PDB-9p15: Thaumatin Room-Temperature In-Situ, Shipped

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9p15

タイトル

Thaumatin Room-Temperature In-Situ, Shipped

要素

Thaumatin I

キーワード

PLANT PROTEIN / monomer

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasmic vesicle
類似検索 - 分子機能

生物種

Thaumatococcus daniellii (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Snell, M.E. / Campomizzi, C.S. / Mikolajek, H. / Sandy, J. / Sanchez-Weatherby, J. / Budziszewski, G.R. / Hough, M.A. / Bowman, S.E.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Does crossing the pond affect crystal quality?
著者: Campomizzi, C.S. / Snell, M.E. / Mikolajek, H. / Sandy, J. / Sanchez-Weatherby, J. / Budziszewski, G.R. / Russi, S. / Howells Jr., R. / Cohen, A. / Hough, M.A. / Bowman, S.E.J.

履歴

登録	2025年6月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9p15.cif.gz	92.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9p15.ent.gz	67.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9p15.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9p15_validation.pdf.gz	424.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9p15_full_validation.pdf.gz	425.7 KB	表示
XML形式データ	9p15_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	9p15_validation.cif.gz	17.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/9p15 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/9p15	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9p12C 9p13C 9p14C 9p16C 9p17C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (8) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thaumatin I

ヘテロ分子

22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.202, 58.202, 150.459
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Thaumatin I / Thaumatin-1 分子量: 22228.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: P02883
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.09 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.59 M di-ammonium tartrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: VMXi / 波長: 0.7749 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.7749 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.67→54.2 Å / Num. obs: 31026 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.147 / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.157 / Net I/σ(I): 11.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.99-54.28	12.3	0.028	25718	1	0.01	0.03
1.67-1.7	5.9	1.895	1453	0.372	1.159	2.236

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築
xia2.multiplex		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.67→54.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 1.874 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.073 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1777	1539	4.974 %
R_work	0.1522	29401	-
all	0.153	-	-
obs	-	30940	99.987 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.717 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.456 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.456 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.912 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.67→54.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1519	0	10	149	1678

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	1606
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1425
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.935	1.796	2198
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.702	1.728	3304
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.918	5	221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.9	5	9
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.341	10	235
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.529	10	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	244
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1959
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	379
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.251	0.2	308
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	1371
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.194	0.2	841
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.094	0.2	893
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.476	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.307	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.17	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.1	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.057	2.052	839
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.052	2.051	839
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.938	3.667	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.943	3.669	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.583	2.37	767
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.585	2.37	766
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.427	4.174	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.427	4.174	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.447	21.437	1850
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.333	20.81	1825

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.67-1.714	0.307	102	0.317	2152	X-RAY DIFFRACTION	99.9557
1.714-1.76	0.324	107	0.292	2066	X-RAY DIFFRACTION	99.954
1.76-1.811	0.252	97	0.263	2018	X-RAY DIFFRACTION	100
1.811-1.867	0.225	100	0.23	1954	X-RAY DIFFRACTION	100
1.867-1.928	0.221	100	0.193	1907	X-RAY DIFFRACTION	99.9502
1.928-1.996	0.21	72	0.174	1873	X-RAY DIFFRACTION	100
1.996-2.071	0.162	98	0.156	1799	X-RAY DIFFRACTION	100
2.071-2.156	0.162	102	0.147	1702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.156-2.251	0.197	95	0.151	1633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.251-2.361	0.183	74	0.143	1602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.361-2.488	0.196	94	0.14	1502	X-RAY DIFFRACTION	100
2.488-2.639	0.192	69	0.142	1450	X-RAY DIFFRACTION	100
2.639-2.821	0.164	82	0.135	1335	X-RAY DIFFRACTION	99.9295
2.821-3.046	0.16	75	0.14	1277	X-RAY DIFFRACTION	100
3.046-3.336	0.163	59	0.143	1177	X-RAY DIFFRACTION	100
3.336-3.728	0.14	54	0.121	1085	X-RAY DIFFRACTION	100
3.728-4.301	0.125	40	0.1	971	X-RAY DIFFRACTION	100
4.301-5.259	0.144	45	0.099	832	X-RAY DIFFRACTION	100
5.259-7.403	0.155	49	0.148	653	X-RAY DIFFRACTION	100
7.403-54.2	0.159	25	0.161	413	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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