PDB-9p16: Thermolysin Room-Temperature In-Situ, Grown On-Site

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9p16

タイトル

Thermolysin Room-Temperature In-Situ, Grown On-Site

要素

Thermolysin

キーワード

HYDROLASE / thermostable / metalloprotease

機能・相同性

機能・相同性情報

thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.73 Å

データ登録者

Campomizzi, C.S. / Snell, M.E. / Mikolajek, H. / Sandy, J. / Sanchez-Weatherby, J. / Budziszewski, G.R. / Hough, M.A. / Bowman, S.E.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Does crossing the pond affect crystal quality?
著者: Campomizzi, C.S. / Snell, M.E. / Mikolajek, H. / Sandy, J. / Sanchez-Weatherby, J. / Budziszewski, G.R. / Russi, S. / Howells Jr., R. / Cohen, A. / Hough, M.A. / Bowman, S.E.J.

履歴

登録	2025年6月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9p16.cif.gz	135.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9p16.ent.gz	102.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9p16.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9p16_validation.pdf.gz	427.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9p16_full_validation.pdf.gz	428 KB	表示
XML形式データ	9p16_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	9p16_validation.cif.gz	24.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/9p16 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/9p16	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9p12C 9p13C 9p14C 9p15C 9p17C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thermolysin

ヘテロ分子

34.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.073, 93.073, 130.561
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-711- HOH

#1: タンパク質	Thermolysin / Neutral protease 分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 遺伝子: nprS, nprM 発現宿主: Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 参照: UniProt: P43133, thermolysin
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.20 M sodium di-hydrogen phosphate, 16.7% polyethylene glycol (PEG) 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: VMXi / 波長: 0.7749 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.7749 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.73→80.6 Å / Num. obs: 35537 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.181 / R_pim(I) all: 0.077 / R_rim(I) all: 0.197 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I): 9.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
8.99-80.6	10	0.029	41.3	322	1	0.012	0.031	0.49	99.9
1.73-1.76	5.7	1.95	0.8	1925	0.288	1.292	2.352	0.93	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.100)	精密化
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築
xia2.multiplex		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.73→80.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 2.257 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.085 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1726	1844	5.197 %
R_work	0.1469	33641	-
all	0.148	-	-
obs	-	35485	99.972 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.431 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.144 Å²	-0.072 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.144 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.468 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.73→80.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2412	0	10	212	2634

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2505
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2170
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.757	1.771	3420
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.627	1.735	4978
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.887	5	322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.471	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.157	10	348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.891	10	122
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	366
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3078
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	624
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	548
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	2039
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.193	0.2	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1363
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	196
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.115	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.271	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.205	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.442	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.558	1.792	1282
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.55	1.792	1282
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.164	3.206	1606
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.164	3.206	1607
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.925	2.106	1223
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.919	2.102	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.458	3.703	1814
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.457	3.698	1809
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.043	27.164	3128
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.738	22.853	3071

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.73-1.775	0.322	129	0.31	2432	0.311	2562	0.921	0.919	99.961	0.311
1.775-1.824	0.279	140	0.278	2377	0.278	2519	0.937	0.942	99.9206	0.279
1.824-1.877	0.276	150	0.251	2269	0.253	2419	0.945	0.952	100	0.249
1.877-1.934	0.246	115	0.202	2267	0.204	2383	0.962	0.972	99.958	0.193
1.934-1.998	0.196	120	0.175	2173	0.176	2293	0.975	0.979	100	0.162
1.998-2.068	0.196	118	0.166	2129	0.168	2247	0.978	0.982	100	0.15
2.068-2.146	0.158	106	0.155	2043	0.155	2151	0.983	0.985	99.907	0.137
2.146-2.233	0.183	110	0.144	1973	0.146	2083	0.982	0.987	100	0.124
2.233-2.333	0.168	96	0.135	1910	0.137	2006	0.982	0.989	100	0.117
2.333-2.446	0.142	84	0.13	1833	0.131	1917	0.986	0.99	100	0.112
2.446-2.579	0.187	93	0.135	1737	0.137	1830	0.979	0.989	100	0.116
2.579-2.735	0.163	90	0.134	1650	0.135	1740	0.984	0.99	100	0.117
2.735-2.923	0.151	86	0.129	1556	0.13	1642	0.986	0.99	100	0.113
2.923-3.157	0.191	96	0.137	1430	0.14	1526	0.978	0.988	100	0.122
3.157-3.458	0.168	71	0.137	1352	0.138	1423	0.981	0.99	100	0.123
3.458-3.865	0.125	63	0.116	1238	0.116	1301	0.993	0.994	100	0.107
3.865-4.462	0.115	63	0.097	1099	0.098	1162	0.993	0.995	100	0.09
4.462-5.46	0.134	49	0.105	947	0.106	996	0.995	0.995	100	0.097
5.46-7.704	0.145	42	0.143	761	0.143	804	0.99	0.99	99.8756	0.133
7.704-80.6	0.142	23	0.136	465	0.137	491	0.994	0.987	99.389	0.128

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)