PDB-9p12: Lysozyme Room-Temperature In-Situ, Shipped

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9p12

タイトル

Lysozyme Room-Temperature In-Situ, Shipped

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

Snell, M.E. / Campomizzi, C.S. / Mikolajek, H. / Sandy, J. / Sanchez-Weatherby, J. / Budziszewski, G.R. / Hough, M.A. / Bowman, S.E.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Does crossing the pond affect crystal quality?
著者: Campomizzi, C.S. / Snell, M.E. / Mikolajek, H. / Sandy, J. / Sanchez-Weatherby, J. / Budziszewski, G.R. / Russi, S. / Howells Jr., R. / Cohen, A. / Hough, M.A. / Bowman, S.E.J.

履歴

登録	2025年6月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9p12.cif.gz	64.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9p12.ent.gz	44.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9p12.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9p12_validation.pdf.gz	420.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9p12_full_validation.pdf.gz	420.9 KB	表示
XML形式データ	9p12_validation.xml.gz	8.6 KB	表示
CIF形式データ	9p12_validation.cif.gz	11 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/9p12 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/9p12	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9p13C 9p14C 9p15C 9p16C 9p17C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

14.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.668, 78.668, 37.683
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-324- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 断片: lyzozyme / 由来タイプ: 天然 / 詳細: monomer / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.53 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.78 M sodium chloride, 0.1 M sodium acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 293 K / Ambient temp details: ambient temperature / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: VMXi / 波長: 0.7749 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.7749 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.57→55.6 Å / Num. obs: 17048 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 15.8 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.071 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 20.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.6-55.63	14.9	0.02	17048	1	0.006	0.021
1.57-1.6	4	1.153	796	0.428	0.84	1.436

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築
xia2.multiplex		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.57→55.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 1.745 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.083 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2033	839	4.933 %
R_work	0.1616	16170	-
all	0.164	-	-
obs	-	17009	99.742 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.171 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.124 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.124 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.248 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.57→55.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	980	0	1	58	1039

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.011	1011
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	907
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.198	1.769	1373
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.788	1.771	2077
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.371	5	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.833	5	7
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.014	10	159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.262	10	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	146
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	1284
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	264
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.273	0.2	237
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.206	0.2	854
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.194	0.2	545
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	606
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.497	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.163	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.162	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.232	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.062	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.662	2.134	522
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.662	2.132	522
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.78	3.815	653
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.802	3.821	654
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.438	2.581	489
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.434	2.586	490
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.757	4.495	719
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.753	4.499	720
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.738	21.612	1229
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.74	21.236	1226

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.57-1.611	0.301	56	0.297	1143	X-RAY DIFFRACTION	98.3593
1.611-1.655	0.311	48	0.267	1148	X-RAY DIFFRACTION	98.5985
1.655-1.703	0.283	57	0.245	1113	X-RAY DIFFRACTION	99.6593
1.703-1.755	0.251	64	0.206	1059	X-RAY DIFFRACTION	99.7336
1.755-1.813	0.244	52	0.19	1058	X-RAY DIFFRACTION	100
1.813-1.876	0.259	46	0.176	1029	X-RAY DIFFRACTION	100
1.876-1.947	0.208	52	0.155	977	X-RAY DIFFRACTION	100
1.947-2.026	0.2	49	0.141	963	X-RAY DIFFRACTION	100
2.026-2.116	0.164	44	0.139	908	X-RAY DIFFRACTION	100
2.116-2.22	0.182	43	0.142	881	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.339	0.183	36	0.137	835	X-RAY DIFFRACTION	100
2.339-2.481	0.208	45	0.147	794	X-RAY DIFFRACTION	100
2.481-2.652	0.21	39	0.151	760	X-RAY DIFFRACTION	100
2.652-2.864	0.2	41	0.176	689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.864-3.137	0.23	41	0.156	647	X-RAY DIFFRACTION	100
3.137-3.505	0.179	36	0.16	583	X-RAY DIFFRACTION	100
3.505-4.045	0.144	29	0.137	527	X-RAY DIFFRACTION	100
4.045-4.948	0.192	28	0.124	461	X-RAY DIFFRACTION	100
4.948-6.969	0.229	21	0.168	363	X-RAY DIFFRACTION	100
6.969-55.6	0.208	12	0.204	232	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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