PDB-9p44: Crystal structure of KRAS-G12D (GDP-bound) in complex with BBO-11818

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9p44

タイトル

Crystal structure of KRAS-G12D (GDP-bound) in complex with BBO-11818

要素

Isoform 2B of GTPase KRas

キーワード

ONCOPROTEIN/INHIBITOR / KRAS / RAS / K-ras / KRAS4b / inhibitor / BBO-11818 / BBO11818 / BBO / TheRas / BridgeBio / oncoprotein / ONCOPROTEIN-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

response to mineralocorticoid / GMP binding / forebrain astrocyte development / LRR domain binding / regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of epithelial cell differentiation / response to isolation stress / response to gravity / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / type I pneumocyte differentiation ...response to mineralocorticoid / GMP binding / forebrain astrocyte development / LRR domain binding / regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of epithelial cell differentiation / response to isolation stress / response to gravity / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / type I pneumocyte differentiation / Rac protein signal transduction / positive regulation of Rac protein signal transduction / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / myoblast proliferation / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / skeletal muscle cell differentiation / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of glial cell proliferation / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / cardiac muscle cell proliferation / Signalling to RAS / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC-related events triggered by IGF1R / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / glial cell proliferation / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR4 / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Signaling by FGFR4 in disease / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / p38MAPK events / Signaling by FGFR3 in disease / protein-membrane adaptor activity / Tie2 Signaling / striated muscle cell differentiation / Signaling by FGFR2 in disease / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / EGFR Transactivation by Gastrin / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / Downstream signal transduction / GRB2 events in ERBB2 signaling / homeostasis of number of cells within a tissue / Insulin receptor signalling cascade / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / SHC1 events in ERBB2 signaling / response to glucocorticoid / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / VEGFR2 mediated cell proliferation / small monomeric GTPase / FCERI mediated MAPK activation / liver development / RAF activation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / female pregnancy / Signaling by SCF-KIT / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / MAP2K and MAPK activation / Signaling by ERBB2 ECD mutants / visual learning / Signaling by ERBB2 KD Mutants / cytoplasmic side of plasma membrane / cytokine-mediated signaling pathway / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / Regulation of RAS by GAPs / RAS processing / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / positive regulation of cellular senescence / DAP12 signaling / MAPK cascade / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Chan, A.H. / Bratcher, D.R. / Simanshu, D.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cancer Discov / 年: 2025
タイトル: Discovery of BBO-11818, a Potent and Selective Non-covalent Inhibitor of (ON) and (OFF) KRAS with Activity Against Multiple Oncogenic Mutants
著者: Maciag, A.E. / Chan, A.H. / Simanshu, D.K. / Beltran, P.J.

履歴

登録	2025年6月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

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リンク

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#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (47)
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RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (47)
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上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (6)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (7)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (6)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (5)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (2)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
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神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (3)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (2)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (2)
#14 - 2001年2月
インスリン (Insulin)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (2)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (2)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (1)
#236 - 2019年8月
サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Isoform 2B of GTPase KRas

B: Isoform 2B of GTPase KRas

ヘテロ分子

41.1 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Isoform 2B of GTPase KRas

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
20.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Isoform 2B of GTPase KRas

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	68.840, 68.840, 173.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	153
Space group name H-M	P3₂12

#1: タンパク質	Isoform 2B of GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras 分子量: 19370.781 Da / 分子数: 2 / 変異: G12D, C118S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116, small monomeric GTPase
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-A1CG4 / methyl (3S)-3-{[(7P)-7-(2-amino-3-cyano-7-fluoro-1-benzothiophen-4-yl)-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}-6-(trifluoromethyl)quinazolin-4-yl](ethyl)amino}pyrrolidine-1-carboxylate 分子量: 733.726 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃₄H₃₃F₆N₇O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M CHES pH 9.5, 1 M tri-sodium citrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS-II

/ ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月25日 / 詳細: KB bimorph mirrors

放射

モノクロメーター: Si(111) DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9201 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→41.52 Å / Num. obs: 51408 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.101 / R_rim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 11.52

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.7-1.74	0.72	2.18	3580	0.481	0.795	1
1.74-1.79	0.616		3583	0.658	0.67	1
1.79-1.84	0.515		3549	0.771	0.56	1
1.84-1.9	0.42		3450	0.834	0.456	1
1.9-1.96	0.338		3377	0.901	0.367	1
1.96-2.03	0.272		3253	0.937	0.295	1
2.03-2.11	0.215		3102	0.95	0.234	1
2.11-2.19	0.181		3073	0.965	0.198	1
2.19-2.29	0.153		2955	0.976	0.167	1
2.29-2.4	0.133		2800	0.984	0.144	1
2.4-2.53	0.12		2712	0.977	0.131	1
2.53-2.69	0.105		2528	0.988	0.114	1
2.69-2.87	0.097		2428	0.991	0.104	1
2.87-3.1	0.084		2240	0.992	0.091	1
3.1-3.4	0.077		2074	0.993	0.083	1
3.4-3.8	0.069		1880	0.994	0.075	1
3.8-4.39	0.067		1659	0.994	0.073	1
4.39-5.38	0.064		1420	0.995	0.07	1
5.38-7.6	0.067		1115	0.996	0.073	1
7.6-41.52	0.069		629	0.999	0.075	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→41.52 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 20.51 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F / 詳細: Twin law -h,-k,l

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2128	5185	10.09 %
R_work	0.1932	-	-
obs	0.1986	51408	98.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→41.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2702	0	160	182	3044

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2918
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.847	3974
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.709	1106
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	434
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	498

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.73	0.3118	242	0.291	2158	X-RAY DIFFRACTION	83
1.73-1.76	0.3415	242	0.288	2223	X-RAY DIFFRACTION	86
1.76-1.79	0.2812	249	0.2804	2230	X-RAY DIFFRACTION	87
1.79-1.83	0.2663	260	0.2721	2286	X-RAY DIFFRACTION	87
1.83-1.87	0.2946	254	0.2515	2266	X-RAY DIFFRACTION	88
1.87-1.91	0.2498	257	0.2371	2308	X-RAY DIFFRACTION	88
1.91-1.96	0.2536	249	0.2213	2292	X-RAY DIFFRACTION	89
1.96-2.02	0.2398	250	0.2184	2291	X-RAY DIFFRACTION	88
2.02-2.07	0.2101	255	0.2062	2280	X-RAY DIFFRACTION	88
2.07-2.14	0.216	257	0.1981	2310	X-RAY DIFFRACTION	89
2.14-2.22	0.2125	250	0.1968	2327	X-RAY DIFFRACTION	90
2.22-2.31	0.2176	258	0.1958	2343	X-RAY DIFFRACTION	89
2.31-2.41	0.1979	254	0.1888	2300	X-RAY DIFFRACTION	90
2.41-2.54	0.2242	260	0.1866	2373	X-RAY DIFFRACTION	90
2.54-2.7	0.2235	262	0.1989	2342	X-RAY DIFFRACTION	90
2.7-2.91	0.2017	272	0.1983	2351	X-RAY DIFFRACTION	90
2.91-3.2	0.2082	262	0.1973	2343	X-RAY DIFFRACTION	90
3.2-3.66	0.2106	268	0.188	2386	X-RAY DIFFRACTION	90
3.66-4.61	0.1693	267	0.1575	2402	X-RAY DIFFRACTION	90
4.61-41.52	0.2151	273	0.1794	2456	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0132	-0.0062	-0.0049	0.0135	0.0099	0.0612	-0.033	-0.0281	-0.054	-0.1569	-0.0119	-0.143	0.0546	-0.0265	-0.0136	0.0903	-0.0058	0.0168	0.1369	0.0115	0.135	11.1905	-9.1838	14.6109
2	0.0515	0.0815	0.1055	0.3109	0.3003	0.3584	-0.0669	-0.0344	-0.0068	-0.3199	-0.018	-0.1864	-0.1408	0.0925	0.0052	0.0914	-0.0153	0.0073	0.2325	0.0434	0.1549	14.2222	0.9349	9.2793
3	0.0091	-0.0016	0.0187	0.006	-0.0105	0.0057	-0.035	0.0872	-0.1154	-0.0546	-0.0873	-0.0433	-0.0608	-0.0481	-0	0.0913	0.004	-0.0031	0.1344	0.0064	0.1564	15.7195	-14.8916	17.7857
4	0.009	-0.0102	0.0078	0.0041	-0.0065	0.0187	0.0404	0.1457	-0.1191	-0.0857	-0.0575	-0.0812	-0.0189	0.049	0.0001	0.0921	-0.0069	0.0111	0.1499	-0.0184	0.1444	2.6184	-14.4185	1.3844
5	0.068	0.0578	-0.015	0.2236	-0.08	0.0131	0.0346	-0.1695	0.0801	-0.0128	-0.0683	-0.1033	0.0226	-0.0665	-0.0228	0.069	-0.0012	-0.0115	0.1577	-0.0174	0.0925	-3.4539	-8.0025	12.4063
6	0.0873	-0.0181	-0.0415	0.0186	0.0106	0.0101	0.0057	-0.1826	-0.0618	-0.0113	-0.0973	-0.0152	0.0163	-0.0714	-0.0092	0.0959	-0.0087	-0.0284	0.1932	0.0082	0.0843	-2.1375	-14.1027	17.1112
7	0.2397	0.0407	0.0813	0.0095	0.0268	0.1907	-0.0362	-0.3128	0.0225	0.0401	-0.0466	0.0063	-0.0988	0.0306	-0.0099	0.106	-0.0002	-0.0143	0.2129	-0.0683	0.1361	-4.6502	0.3473	23.0427
8	0.0051	0.0056	-0.0035	0.0122	-0.0028	0.0462	-0.0721	-0.0893	-0.0692	0.0765	0.0359	0.0037	-0.0165	0.1494	-0.0491	0.0738	-0.0228	-0.0534	0.2692	0.0175	0.0921	5.5683	-2.3473	23.7412
9	0.0082	0.0002	-0.0234	0.0117	-0.0098	0.0318	-0.0162	-0.0955	-0.0474	0.0448	0.1125	-0.0056	-0.0355	-0.1022	0.0088	0.1031	0.0162	-0.0068	0.1969	0.0431	0.1065	6.3462	-17.0141	23.6303
10	-0.0074	-0.0026	-0.0241	0.0624	0.0105	0.0325	-0.0275	-0.0023	-0.0985	-0.1406	0.0284	0.1698	-0.061	0.0475	-0.002	0.076	-0.0266	0.0128	0.1262	-0.0194	0.1261	-35.8986	-5.2559	14.7211
11	0.0134	0.0132	0.0026	0.0418	-0.0501	0.0671	-0.0385	-0.0035	0.0607	-0.2815	-0.0043	0.1733	0.1413	-0.0895	-0.0022	0.1883	-0.0576	0.0008	0.2321	-0.0564	0.1368	-38.8722	-15.3158	9.3219
12	0.0127	-0.0051	-0.0035	-0.0069	0.013	0	0.0124	0.0582	0.0638	0.0904	-0.0061	0.1471	-0.0581	0.0632	0.0001	0.1012	0.0014	0.0036	0.1975	-0.0235	0.1679	-42.1042	-1.1508	16.7377
13	0.0984	-0.109	0.0351	0.1814	-0.0131	0.064	0.0271	0.0423	0.151	-0.1958	-0.0002	0.2154	0.0104	0.0175	0.0033	0.0502	-0.0197	0.0021	0.1375	-0.0256	0.1686	-31.6304	0.7417	7.9129
14	0.1617	-0.046	-0.0776	0.0667	-0.0475	0.02	0.0051	-0.1248	-0.0108	-0.0911	-0.0188	0.0239	0.0038	0.085	-0.0022	0.086	0.0009	0.0228	0.1436	-0.0114	0.1041	-21.6064	-4.7194	13.7196
15	0.2028	0.0241	0.0678	0.0347	-0.037	0.0996	-0.0216	-0.0855	0.0264	-0.0134	-0.2078	-0.0175	0.0778	0.0347	-0.0602	0.025	0.0275	0.0679	0.1716	0.0848	0.224	-24.382	-21.5557	21.6181
16	0.1414	0.0853	-0.0431	0.0229	-0.0101	0.0408	-0.1065	-0.356	-0.0856	0.0909	0.0688	-0.0204	-0.0338	-0.0008	-0.0445	0.0916	0.0264	0.0311	0.2601	0.0265	0.102	-23.7362	-10.4796	24.0908
17	0.1267	-0.0387	0.1103	0.0253	-0.0284	0.0984	0.0822	-0.1458	0.0407	0.1843	0.0608	0.0654	-0.0266	0.1203	0.0327	0.1431	0.005	0.031	0.2042	-0.0429	0.1225	-31.1674	2.5276	23.7176

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 37 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 38 through 57 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 58 through 74 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 75 through 104 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 105 through 116 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 117 through 137 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 138 through 151 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 152 through 169 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 0 through 25 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 26 through 37 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 38 through 46 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 47 through 74 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 75 through 116 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 117 through 126 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 127 through 151 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 152 through 169 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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