PDB-9p14: Thaumatin Room-Temperature In-Situ, Grown On-Site

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9p14

タイトル

Thaumatin Room-Temperature In-Situ, Grown On-Site

要素

Thaumatin I

キーワード

PLANT PROTEIN / monomer

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasmic vesicle
類似検索 - 分子機能

生物種

Thaumatococcus daniellii (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Snell, M.E. / Campomizzi, C.S. / Mikolajek, H. / Sandy, J. / Sanchez-Weatherby, J. / Budziszewski, G.R. / Hough, M.A. / Bowman, S.E.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Does crossing the pond affect crystal quality?
著者: Campomizzi, C.S. / Snell, M.E. / Mikolajek, H. / Sandy, J. / Sanchez-Weatherby, J. / Budziszewski, G.R. / Russi, S. / Howells Jr., R. / Cohen, A. / Hough, M.A. / Bowman, S.E.J.

履歴

登録	2025年6月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9p14.cif.gz	91.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9p14.ent.gz	66.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9p14.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9p14_validation.pdf.gz	427.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9p14_full_validation.pdf.gz	427.4 KB	表示
XML形式データ	9p14_validation.xml.gz	12.5 KB	表示
CIF形式データ	9p14_validation.cif.gz	16.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/9p14 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/9p14	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9p12C 9p13C 9p15C 9p16C 9p17C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (8) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thaumatin I

ヘテロ分子

22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.2, 58.2, 150.445
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Thaumatin I / Thaumatin-1 分子量: 22228.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: P02883
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.08 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.59 M di-ammonium tartrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: VMXi / 波長: 0.7749 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.7749 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.78→54.2 Å / Num. obs: 25718 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.163 / R_pim(I) all: 0.078 / R_rim(I) all: 0.183 / Net I/σ(I): 7.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9.08-54.28	6.4	0.029	25718	1	0.015	0.033
1.78-1.82	4.5	1.397	1435	0.337	1.023	1.747

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築
xia2.multiplex		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.78→54.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 2.664 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.09 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1898	1257	4.903 %
R_work	0.1587	24381	-
all	0.16	-	-
obs	-	25638	99.856 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.397 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.506 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.506 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.011 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→54.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1528	0	10	115	1653

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	1598
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1424
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.143	1.798	2178
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.792	1.744	3300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.455	5	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.722	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.893	10	238
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.321	10	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	238
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1945
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	381
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.252	0.2	303
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.205	0.2	1359
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.192	0.2	838
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.097	0.2	901
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.506	0.2	98
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.43	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.164	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.111	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.424	2.163	833
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.409	2.162	833
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.331	3.864	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.33	3.866	1043
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.219	2.572	765
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.222	2.573	764
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.259	4.487	1131
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.259	4.487	1131
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.109	21.656	1809
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.075	21.412	1789

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.78-1.826	0.331	89	0.323	1764	X-RAY DIFFRACTION	99.8384
1.826-1.876	0.297	86	0.294	1736	X-RAY DIFFRACTION	100
1.876-1.931	0.354	86	0.249	1650	X-RAY DIFFRACTION	100
1.931-1.99	0.233	83	0.231	1624	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.055	0.221	82	0.2	1575	X-RAY DIFFRACTION	99.9397
2.055-2.127	0.227	79	0.189	1532	X-RAY DIFFRACTION	99.876
2.127-2.207	0.219	94	0.177	1463	X-RAY DIFFRACTION	100
2.207-2.297	0.194	62	0.163	1435	X-RAY DIFFRACTION	99.8666
2.297-2.399	0.178	63	0.156	1381	X-RAY DIFFRACTION	99.244
2.399-2.516	0.185	64	0.155	1324	X-RAY DIFFRACTION	99.928
2.516-2.652	0.163	75	0.151	1261	X-RAY DIFFRACTION	99.9252
2.652-2.813	0.243	64	0.148	1170	X-RAY DIFFRACTION	100
2.813-3.006	0.203	64	0.141	1131	X-RAY DIFFRACTION	99.7496
3.006-3.246	0.158	50	0.143	1068	X-RAY DIFFRACTION	99.9106
3.246-3.555	0.166	50	0.13	975	X-RAY DIFFRACTION	100
3.555-3.972	0.154	38	0.118	902	X-RAY DIFFRACTION	100
3.972-4.583	0.135	56	0.097	789	X-RAY DIFFRACTION	100
4.583-5.603	0.163	30	0.111	696	X-RAY DIFFRACTION	100
5.603-7.881	0.112	27	0.152	555	X-RAY DIFFRACTION	99.4872
7.881-54.2	0.141	15	0.153	350	X-RAY DIFFRACTION	97.5936

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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