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- PDB-9p3z: Solution structure of the novel zinc finger from ZC4H2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9p3z
タイトルSolution structure of the novel zinc finger from ZC4H2
要素Zinc finger C4H2 domain-containing protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / HCA127 KIAA1166 ZARD C4 zinc finger
機能・相同性
機能・相同性情報


noradrenergic neuron development / regulation of transcription regulatory region DNA binding / spinal cord motor neuron differentiation / neuromuscular junction development / protein monoubiquitination / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of neuron differentiation / nervous system development / postsynaptic membrane / neuronal cell body ...noradrenergic neuron development / regulation of transcription regulatory region DNA binding / spinal cord motor neuron differentiation / neuromuscular junction development / protein monoubiquitination / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of neuron differentiation / nervous system development / postsynaptic membrane / neuronal cell body / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Zinc finger C4H2 domain-containing protein / Zinc finger C4H2-type / Zinc finger-containing protein / Zinc finger C4H2-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger C4H2 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Alexandrescu, A.T. / Rua, A.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2025
タイトル: Zinc-Induced Folding and Solution Structure of the Eponymous Novel Zinc Finger from the ZC4H2 Protein
著者: Harris, R.E. / Rua, A.J. / Alexandrescu, A.T.
履歴
登録2025年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger C4H2 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,0972
ポリマ－3,0321
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 300structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Zinc finger C4H2 domain-containing protein / Hepatocellular carcinoma-associated antigen 127


分子量: 3031.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized by Biomatik / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NQZ6
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H TOCSY
121isotropic12D 1H-1H NOESY
131isotropic12D 1H-15N HSQC
242isotropic22D 1H-1H TOCSY
252isotropic22D 1H-1H NOESY
262isotropic22D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution11.6 mM ZC4H2-ZL, 1.6 mM zinc, 90 M H2O, 10 % [U-2H] D2O, 90% H2O/10% D2OSample used for experiments in H2Osample_190% H2O/10% D2O
solution20.9 mM ZC4H2-ZL, 0.9 mM zinc, 100 M [U-2H] D2O, 100% D2OSample used for experiments in D2Osample_2100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.6 mMZC4H2-ZLnatural abundance1
1.6 mMzincnatural abundance1
90 MH2Onatural abundance1
10 %D2O[U-2H]1
0.9 mMZC4H2-ZLnatural abundance2
0.9 mMzincnatural abundance2
100 MD2O[U-2H]2
試料状態
Conditions-ID詳細イオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1No added buffers or salts except Zn2+ (listed ionic strength as 0)0 mMsample_conditions_161 atm283 K
2No added buffers or salts except Zn2+ (listed ionic strength as 0)0 mMsample_conditions_25.91 atm283 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO8001
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr Analysis2.5.2CCPNchemical shift assignment
DISNMR6.3.0Mestrelab解析
TopSpin4.1Bruker Biospincollection
X-PLOR NIH3.8Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5 / 詳細: water refinement
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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