[日本語] English
万見
- PDB-9p4z: Human EAAT3 with sodium bound at inward facing state -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9p4z
タイトルHuman EAAT3 with sodium bound at inward facing state
要素Excitatory amino acid transporter 3
キーワードTRANSPORT PROTEIN / hEAAAT3 / Sodium bound
機能・相同性
機能・相同性情報


D-aspartate transmembrane transport / regulation of protein targeting to membrane / D-aspartate transmembrane transporter activity / Defective SLC1A1 is implicated in schizophrenia 18 (SCZD18) and dicarboxylic aminoaciduria (DCBXA) / distal dendrite / cysteine transport / cysteine transmembrane transporter activity / neurotransmitter receptor transport to plasma membrane / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity / glutamate:sodium symporter activity ...D-aspartate transmembrane transport / regulation of protein targeting to membrane / D-aspartate transmembrane transporter activity / Defective SLC1A1 is implicated in schizophrenia 18 (SCZD18) and dicarboxylic aminoaciduria (DCBXA) / distal dendrite / cysteine transport / cysteine transmembrane transporter activity / neurotransmitter receptor transport to plasma membrane / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity / glutamate:sodium symporter activity / L-glutamate import / response to decreased oxygen levels / cellular response to mercury ion / : / L-glutamate transmembrane transporter activity / retina layer formation / L-glutamate transmembrane transport / glutathione biosynthetic process / D-aspartate import across plasma membrane / L-aspartate transmembrane transport / cellular response to ammonium ion / righting reflex / zinc ion transmembrane transport / L-aspartate transmembrane transporter activity / cellular response to bisphenol A / intracellular glutamate homeostasis / grooming behavior / L-aspartate import across plasma membrane / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / monoatomic anion channel activity / L-glutamate import across plasma membrane / proximal dendrite / transepithelial transport / apical dendrite / intracellular zinc ion homeostasis / blood vessel morphogenesis / cellular response to cocaine / chloride transmembrane transporter activity / motor neuron apoptotic process / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / response to anesthetic / response to morphine / glutamate receptor signaling pathway / superoxide metabolic process / neurotransmitter transport / heart contraction / perisynaptic space / maintenance of blood-brain barrier / dopamine metabolic process / adult behavior / motor behavior / asymmetric synapse / conditioned place preference / glial cell projection / synaptic cleft / behavioral fear response / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / response to axon injury / positive regulation of heart rate / transport across blood-brain barrier / monoatomic ion transport / neurogenesis / axon terminus / chloride transmembrane transport / response to amphetamine / dendritic shaft / cell periphery / locomotory behavior / synapse organization / brain development / Schaffer collateral - CA1 synapse / memory / long-term synaptic potentiation / recycling endosome membrane / cytokine-mediated signaling pathway / late endosome membrane / presynapse / cellular response to oxidative stress / early endosome membrane / perikaryon / chemical synaptic transmission / gene expression / dendritic spine / negative regulation of neuron apoptotic process / apical plasma membrane / membrane raft / response to xenobiotic stimulus / axon / neuronal cell body / dendrite / cell surface / extracellular exosome / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 2. / Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter, conserved site / Sodium:dicarboxylate symporter superfamily / Sodium:dicarboxylate symporter family / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / Excitatory amino acid transporter 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Qiu, B. / Boudker, O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)NA 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Mechanism and Structure-Guided Optimization of SLC1A1/EAAT3-Selective Inhibitors in Kidney Cancer.
著者: Pooneh Koochaki / Biao Qiu / Jesse A Coker / Alexander Earsley / Nancy S Wang / Todd Romigh / Christopher M Goins / Shaun R Stauffer / Olga Boudker / Abhishek A Chakraborty /
要旨: Renal Cell Carcinomas (RCCs) depend metabolically on the trimeric sodium-coupled aspartate and glutamate transporter, SLC1A1/EAAT3; however, pharmacologically targeting SLC1A1 is challenging. We ...Renal Cell Carcinomas (RCCs) depend metabolically on the trimeric sodium-coupled aspartate and glutamate transporter, SLC1A1/EAAT3; however, pharmacologically targeting SLC1A1 is challenging. We determined a cryo-EM structure of human SLC1A1 bound to compound , a recently described SLC1A1-selective bicyclic imidazo[1,2-α]pyridine-3-amine (BIA) inhibitor. binds a membrane-embedded, allosteric pocket accessible only in the state, when SLC1A1 is unbound to substrate and sodium. Wedged between the trimerization domain and the substrate-binding transport domain, together with a cholesterol moiety from the lipid bilayer, likely prevents sodium and substrate binding, and blocks SLC1A1's elevator-like movements that are essential for transport. Mutations in this pocket abolish binding and counteract 's cytotoxicity in RCC cells, confirming on-target activity and explaining SLC1A1 selectivity. A structure-guided medicinal chemistry effort yielded two new, SLC1A1-selective BIA derivatives, PBJ1 and PBJ2, with enhanced cytotoxicity resulting from the inhibition of SLC1A1-dependent aspartate, glutamate, and cysteine metabolic pathways.
履歴
登録2025年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Excitatory amino acid transporter 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2535
ポリマ－57,2751
非ポリマー9774
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

#1: タンパク質 Excitatory amino acid transporter 3 / Excitatory amino-acid carrier 1 / Neuronal and epithelial glutamate transporter / Sodium-dependent ...Excitatory amino-acid carrier 1 / Neuronal and epithelial glutamate transporter / Sodium-dependent glutamate/aspartate transporter 3 / Solute carrier family 1 member 1


分子量: 57275.168 Da / 分子数: 1 / 変異: N178T, N195T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC1A1, EAAC1, EAAT3, HEAAC1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P43005
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-9Z9 / (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en


分子量: 544.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H56O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: human excitatory amino acid transporter 3 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.56 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 58 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2Leginon画像取得
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9cryoSPARC初期オイラー角割当
10cryoSPARC最終オイラー角割当
11cryoSPARC分類
12cryoSPARC３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 6652777
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 165684 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 47.25 / プロトコル: OTHER
原子モデル構築PDB-ID: 6X2L

6x2l


Accession code: 6X2L / Source name: PDB / タイプ: experimental model

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る