PDB-9oz0: Crystal structure of T6SS effector-immunity complex PA3907-PA3908...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9oz0

タイトル

Crystal structure of T6SS effector-immunity complex PA3907-PA3908 from Pseudomonas aeruginosa

要素

Immunity protein 52 domain-containing protein
Tox-REase-5 domain-containing protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / effector / immunity / complex / type 6 / T6SS / secretion system / Structural Genomics / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID

機能・相同性

Tox-REase-5 domain / Restriction endonuclease fold toxin 5 / Imm52 family, TsiT-like / Immunity protein 52 / Immunity protein 52 / CITRIC ACID / Immunity protein 52 domain-containing protein / Tox-REase-5 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.871 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Borek, D. / Skarina, T. / Osipiuk, J. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	HHSN272200700058C	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00035	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of T6SS effector-immunity complex PA3907-PA3908 from Pseudomonas aeruginosa
著者: Stogios, P.J.

履歴

登録	2025年6月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9oz0.cif.gz	186.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9oz0.ent.gz	149.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9oz0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/9oz0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/9oz0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP95774 TargetTrack: IDP95776

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Immunity protein 52 domain-containing protein

B: Tox-REase-5 domain-containing protein

ヘテロ分子

48.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	167.329, 167.329, 167.329
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	213
Space group name H-M	P4₁32

#1: タンパク質	Immunity protein 52 domain-containing protein 分子量: 27516.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA3908 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Magic / 参照: UniProt: Q9HXA5
#2: タンパク質	Tox-REase-5 domain-containing protein 分子量: 21014.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA3907 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Magic / 参照: UniProt: Q9HXA6
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.69 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG3350 25%, KCl 0.1M, NaCl 0.1M, MgCl2 10mM, Hepes 0.1M pH 7.5, 10mM NH4Citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.87→30 Å / Num. obs: 18909 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.2 % / R_merge(I) obs: 0.097 / R_pim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 20.2
反射シェル	解像度: 2.87→2.92 Å / 冗長度: 9.3 % / R_merge(I) obs: 1.337 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 925 / CC_1/2: 0.528 / R_pim(I) all: 0.458 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_3092: ???)	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.871→29.58 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2855	944	5 %	RANDOM
R_work	0.2277	-	-	-
obs	0.2305	18870	99.97 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.871→29.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3295	0	14	2	3311

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3407
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.686	4632
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.762	2019
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	473
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	612

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.871-3.0217	0.3467	131	0.3224	2494	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0217-3.2108	0.3591	132	0.3073	2507	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2108-3.4584	0.3266	132	0.27	2514	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4584-3.8058	0.3032	133	0.2479	2531	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8058-4.355	0.3227	135	0.2156	2540	X-RAY DIFFRACTION	100
4.355-5.4811	0.2264	136	0.1957	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4811-29.58	0.2674	145	0.2127	2745	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3076	-1.467	0.2072	6.3907	-0.8068	4.7765	-0.3673	-0.3393	-0.1238	1.3071	1.2837	-0.4711	-0.8262	-0.0996	-0.6239	1.2345	0.1842	0.3474	0.7348	0.0459	1.0481	-3.9855	-7.163	45.6572
2	7.1961	-1.9705	0.1596	2.8479	4.1705	7.6497	-0.4502	-0.5871	0.4897	1.1012	0.4344	-0.0812	-0.2706	0.0754	-0.0071	1.0693	0.1424	-0.0288	0.5162	0.141	0.7533	7.7358	-15.055	46.9121
3	3.4504	-1.9472	-0.0571	3.7776	3.1972	3.1623	0.1487	-0.2261	0.484	0.2148	0.1361	-1.28	-0.1922	0.4888	-0.1937	0.8981	0.026	0.0079	0.6149	0.0982	0.8488	12.1455	-10.0936	39.224
4	4.0136	0.6725	0.4096	3.0486	-0.826	1.9086	-0.0014	-0.1807	0.5233	0.7725	0.0141	0.6969	-0.7665	-0.7149	-0.0226	1.072	0.0887	0.2085	0.5241	0.2038	0.8623	-0.7523	-11.6927	40.3955
5	4.2947	0.7321	2.0537	4.687	3.7227	8.6446	0.0709	0.0589	0.0434	0.4918	0.7472	0.4316	-0.7079	-0.6046	-0.6631	1.0923	0.1955	0.3912	0.9172	0.3053	0.9117	-5.3139	-18.3597	51.1036
6	2.348	-0.6556	-1.2615	3.6281	0.7205	5.6547	0.1802	-0.451	0.1075	0.8753	0.5188	0.7577	-0.0088	-1.1456	-0.4776	1.337	0.3028	0.7656	1.0327	0.2486	1.447	-13.6942	-6.2377	47.1299
7	3.4264	-1.2664	0.3749	3.6745	2.9521	5.9947	-0.3055	-1.4041	0.4709	1.6849	0.3179	1.6561	0.4761	-1.8306	-0.0354	1.9713	0.3237	0.777	1.2412	0.269	1.3151	-16.6801	-10.9254	57.6269
8	1.984	0.8526	0.1448	1.1008	-1.9984	4.9324	-0.7646	-0.0732	0.2362	1.5362	0.8301	1.6342	-0.7879	-0.9429	-0.3147	1.625	0.605	1.1948	1.6086	0.643	2.0794	-21.1592	-4.663	50.5196
9	8.493	-3.5623	-3.7186	5.1881	4.1985	4.3445	0.2285	-0.0937	1.3135	-0.1628	0.1386	-0.2829	-0.272	-0.3636	-0.6468	0.8836	-0.0183	0.0006	0.702	0.0271	0.705	-8.3279	19.3816	21.6772
10	4.3763	4.1577	5.4447	5.1834	6.3775	7.971	0.5593	1.2716	-1.0266	2.4344	-1.075	-0.1989	1.4562	3.0241	0.6171	1.3502	-0.0098	0.1066	0.9858	0.2811	1.3781	7.3589	-3.5743	12.738
11	3.7849	0.0378	-0.9816	4.4086	-2.6172	3.8069	-0.026	0.4505	-0.471	-0.4854	-0.1074	-0.296	0.407	-0.1669	0.0726	0.5259	-0.0174	-0.0179	0.4757	-0.0444	0.5423	-3.8007	-1.3494	18.5475
12	1.7859	-1.4387	-1.3432	4.697	-1.9347	3.0306	-0.1681	-0.0668	-0.1283	0.5326	0.1093	0.5989	-0.0467	-0.5526	0.0527	0.4047	-0.0276	0.0885	0.4324	-0.0056	0.5963	-7.9548	-3.0775	26.6547
13	4.4695	2.7214	-3.5658	3.1768	-0.9619	3.803	-0.597	2.1074	-0.7235	0.9339	-0.4055	1.7741	0.7188	-3.8318	0.5127	1.2567	-0.4483	-0.1139	1.9507	-0.0812	1.3834	-17.738	-14.8066	13.1204
14	0.1178	-0.1752	0.1407	0.3548	-0.1501	0.1427	0.5968	-5.1108	0.6386	-0.4411	0.1509	1.3293	-0.0348	1.2637	-1.2699	1.9984	-0.0337	0.9219	2.6576	0.0557	1.8514	-32.846	-15.4868	17.3425

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 56 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 57 through 90 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 91 through 119 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 120 through 145 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 146 through 178 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 179 through 214 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 215 through 239 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 84 through 102 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 103 through 113 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 114 through 167 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 168 through 232 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 233 through 243 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 244 through 252 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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