PDB-9p17: Thermolysin Room-Temperature In-Situ, Shipped

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9p17

タイトル

Thermolysin Room-Temperature In-Situ, Shipped

要素

Thermolysin

キーワード

HYDROLASE / thermostable / metalloprotease

機能・相同性

機能・相同性情報

thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.66 Å

データ登録者

Campomizzi, C.S. / Snell, M.E. / Mikolajek, H. / Sandy, J. / Sanchez-Weatherby, J. / Budziszewski, G.R. / Hough, M.A. / Bowman, S.E.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Does crossing the pond affect crystal quality?
著者: Campomizzi, C.S. / Snell, M.E. / Mikolajek, H. / Sandy, J. / Sanchez-Weatherby, J. / Budziszewski, G.R. / Russi, S. / Howells Jr., R. / Cohen, A. / Hough, M.A. / Bowman, S.E.J.

履歴

登録	2025年6月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9p17.cif.gz	82.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9p17.ent.gz	59.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9p17.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9p17_validation.pdf.gz	437.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9p17_full_validation.pdf.gz	438.4 KB	表示
XML形式データ	9p17_validation.xml.gz	17.9 KB	表示
CIF形式データ	9p17_validation.cif.gz	25.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/9p17 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/9p17	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9p12C 9p13C 9p14C 9p15C 9p16C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thermolysin

ヘテロ分子

34.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.032, 93.032, 130.452
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Thermolysin / Neutral protease 分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 遺伝子: nprS, nprM 発現宿主: Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 参照: UniProt: P43133, thermolysin
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.20 M sodium di-hydrogen phosphate, 16.7% polyethylene glycol (PEG) 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: VMXi / 波長: 0.7749 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年9月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.7749 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.66→80.57 Å / Num. obs: 39612 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 10.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.132 / R_pim(I) all: 0.054 / R_rim(I) all: 0.143 / Χ²: 0.58 / Net I/σ(I): 11.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
9.09-80.57	9.7	0.038	61.3	325	0.999	0.015	0.041	1.54	100
1.66-1.69	4.6	1.611	0.5	1768	0.368	1.024	1.934	0.29	91

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.105)	精密化
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築
xia2.multiplex		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.66→80.568 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.083 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1831	1991	5.035 %
R_work	0.1605	37554	-
all	0.162	-	-
obs	-	39545	98.865 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.317 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.164 Å²	-0.082 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.164 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.534 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.66→80.568 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2420	0	11	228	2659

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2499
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.78	1.773	3408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.171	5	319
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.508	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.061	10	353
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.05	10	122
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	364
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	1990
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	1195
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.323	0.2	1801
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	238
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.089	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.331	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.272	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.71	1.766	1273
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.324	3.158	1593
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.218	2.114	1226
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.03	3.695	1815
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.977	24.345	4147

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.66-1.703	0.363	102	0.343	2547	0.344	2882	0.875	0.898	91.9153	0.341
1.703-1.75	0.366	124	0.316	2571	0.318	2827	0.875	0.916	95.3307	0.313
1.75-1.801	0.278	124	0.272	2589	0.272	2766	0.944	0.945	98.0839	0.262
1.801-1.856	0.268	133	0.239	2507	0.241	2670	0.953	0.959	98.8764	0.224
1.856-1.917	0.227	134	0.204	2456	0.205	2595	0.966	0.971	99.8073	0.182
1.917-1.984	0.174	122	0.178	2396	0.178	2519	0.977	0.978	99.9603	0.156
1.984-2.059	0.207	126	0.175	2295	0.176	2421	0.971	0.98	100	0.153
2.059-2.143	0.178	117	0.161	2240	0.162	2357	0.977	0.984	100	0.137
2.143-2.238	0.193	120	0.151	2131	0.153	2251	0.978	0.985	100	0.129
2.238-2.347	0.205	130	0.146	2034	0.15	2164	0.974	0.987	100	0.123
2.347-2.474	0.193	122	0.152	1944	0.155	2066	0.979	0.986	100	0.125
2.474-2.624	0.204	100	0.156	1855	0.158	1955	0.974	0.985	100	0.133
2.624-2.805	0.164	96	0.15	1756	0.15	1852	0.985	0.986	100	0.125
2.805-3.029	0.215	83	0.15	1647	0.153	1730	0.973	0.986	100	0.129
3.029-3.318	0.138	85	0.155	1513	0.154	1598	0.987	0.985	100	0.133
3.318-3.709	0.162	81	0.127	1385	0.129	1466	0.984	0.991	100	0.114
3.709-4.281	0.131	71	0.112	1231	0.113	1302	0.991	0.994	100	0.102
4.281-5.24	0.125	54	0.106	1071	0.107	1125	0.991	0.994	100	0.095
5.24-7.395	0.145	43	0.152	852	0.151	895	0.979	0.989	100	0.136
7.395-80.568	0.172	24	0.148	533	0.149	557	0.99	0.989	100	0.151

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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