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- PDB-9p38: YsxC-GMPPNP treated 44.5SYsxC particles. Class 1. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9p38
タイトルYsxC-GMPPNP treated 44.5SYsxC particles. Class 1.
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 16
  • 23S rRNA
  • Probable GTP-binding protein EngB
キーワードRIBOSOME / 44.5S particle / YsxC
機能・相同性
機能・相同性情報


division septum assembly / large ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation ...division septum assembly / large ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
GTP-binding protein, ribosome biogenesis, YsxC / EngB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / EngB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / : / Ribosomal protein L17 signature. / : ...GTP-binding protein, ribosome biogenesis, YsxC / EngB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / EngB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / : / Ribosomal protein L17 signature. / : / Ribosomal protein L32p, bacterial type / : / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / : / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / : / Large ribosomal subunit protein uL24, C-terminal domain / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L24 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L23/L25, conserved site / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L30, conserved site / Ribosomal protein L30 signature. / Ribosomal protein L29, conserved site / Ribosomal protein L29 signature. / Small GTP-binding protein domain / Ribosomal protein L15, conserved site / Ribosomal protein L15 signature. / Ribosomal protein L13 signature. / Ribosomal protein L13, conserved site / Ribosomal protein L22/L17, conserved site / Ribosomal protein L22 signature. / Ribosomal protein L14P, conserved site / Ribosomal protein L14 signature. / Ribosomal L29 protein / Ribosomal protein L29/L35 / Ribosomal protein L29/L35 superfamily / Ribosomal protein L24 signature. / Ribosomal protein L24/L26, conserved site / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L30, ferredoxin-like fold domain / Ribosomal protein L30p/L7e / KOW (Kyprides, Ouzounis, Woese) motif. / Ribosomal protein L25/L23 / Ribosomal protein L30, ferredoxin-like fold domain superfamily / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L13 superfamily / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L15 / Ribosomal protein L14P / Ribosomal protein L14 superfamily / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L26/L24, KOW domain / Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal protein L22p/L17e / Ribosomal protein L22/L17 superfamily / Ribosomal protein L3, conserved site / Ribosomal protein L3 signature. / Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L18e/L15P / Ribosomal L18e/L15P superfamily / Ribosomal protein L4/L1e / Ribosomal protein L4 domain superfamily / Ribosomal protein L4/L1 family / Ribosomal protein L23/L15e core domain superfamily / Translation protein SH3-like domain superfamily / Zinc-binding ribosomal protein / KOW motif / KOW / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Ribosomal protein L2, domain 2
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL17 ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Probable GTP-binding protein EngB / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL29
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ortega, J. / Seffouh, A.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: YsxC is a placeholder for ribosomal protein uL2 during 50S ribosomal subunit assembly.
著者: Amal Seffouh / Dominic Arpin / Kaustuv Basu / Joaquin Ortega /
要旨: The maturation of the functional core of the 50S ribosomal subunit in Bacillus subtilis is assisted by assembly factors that enhance the efficiency of the process. Two essential assembly factors, the ...The maturation of the functional core of the 50S ribosomal subunit in Bacillus subtilis is assisted by assembly factors that enhance the efficiency of the process. Two essential assembly factors, the GTPases RbgA and YphC, bind at or near the functional sites of the 50S subunit to promote the folding of ribosomal RNA helices that play key functional roles. YsxC is another GTPase involved in the maturation of the 50S subunit, whose function remains unknown. We demonstrate that YsxC aids 50S assembly through a drastically different mechanism. YsxC binds in the body of the 44.5S large ribosome assembly intermediate, occupying the site where uL2 binds and controls the timing in the folding of rRNA helices forming the binding site for uL2. It creates a "primordial" binding site that includes six out of the eleven rRNA helices forming the uL2 mature binding site. Once YsxC is released, uL2 binds to this "primordial" binding site, and the remaining helices that stabilize uL2 fold, and the entire region adopts the mature conformation. This role of YsxC functioning as a placeholder factor for ribosomal protein uL2 provides the first example of such a factor's involvement in the ribosome assembly process in bacteria.
履歴
登録2025年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 23S rRNA
D: 50S ribosomal protein L3
E: 50S ribosomal protein L4
J: 50S ribosomal protein L13
K: 50S ribosomal protein L14
L: 50S ribosomal protein L15
N: 50S ribosomal protein L17
P: 50S ribosomal protein L19
Q: 50S ribosomal protein L20
R: 50S ribosomal protein L21
S: 50S ribosomal protein L22
T: 50S ribosomal protein L23
U: 50S ribosomal protein L24
Z: 50S ribosomal protein L30
b: 50S ribosomal protein L32
Y: 50S ribosomal protein L29
d: 50S ribosomal protein L34
B: Probable GTP-binding protein EngB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,174,54918
ポリマ－1,174,54918
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
50S ribosomal protein ... , 16種, 16分子 DEJKLNPQRSTUZbYd

#2: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22723.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
遺伝子: rplC, B4122_1436, B4417_1506, ETA10_00730, ETK61_00730, ETK71_00730, SC09_Contig26orf00060
発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063X745
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22424.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
遺伝子: rplD, B4122_1435, B4417_1507, ETK71_00735, SC09_Contig26orf00061
発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063X8U6
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16407.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
遺伝子: rplM, B4122_1403, B4417_1539, D3797_020925, ETA10_00900, ETK61_00900, ETK71_00900
発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063XCH0
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13175.288 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
遺伝子: rplN, B4122_1427, B4417_1515, CJ481_04140, D3797_021045, ETA10_00780, ETK61_00780, ETK71_00780, SC09_Contig26orf00070
発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063X754
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15410.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
遺伝子: rplO, B4122_1418, B4417_1524, D3797_021000, ETA10_00825, ETK61_00825, ETK71_00825
発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063XCP1
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13774.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
遺伝子: rplQ, B4122_1408, B4417_1534, CJ481_04045, D3797_020950, ETA10_00875, ETK61_00875, ETK71_00875, SC09_Contig26orf00091
発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063XCG5
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13416.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
遺伝子: rplS, B4122_2715, B4417_3551, CJ481_18820, D3797_012615, ETA10_08770, ETK61_09045, ETK71_08680, SC09_Contig19orf01139
発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063XHU6
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13537.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
遺伝子: rplT, B4122_3557, B4122_3823, B4417_0515, CJ481_11505, D3797_006720, ETA10_14785, ETK61_15815, ETK71_14810, SC09_Contig17orf00528
発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063XFC1
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11296.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
遺伝子: rplU, B4122_3686, B4417_0614, D3797_007210, ETA10_14315, ETK61_15045, ETK71_14340, SC09_Contig17orf00255
発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063XIS2
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12481.608 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
遺伝子: rplV, B4122_1432, B4417_1510, CJ481_04165, D3797_021070, ETA10_00755, ETK61_00755, ETK71_00755, KS08_00695, SC09_Contig26orf00065
発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: F5HRT3
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10978.813 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
遺伝子: rplW, B4122_1434, B4417_1508, ETA10_00740, ETK61_00740, ETK71_00740, KS08_00680, SC09_Contig26orf00062
発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063XB36
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11166.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
遺伝子: rplX, B4122_1426, B4417_1516, CJ481_04135, D3797_021040, ETA10_00785, ETK61_00785, ETK71_00785, SC09_Contig26orf00072
発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: F5HRS7
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6650.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
遺伝子: rpmD, B4122_1419, B4417_1523, CJ481_04100, D3797_021005, ETA10_00820, ETK61_00820, ETK71_00820, KS08_00760, SC09_Contig26orf00079
発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: F5HRU6
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6745.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
遺伝子: rpmF, CJ481_19300, D3797_013100, ETA10_08290, ETK61_08565, ETK71_08200, KS08_07655
発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A3A5I502
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7728.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
遺伝子: rpmC, B4122_1429, B4417_1513, CJ481_04150, D3797_021055, ETA10_00770, ETK61_00770, ETK71_00770, KS08_00710, SC09_Contig26orf00068
発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: F5HRV8
#17: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5271.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
遺伝子: rpmH, CJ481_04925, D3797_000040, ETA10_21790, ETK61_22795, ETK71_21425, KS08_20020
発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063XCT1

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RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#18: タンパク質 Probable GTP-binding protein EngB


分子量: 22060.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
遺伝子: yihA, engB, B4122_3751, J5227_02435, P5633_09985, SC09_Contig17orf00345
発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063XEZ9
#1: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 949300.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: GenBank: 2210155072

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: YsxC-GMPPNP treated 44.5SYsxC particles. Class 1. / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIX1.21.2_5419モデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 873768 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 2.5 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00566341
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.694100118
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d24.24233365
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04112938
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0054737

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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