PDB-9p1h: 100K human S-adenosylmethionine decarboxylase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9p1h

タイトル

100K human S-adenosylmethionine decarboxylase

要素

(S-adenosylmethionine decarboxylase ...) x 2

キーワード

LYASE / polyamine biosynthesis / decarboxylase / AdoMet

機能・相同性

機能・相同性情報

spermine biosynthetic process / adenosylmethionine decarboxylase / adenosylmethionine decarboxylase activity / Metabolism of polyamines / polyamine metabolic process / putrescine binding / spermidine biosynthetic process / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.81 Å

データ登録者

Patel, J.R. / Bonzon, T.J. / Bahkt, T. / Fagbohun, O.O. / Clinger, J.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biomolecules / 年: 2025
タイトル: Multi-Temperature Crystallography of S-Adenosylmethionine Decarboxylase Observes Dynamic Loop Motions
著者: Patel, J.R. / Bonzon, T.J. / Bakht, T.F. / Fagbohun, O.O. / Clinger, J.A.

履歴

登録	2025年6月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9p1h.cif.gz	420 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9p1h.ent.gz	314 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9p1h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9p1h_validation.pdf.gz	869.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9p1h_full_validation.pdf.gz	876 KB	表示
XML形式データ	9p1h_validation.xml.gz	32.8 KB	表示
CIF形式データ	9p1h_validation.cif.gz	44.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/9p1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/9p1h	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9p7qC 9pbbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/1188 / データの種類: diffraction image data

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: S-adenosylmethionine decarboxylase alpha chain

B: S-adenosylmethionine decarboxylase beta chain

D: S-adenosylmethionine decarboxylase beta chain

C: S-adenosylmethionine decarboxylase alpha chain

ヘテロ分子

80.8 kDa, 4 ポリマー
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1

A: S-adenosylmethionine decarboxylase alpha chain

B: S-adenosylmethionine decarboxylase beta chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
40.5 kDa, 2 ポリマー
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2

D: S-adenosylmethionine decarboxylase beta chain

C: S-adenosylmethionine decarboxylase alpha chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
40.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	73.855, 55.946, 99.247
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.882, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
S-adenosylmethionine decarboxylase ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	S-adenosylmethionine decarboxylase alpha chain 分子量: 30685.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AMD1, AMD / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P17707
#2: タンパク質	S-adenosylmethionine decarboxylase beta chain 分子量: 9375.358 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AMD1, AMD / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P17707

-
非ポリマー , 4種, 369分子

#3: 化合物	ChemComp-PUT / 1,4-DIAMINOBUTANE / PUTRESCINE 分子量: 88.151 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER 分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.45 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 4mg/mL enzyme in 200mM NaCl 50mM HEPES pH 7.5 1:1 to reservoir solution containing 4-8% PEG 8000 and 50mM Tris-HCl pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年2月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.81→43.48 Å / Num. obs: 67064 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 26.81 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.088 / Χ²: 0.79 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 225636
反射シェル	解像度: 1.81→1.86 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 1.671 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 5042 / CC_1/2: 0.301 / R_pim(I) all: 1.054 / R_rim(I) all: 1.983 / Χ²: 0.58 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
Aimless		データスケーリング
xia2		データ削減
PDB_EXTRACT		データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.81→43.46 Å / SU ML: 0.2018 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.1654
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1993	3370	5.03 %
R_work	0.1806	63588	-
obs	0.1816	66958	96.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.81→43.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4953	0	56	362	5371

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0069	5129
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8159	6910
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0498	744
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0086	877
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.0591	1884

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.81-1.83	0.3063	119	0.3194	2407	X-RAY DIFFRACTION	88.66
1.83-1.86	0.3322	159	0.3089	2647	X-RAY DIFFRACTION	96.46
1.86-1.89	0.2957	151	0.2824	2655	X-RAY DIFFRACTION	98.04
1.89-1.92	0.2826	137	0.2661	2674	X-RAY DIFFRACTION	97.33
1.92-1.95	0.2592	141	0.2471	2668	X-RAY DIFFRACTION	97.26
1.95-1.99	0.2701	133	0.2283	2650	X-RAY DIFFRACTION	97.41
1.99-2.03	0.2041	133	0.2111	2681	X-RAY DIFFRACTION	96.83
2.03-2.07	0.2122	119	0.212	2664	X-RAY DIFFRACTION	96.46
2.07-2.11	0.2478	147	0.21	2631	X-RAY DIFFRACTION	95.63
2.11-2.16	0.2277	128	0.2001	2314	X-RAY DIFFRACTION	84.7
2.16-2.22	0.2107	141	0.1874	2676	X-RAY DIFFRACTION	98.05
2.22-2.28	0.2236	130	0.1755	2685	X-RAY DIFFRACTION	97.64
2.28-2.34	0.2274	130	0.1759	2711	X-RAY DIFFRACTION	98.1
2.34-2.42	0.1905	156	0.1731	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.03
2.42-2.51	0.1837	158	0.1775	2707	X-RAY DIFFRACTION	98.32
2.51-2.61	0.1916	160	0.1846	2680	X-RAY DIFFRACTION	98.3
2.61-2.72	0.2075	155	0.1853	2693	X-RAY DIFFRACTION	98.31
2.72-2.87	0.1977	138	0.1851	2716	X-RAY DIFFRACTION	98.18
2.87-3.05	0.2129	132	0.1794	2534	X-RAY DIFFRACTION	92.15
3.05-3.28	0.1974	127	0.1702	2595	X-RAY DIFFRACTION	93.03
3.28-3.61	0.1761	160	0.1605	2735	X-RAY DIFFRACTION	99.28
3.61-4.14	0.1725	126	0.1465	2778	X-RAY DIFFRACTION	98.94
4.14-5.21	0.1455	158	0.1393	2740	X-RAY DIFFRACTION	98.04
5.21-43.46	0.2154	132	0.198	2637	X-RAY DIFFRACTION	91.63

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.93940092637	-0.210745577111	-0.17632404057	2.98975610689	-0.368819350152	2.72407589398	0.118139421662	0.208375656049	-0.119879912622	-0.090504404088	-0.0412671271737	0.0475428666828	-0.0383061374714	-0.0316224115015	-0.0489254576098	0.224283051316	0.0138137486092	-0.00871955230214	0.181688339268	-0.0159921644672	0.203288160851	37.7953216731	2.38437500601	-46.2771625663
2	1.86207703307	-0.15765188671	-0.656198705012	1.61092628432	-1.14605737491	5.2643977918	-0.0639827271769	0.492916651919	-0.454694354281	-0.379874568371	-0.0923111916726	-0.151951478227	0.51414622649	0.313653367047	0.142710609142	0.384943859738	0.0510080353693	0.0453735401574	0.341761197145	-0.0837158939764	0.282216716988	46.7085384083	-4.22394941128	-50.824664309
3	2.43726875552	-0.0504171011663	0.879277660769	1.24667525511	0.0611077583194	1.74508760153	0.0269569278853	-0.199932583072	-0.324396438085	-0.0397213902981	-0.0351609697602	-0.0327179912035	0.223514598595	0.154100429845	0.00588104717142	0.219017589512	0.0151709055745	-0.000574465775127	0.154267210034	0.00405541143466	0.218810525567	44.1438760521	-1.27990120529	-33.2158394029
4	2.66155621328	-0.212811163855	0.144407121277	1.90245625926	-0.082259351877	1.81802068815	0.0131667301711	-0.0372202468148	0.187356564068	-0.121686774989	-0.111534532909	-0.0841810165032	-0.168163929293	0.235023563836	0.0755653404645	0.215997076678	-0.0150161805593	-0.000704770368554	0.160011039449	0.00801465093597	0.176148043864	35.9548845522	10.9577829145	-37.3330478257
5	3.30448797922	0.303452892528	0.339274533939	3.4642946667	0.534648017923	3.59414898695	0.0278105628484	-0.0190136483321	-0.0098379048793	-0.750755260362	0.096890997669	0.908268797023	0.111876657781	-0.714210117523	-0.0714388617479	0.331349639233	-0.0170937651583	-0.123984618427	0.336291369877	0.0340859317304	0.479857256335	12.117107607	6.4979790271	-44.9813468251
6	2.4035486361	0.246281129289	0.152665931659	1.57134179341	-0.597084256045	2.57375109808	-0.0155626832033	0.0107022403695	0.294914405807	-0.0851888962097	-0.022855200384	0.246385091707	-0.151264209528	-0.113603345693	0.0500699209364	0.19591914537	0.0115728166954	-0.024201652866	0.127938404278	-0.0119417591297	0.261079329395	25.7589226357	11.3224026435	-40.537931149
7	4.70318750403	0.565454331621	-1.53760348978	1.25648518561	-0.00802966821465	2.41509567056	0.081301461013	-0.254090043552	0.970620591869	0.114062967259	0.0105819086478	0.280524970296	-0.498381759934	0.0963075141213	-0.0913400138811	0.28785349678	-0.0144476637689	-0.0142271846191	0.20374338726	-0.0387557952633	0.3341358119	34.9543602272	17.1450289944	-31.0841004742
8	4.64281291791	0.0622611697876	-0.652985557128	3.33145452237	0.22710543147	3.52656218853	0.0613220904353	-0.791291434726	0.380665137671	0.236177746541	-0.134837067815	0.0774931900487	-0.274662197568	0.149169971336	0.0368319875099	0.224547885276	0.00386636443601	-0.0395990599568	0.233331256623	-0.0432656203085	0.219893921093	38.4240089585	14.0270893615	-26.3008322042
9	1.1015921469	-0.0561903406783	0.559122752383	1.23312651066	-0.0286974457004	1.3942104175	0.0307421207239	0.136503946154	-0.0709765589406	-0.232111815485	-0.0098963768056	-0.0349857469872	0.0899036273313	0.328748861443	-0.00802420123628	0.24297308717	0.0184889947626	0.0079491527851	0.223023562538	-0.0115833213006	0.19573275311	40.700030316	2.57288368338	-47.1826640167
10	2.6542271166	0.272428063977	-0.378000709228	2.84542348621	-0.318066286625	5.45816387875	0.078096793206	0.403452715956	-0.728132312363	-0.491479026387	-0.19619952576	0.136739558859	0.335639413711	0.103425850762	0.111124250634	0.323881640357	0.0240033293653	0.0172761063468	0.306513452996	-0.12394267448	0.315040547534	36.9538642787	-7.0721072915	-53.667484407
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22	3.32340573101	-0.0477334108979	-0.423668375825	3.31346519181	0.243312854798	3.12770796864	-0.237730231237	-0.119745864183	0.281497673093	-0.0819372414086	0.000215981138614	0.187370727779	-0.120355978862	-0.0282127469661	0.193141389619	0.223236597945	0.00624541859073	-0.0214394468923	0.209339285495	-0.00934200584281	0.237696980586	53.2794497275	14.4886630645	-19.3418206221

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 69 through 86 )	A	B	69 - 86	2 - 19
2	2	chain 'A' and (resid 87 through 102 )	A	B	87 - 102	20 - 35
3	3	chain 'A' and (resid 103 through 162 )	A	B	103 - 162	36 - 95
4	4	chain 'A' and (resid 163 through 192 )	A	B	163 - 192	96 - 125
5	5	chain 'A' and (resid 193 through 206 )	A	B	193 - 206	126 - 139
6	6	chain 'A' and (resid 207 through 275 )	A	B	207 - 275	140 - 208
7	7	chain 'A' and (resid 276 through 304 )	A	B	276 - 304	209 - 231
8	8	chain 'A' and (resid 305 through 329 )	A	B	305 - 329	232 - 256
9	9	chain 'B' and (resid 6 through 36 )	B	H	6 - 36	1 - 24
10	10	chain 'B' and (resid 37 through 47 )	B	H	37 - 47	25 - 35
11	11	chain 'B' and (resid 48 through 67 )	B	H	48 - 67	36 - 55
12	12	chain 'D' and (resid 6 through 47 )	D	I	6 - 47	1 - 34
13	13	chain 'D' and (resid 48 through 66 )	D	I	48 - 66	35 - 53
14	14	chain 'C' and (resid 69 through 86 )	C	L	69 - 86	2 - 19
15	15	chain 'C' and (resid 87 through 102 )	C	L	87 - 102	20 - 35
16	16	chain 'C' and (resid 103 through 162 )	C	L	103 - 162	36 - 95
17	17	chain 'C' and (resid 163 through 192 )	C	L	163 - 192	96 - 125
18	18	chain 'C' and (resid 193 through 206 )	C	L	193 - 206	126 - 139
19	19	chain 'C' and (resid 207 through 222 )	C	L	207 - 222	140 - 155
20	20	chain 'C' and (resid 223 through 287 )	C	L	223 - 287	156 - 220
21	21	chain 'C' and (resid 288 through 315 )	C	L	288 - 315	221 - 241
22	22	chain 'C' and (resid 316 through 328 )	C	L	316 - 328	242 - 254

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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