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- PDB-9ow2: Crystal Structure of the Surface Protein (CD630_07380) from Clost... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ow2
タイトルCrystal Structure of the Surface Protein (CD630_07380) from Clostridium difficile Strain 630
要素Exported protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID) / Structural Genomics
機能・相同性Protein of unknown function DUF4300 / Domain of unknown function (DUF4300) / Chem-PE3 / Exported protein
機能・相同性情報
生物種Clostridioides difficile 630 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00035 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Surface Protein (CD630_07380) from Clostridium difficile Strain 630.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
履歴
登録2025年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exported protein
B: Exported protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,93017
ポリマ－65,1452
非ポリマー1,78515
水3,315184
1
A: Exported protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0429
ポリマ－32,5731
非ポリマー1,4708
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Exported protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8888
ポリマ－32,5731
非ポリマー3167
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.080, 94.872, 57.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Exported protein


分子量: 32572.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile 630 (バクテリア)
株: 630 / 遺伝子: CD630_07380 / プラスミド: pHT254 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): magic / 参照: UniProt: Q189T6

-
非ポリマー , 5種, 199分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PE3 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL / POLYETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-トリデカオキサヘンテトラコンタン-1,41-ジ(以下略)


分子量: 634.751 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H58O15
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.3 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Protein: 8.4 mg/ml, 0.25M Sodium chloride, 0.01M Tris buffer pH 8.3; Screen: JSCG+ (H8), 0.2M Sodim chloride, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 25% (w/v) PEG 3350; Cryo: 0.2M Sodim chloride, 0.1M Bis- ...詳細: Protein: 8.4 mg/ml, 0.25M Sodium chloride, 0.01M Tris buffer pH 8.3; Screen: JSCG+ (H8), 0.2M Sodim chloride, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 25% (w/v) PEG 3350; Cryo: 0.2M Sodim chloride, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 25% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.664
11-h,-k,l20.336
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 37762 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 24.3 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.122 / Rsym value: 0.107 / Χ2: 1.029 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.988 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1871 / CC1/2: 0.656 / CC star: 0.89 / Rpim(I) all: 0.548 / Rsym value: 0.988 / Χ2: 1.008 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→28.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 2.451 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.032 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22399 1924 5.1 %RANDOM
Rwork0.1792 ---
obs0.18146 35814 99.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.106 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.14 Å2-0 Å2-4.85 Å2
2--31.54 Å20 Å2
3----16.4 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→28.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4211 0 108 184 4503
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0124417
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0164417
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.421.8245892
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4941.80710224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.5525515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg1.317510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg5.47210885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2638
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.024912
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02980
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5482.6352057
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5482.6352057
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7624.7112573
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7624.7112574
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2083.0182360
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2073.0182361
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.8755.3643320
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.8431.145185
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.83331.15169
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.852→1.9 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 134 -
Rwork0.23 2293 -
obs--87.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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