[日本語] English
万見
- PDB-9oz0: Crystal structure of T6SS effector-immunity complex PA3907-PA3908... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9oz0
タイトルCrystal structure of T6SS effector-immunity complex PA3907-PA3908 from Pseudomonas aeruginosa
要素
  • Immunity protein 52 domain-containing protein
  • Tox-REase-5 domain-containing protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / effector / immunity / complex / type 6 / T6SS / secretion system / Structural Genomics / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID
機能・相同性Tox-REase-5 domain / Restriction endonuclease fold toxin 5 / Imm52 family, TsiT-like / Immunity protein 52 / Immunity protein 52 / CITRIC ACID / Immunity protein 52 domain-containing protein / Tox-REase-5 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.871 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Borek, D. / Skarina, T. / Osipiuk, J. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272200700058C 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00035 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of T6SS effector-immunity complex PA3907-PA3908 from Pseudomonas aeruginosa
著者: Stogios, P.J.
履歴
登録2025年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Immunity protein 52 domain-containing protein
B: Tox-REase-5 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7484
ポリマ－48,5312
非ポリマー2162
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2980 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area19530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.329, 167.329, 167.329
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132

-
要素

#1: タンパク質 Immunity protein 52 domain-containing protein


分子量: 27516.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA3908 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Magic / 参照: UniProt: Q9HXA5
#2: タンパク質 Tox-REase-5 domain-containing protein


分子量: 21014.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA3907 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Magic / 参照: UniProt: Q9HXA6
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG3350 25%, KCl 0.1M, NaCl 0.1M, MgCl2 10mM, Hepes 0.1M pH 7.5, 10mM NH4Citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.87→30 Å / Num. obs: 18909 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2.87→2.92 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 1.337 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 925 / CC1/2: 0.528 / Rpim(I) all: 0.458 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3092: ???)精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.871→29.58 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2855 944 5 %RANDOM
Rwork0.2277 ---
obs0.2305 18870 99.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.871→29.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3295 0 14 2 3311
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033407
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6864632
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.7622019
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041473
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005612
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.871-3.02170.34671310.32242494X-RAY DIFFRACTION100
3.0217-3.21080.35911320.30732507X-RAY DIFFRACTION100
3.2108-3.45840.32661320.272514X-RAY DIFFRACTION100
3.4584-3.80580.30321330.24792531X-RAY DIFFRACTION100
3.8058-4.3550.32271350.21562540X-RAY DIFFRACTION100
4.355-5.48110.22641360.19572595X-RAY DIFFRACTION100
5.4811-29.580.26741450.21272745X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3076-1.4670.20726.3907-0.80684.7765-0.3673-0.3393-0.12381.30711.2837-0.4711-0.8262-0.0996-0.62391.23450.18420.34740.73480.04591.0481-3.9855-7.16345.6572
27.1961-1.97050.15962.84794.17057.6497-0.4502-0.58710.48971.10120.4344-0.0812-0.27060.0754-0.00711.06930.1424-0.02880.51620.1410.75337.7358-15.05546.9121
33.4504-1.9472-0.05713.77763.19723.16230.1487-0.22610.4840.21480.1361-1.28-0.19220.4888-0.19370.89810.0260.00790.61490.09820.848812.1455-10.093639.224
44.01360.67250.40963.0486-0.8261.9086-0.0014-0.18070.52330.77250.01410.6969-0.7665-0.7149-0.02261.0720.08870.20850.52410.20380.8623-0.7523-11.692740.3955
54.29470.73212.05374.6873.72278.64460.07090.05890.04340.49180.74720.4316-0.7079-0.6046-0.66311.09230.19550.39120.91720.30530.9117-5.3139-18.359751.1036
62.348-0.6556-1.26153.62810.72055.65470.1802-0.4510.10750.87530.51880.7577-0.0088-1.1456-0.47761.3370.30280.76561.03270.24861.447-13.6942-6.237747.1299
73.4264-1.26640.37493.67452.95215.9947-0.3055-1.40410.47091.68490.31791.65610.4761-1.8306-0.03541.97130.32370.7771.24120.2691.3151-16.6801-10.925457.6269
81.9840.85260.14481.1008-1.99844.9324-0.7646-0.07320.23621.53620.83011.6342-0.7879-0.9429-0.31471.6250.6051.19481.60860.6432.0794-21.1592-4.66350.5196
98.493-3.5623-3.71865.18814.19854.34450.2285-0.09371.3135-0.16280.1386-0.2829-0.272-0.3636-0.64680.8836-0.01830.00060.7020.02710.705-8.327919.381621.6772
104.37634.15775.44475.18346.37757.9710.55931.2716-1.02662.4344-1.075-0.19891.45623.02410.61711.3502-0.00980.10660.98580.28111.37817.3589-3.574312.738
113.78490.0378-0.98164.4086-2.61723.8069-0.0260.4505-0.471-0.4854-0.1074-0.2960.407-0.16690.07260.5259-0.0174-0.01790.4757-0.04440.5423-3.8007-1.349418.5475
121.7859-1.4387-1.34324.697-1.93473.0306-0.1681-0.0668-0.12830.53260.10930.5989-0.0467-0.55260.05270.4047-0.02760.08850.4324-0.00560.5963-7.9548-3.077526.6547
134.46952.7214-3.56583.1768-0.96193.803-0.5972.1074-0.72350.9339-0.40551.77410.7188-3.83180.51271.2567-0.4483-0.11391.9507-0.08121.3834-17.738-14.806613.1204
140.1178-0.17520.14070.3548-0.15010.14270.5968-5.11080.6386-0.44110.15091.3293-0.03481.2637-1.26991.9984-0.03370.92192.65760.05571.8514-32.846-15.486817.3425
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 25 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 56 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 57 through 90 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 91 through 119 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 120 through 145 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 146 through 178 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 179 through 214 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 215 through 239 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 84 through 102 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 103 through 113 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 114 through 167 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 168 through 232 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 233 through 243 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 244 through 252 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る