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- PDB-9ovi: Crystal Structure of SH3-like_bac-type domain (79-145) of Conserv... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ovi
タイトルCrystal Structure of SH3-like_bac-type domain (79-145) of Conserved domain protein GBAA_2967 from Bacillus anthracis Ames ancestor
要素Conserved domain protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / SH3b domain / cell wall binding protein with conserved domain / Structural Genomics / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan turnover / outer membrane / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds
類似検索 - 分子機能
: / 3D domain / 3D domain / Bacterial SH3 domain / SH3b domain profile. / Bacterial SH3 domain homologues / SH3-like domain, bacterial-type / RlpA-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Conserved domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis str. Ames (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Minasov, G. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00035 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of SH3-like_bac-type domain (79-145) of Conserved domain protein GBAA_2967 from Bacillus anthracis Ames ancestor.
著者: Minasov, G. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
履歴
登録2025年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conserved domain protein
B: Conserved domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5688
ポリマ－15,3352
非ポリマー2336
水3,441191
1
A: Conserved domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8305
ポリマ－7,6681
非ポリマー1624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Conserved domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7383
ポリマ－7,6681
非ポリマー702
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.281, 50.276, 84.602
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Conserved domain protein


分子量: 7667.573 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 79-145 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus anthracis str. Ames (炭疽菌)
株: Ames ancestor / 遺伝子: GBAA_2967 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): magic / 参照: UniProt: A0A6L7HMQ8
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / Density meas: 52.7 Mg/m3 / 溶媒含有率: 51.11 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: Protein: 6.0 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3; Screen: JCSG+ (A5), 0.2M Magnesium formate, 20% (w/v) PEG3350; Cryo: Reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 25567 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.081 / Rsym value: 0.075 / Χ2: 1.013 / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.859 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1153 / CC1/2: 0.714 / CC star: 0.913 / Rpim(I) all: 0.394 / Rrim(I) all: 0.949 / Rsym value: 0.859 / Χ2: 0.999 / % possible all: 91.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→29.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 2.458 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18385 1319 5.2 %RANDOM
Rwork0.16448 ---
obs0.16548 24144 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.069 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6 Å2-0 Å20 Å2
2---1.11 Å20 Å2
3---0.51 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.5→29.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1082 0 14 191 1287
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0121164
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0161110
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2031.841569
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4561.8072566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.995144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg1.85455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.02210223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2176
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.021379
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0120.02269
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.050.905564
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0490.912565
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7711.62712
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.771.619713
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1281.226600
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0951.192593
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2972.078858
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.05914.741339
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.60812.221265
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 101 -
Rwork0.265 1698 -
obs--97.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.6272-3.2992.84115.2694-1.26977.69190.191-0.02220.2606-0.1683-0.00970.0852-0.4356-0.2237-0.18130.09570.02330.03830.00860.01240.054-21.8320.4114-15.855
22.43451.44510.90363.014-0.12351.72510.0352-0.08570.14020.1679-0.026-0.0178-0.0286-0.0848-0.00920.02940.00680.00780.0081-0.00190.047-13.86772.38273.5531
32.86752.4499-1.50413.7845-4.59277.2843-0.03510.0007-0.0427-0.11530.0034-0.04020.1386-0.00040.03180.0827-0.0050.01220.0013-0.00640.0346-18.3942-1.7328-5.4757
46.3985-3.0773-0.27613.8509-0.05121.40850.02180.19010.1453-0.1919-0.0524-0.0215-0.07540.06370.03050.0222-0.00770.00110.01050.00570.0541-12.19345.921-5.054
51.48030.9110.6862.16720.72850.6026-0.0310.1167-0.0098-0.12780.0989-0.1386-0.00040.0481-0.06790.0464-0.00110.01360.02310.00160.0485-11.533-0.9255-4.2172
613.67424.55661.59655.31680.08068.8776-0.15250.5814-0.2674-0.7120.1179-0.09410.4796-0.4120.03450.1619-0.0271-0.00510.0824-0.03420.0356-32.319-30.2222-13.1005
71.59060.5198-0.76542.18651.051.2180.02560.02660.0231-0.1484-0.00580.0204-0.1307-0.003-0.01980.0884-0.006-0.00240.0381-0.00150.0418-22.0391-11.3585-13.0451
81.80791.1853-1.59572.978-0.34911.83920.05710.1620.1212-0.2226-0.00690.2561-0.0555-0.1374-0.05030.0960.0109-0.01780.05220.01610.0428-25.7043-10.14-14.5242
91.7776-1.8769-0.41066.35771.04682.44420.02430.2104-0.1114-0.2809-0.05020.0615-0.0066-0.13990.02590.0599-0.01060.00860.0377-0.01590.009-21.7004-17.3065-19.5901
101.43550.4807-0.91471.8035-0.63130.6478-0.0069-0.0037-0.1849-0.13-0.1303-0.1260.03220.02630.13720.0902-0.01140.00590.0229-0.00720.0579-20.669-16.759-12.1525
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A79 - 84
2X-RAY DIFFRACTION2A85 - 109
3X-RAY DIFFRACTION3A110 - 118
4X-RAY DIFFRACTION4A119 - 132
5X-RAY DIFFRACTION5A133 - 145
6X-RAY DIFFRACTION6B79 - 83
7X-RAY DIFFRACTION7B84 - 100
8X-RAY DIFFRACTION8B101 - 116
9X-RAY DIFFRACTION9B117 - 132
10X-RAY DIFFRACTION10B133 - 145

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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