L-aspartate transmembrane transport / cellular response to ammonium ion / righting reflex / zinc ion transmembrane transport / cellular response to bisphenol A / L-aspartate transmembrane transporter activity / grooming behavior / intracellular glutamate homeostasis / L-aspartate import across plasma membrane / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / monoatomic anion channel activity / L-glutamate import across plasma membrane / proximal dendrite / transepithelial transport / apical dendrite / intracellular zinc ion homeostasis / conditioned place preference / cellular response to cocaine / blood vessel morphogenesis / chloride transmembrane transporter activity / motor neuron apoptotic process / response to morphine / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / glutamate receptor signaling pathway / response to anesthetic / neurotransmitter transport / maintenance of blood-brain barrier / superoxide metabolic process / heart contraction / perisynaptic space / dopamine metabolic process / motor behavior / adult behavior / asymmetric synapse / glial cell projection / behavioral fear response / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / synaptic cleft / response to axon injury / transport across blood-brain barrier / positive regulation of heart rate / monoatomic ion transport / axon terminus / neurogenesis / response to amphetamine / chloride transmembrane transport / dendritic shaft / cell periphery / locomotory behavior / synapse organization / brain development / cytokine-mediated signaling pathway / Schaffer collateral - CA1 synapse / long-term synaptic potentiation / memory / recycling endosome membrane / late endosome membrane / presynapse / cellular response to oxidative stress / early endosome membrane / chemical synaptic transmission / dendritic spine / perikaryon / negative regulation of neuron apoptotic process / gene expression / apical plasma membrane / membrane raft / response to xenobiotic stimulus / axon / neuronal cell body / dendrite / cell surface / extracellular exosome / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å

データ登録者

Qiu, B. / Boudker, O.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Mechanism and Structure-Guided Optimization of SLC1A1/EAAT3-Selective Inhibitors in Kidney Cancer.
著者: Pooneh Koochaki / Biao Qiu / Jesse A Coker / Alexander Earsley / Nancy S Wang / Todd Romigh / Christopher M Goins / Shaun R Stauffer / Olga Boudker / Abhishek A Chakraborty
要旨: Renal Cell Carcinomas (RCCs) depend metabolically on the trimeric sodium-coupled aspartate and glutamate transporter, SLC1A1/EAAT3; however, pharmacologically targeting SLC1A1 is challenging. We ...

履歴

登録	2025年6月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9p4z.cif.gz	94.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9p4z.ent.gz	68.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9p4z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9p4z_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9p4z_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	9p4z_validation.xml.gz	31.5 KB	表示
CIF形式データ	9p4z_validation.cif.gz	43.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/9p4z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/9p4z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	71290MC 71288C 71289C 9p4xC 9p4yC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (6) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#171 - 2014年3月
神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters)
類似性 (6)
#167 - 2013年11月
SNAREタンパク質 (SNARE Proteins)
類似性 (1)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Excitatory amino acid transporter 3

ヘテロ分子

58.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Excitatory amino acid transporter 3 / Excitatory amino-acid carrier 1 / Neuronal and epithelial glutamate transporter / Sodium-dependent ...Excitatory amino-acid carrier 1 / Neuronal and epithelial glutamate transporter / Sodium-dependent glutamate/aspartate transporter 3 / Solute carrier family 1 member 1 分子量: 57275.168 Da / 分子数: 1 / 変異: N178T, N195T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC1A1, EAAC1, EAAT3, HEAAC1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P43005
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-9Z9 / (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en 分子量: 544.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₅₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₄₆O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: human excitatory amino acid transporter 3 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 0.56 MDa / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.4
試料	濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN
撮影	電子線照射量: 58 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
1	cryoSPARC	粒子像選択
2	Leginon	画像取得
7	UCSF ChimeraX	モデルフィッティング
9	cryoSPARC	初期オイラー角割当
10	cryoSPARC	最終オイラー角割当
11	cryoSPARC	分類
12	cryoSPARC	３次元再構成
13	PHENIX	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 6652777

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 165684 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

B value: 47.25 / プロトコル: OTHER

原子モデル構築

PDB-ID: 6X2L

6x2l

Accession code: 6X2L / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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