PDB-9ovh: Structure of an ancestral ethylene forming enzyme, Anc357, in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ovh

タイトル

Structure of an ancestral ethylene forming enzyme, Anc357, in complex with Mn

要素

2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme

キーワード

OXIDOREDUCTASE / 2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

unidentified (未定義)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Chatterjee, S. / Rankin, J.A. / Farrugia, M.A. / Hu, J. / Hausinger, R.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2025
タイトル: Ancestral Sequence Reconstruction of the Ethylene-Forming Enzyme.
著者: Chatterjee, S. / Rankin, J.A. / Farrugia, M.A. / Delaney, B.J. / Pascual, N.S. / VanAntwerp, J. / Woldring, D.R. / Hu, J. / Hausinger, R.P.

履歴

登録	2025年5月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ovh.cif.gz	241.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ovh.ent.gz	193.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ovh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ovh_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ovh_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9ovh_validation.xml.gz	27.9 KB	表示
CIF形式データ	9ovh_validation.cif.gz	37.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/9ovh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/9ovh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme

B: 2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme

ヘテロ分子

74.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
37.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
37.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.588, 87.470, 85.492
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.43, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme 分子量: 37233.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.84 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 25 % PEG 3350, 100 mM HEPES (pH 7.5), and 200 mM sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.127 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.127 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→87.65 Å / Num. obs: 31511 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 4.9
反射シェル	解像度: 2.16→2.23 Å / Num. unique obs: 2758 / CC_1/2: 0.572

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19_4092: ???)	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→42.55 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2262	1999	6.76 %
R_work	0.1968	-	-
obs	0.1987	29577	93.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→42.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4480	0	2	250	4732

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4616
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.016	6281
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.044	1659
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	661
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	843

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.21	0.3358	104	0.2847	1446	X-RAY DIFFRACTION	68
2.21-2.27	0.3271	117	0.268	1606	X-RAY DIFFRACTION	77
2.27-2.33	0.2916	127	0.2536	1739	X-RAY DIFFRACTION	83
2.33-2.41	0.2783	134	0.2528	1848	X-RAY DIFFRACTION	89
2.41-2.49	0.2835	147	0.2511	2038	X-RAY DIFFRACTION	96
2.49-2.59	0.2808	151	0.2447	2079	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.71	0.2608	149	0.2351	2065	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.85	0.2581	154	0.2303	2116	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-3.03	0.2499	152	0.214	2089	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.27	0.2137	152	0.2036	2102	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.6	0.2344	152	0.1804	2107	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6-4.12	0.1718	152	0.1565	2084	X-RAY DIFFRACTION	100
4.12-5.18	0.149	153	0.1404	2117	X-RAY DIFFRACTION	100
5.19-42.55	0.2294	155	0.1851	2142	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1194	-0.7824	-0.3777	2.3941	1.0755	1.5958	-0.0723	-0.0205	-0.3927	0.2586	-0.1149	0.1863	0.1221	-0.1283	0.1582	0.2207	-0.0184	0.0273	0.2219	0.009	0.3504	5.0763	27.2872	49.19
2	1.6566	-0.3588	0.0478	2.7875	0.4139	1.4086	-0.0833	-0.0022	-0.0131	-0.0384	0.0152	0.2271	-0.0811	-0.1033	0.0768	0.1689	-0.0355	0.0042	0.1981	0.0133	0.285	6.7501	56.2153	42.8941
3	0.9403	0.5765	-0.3802	2.0542	-0.5222	0.204	-0.1101	0.0888	-0.0082	-0.2847	0.1056	-0.2882	0.02	0.0271	0.0003	0.2163	-0.0018	0.0211	0.2151	-0.0017	0.291	10.5304	40.7462	35.4411
4	1.6908	0.1346	0.1558	1.9482	0.0464	1.4305	-0.2213	-0.1913	0.0026	0.0849	0.1151	0.4739	-0.0706	-0.1205	0.0788	0.2276	0.0377	0.0251	0.2566	0.0444	0.4408	-1.6361	49.4024	45.831
5	2.6658	0.2191	1.371	0.7606	-0.1443	1.812	-0.14	-0.2732	0.2124	0.0756	-0.0702	0.251	-0.1348	-0.2418	0.3566	0.2736	0.03	0.0152	0.2582	-0.0099	0.4205	-3.2068	36.8603	47.1758
6	1.158	0.8199	0.8776	1.5391	0.0614	1.2214	-0.2961	0.077	0.1819	-0.2373	0.1556	0.1767	-0.161	-0.1387	0.2209	0.2904	0.0123	-0.0351	0.295	0.0467	0.3162	-3.7856	41.7962	35.0078
7	2.5479	0.4058	0.2399	1.7125	-0.5338	1.7533	-0.0653	-0.0432	0.3136	0.0626	-0.0012	-0.0968	-0.1032	0.0339	0.0309	0.2257	-0.0029	-0.0099	0.2043	-0.0351	0.3032	10.7362	56.1811	6.5214
8	1.2352	-0.1108	-0.0487	3.0273	-0.1769	1.2238	-0.1131	-0.0328	-0.3609	0.0451	0.0294	0.003	0.2071	0.0527	0.0756	0.2064	-0.0389	0.0076	0.2714	-0.0002	0.4293	5.8614	26.3368	2.1696
9	1.9869	-0.7429	-0.186	2.5675	-1.0158	1.8843	0.0519	0.1268	0.0651	-0.1057	-0.0467	-0.2921	-0.0419	0.1306	-0.028	0.2272	-0.0278	0.0342	0.2429	-0.0371	0.4083	13.13	28.8299	-3.2153
10	3.3516	0.0134	-0.6935	1.3763	-0.3761	3.9032	-0.0619	0.3966	0.0382	-0.0714	0.1373	0.0372	-0.1427	-0.2888	-0.0554	0.2018	-0.0023	0.0073	0.2238	-0.0143	0.3851	3.1427	29.58	-10.1236
11	2.1767	0.918	0.2472	3.6718	0.0218	0.5494	-0.1371	0.2934	0.105	-0.3126	0.1701	0.2946	-0.0456	-0.0547	-0.001	0.2315	0.0038	-0.0121	0.2131	0.0149	0.2132	6.3441	49.1905	-5.3912
12	1.4927	0.1299	0.8955	2.861	-0.1039	0.7814	-0.1113	-0.0472	0.1702	0.0338	0.0232	-0.302	-0.0162	0.1732	0.0944	0.2382	0.0377	0.0338	0.2907	0.0098	0.401	16.3837	37.4675	5.2418
13	1.0777	0.5226	-0.7718	2.1774	0.0154	0.6846	-0.2077	-0.1471	-0.0981	-0.0538	-0.0214	-0.5206	0.0998	0.1647	0.2154	0.2337	0.031	0.0145	0.3054	-0.0049	0.4383	18.8513	45.0585	4.4894
14	5.4985	1.7433	-0.2346	1.04	0.2531	0.2374	-0.2522	0.6343	0.8301	-0.4176	0.7498	-0.0614	-0.359	0.4706	-0.015	0.6987	-0.1256	0.0685	0.4501	0.0003	0.4011	20.6163	50.3893	-15.5187
15	1.8932	-1.1332	0.5852	0.7752	-0.8249	2.4825	0.2348	0.0367	-0.328	-0.5476	0.2458	-0.1162	0.4942	1.1743	-0.4557	0.6688	0.1013	0.0869	0.541	-0.1001	0.5511	20.161	32.219	-11.1024

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 48 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 49 through 113 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 114 through 176 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 177 through 205 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 206 through 256 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 257 through 328 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 9 through 48 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 49 through 86 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 87 through 113 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 114 through 134 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 135 through 176 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 177 through 220 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 221 through 275 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 276 through 312 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 313 through 329 )

-
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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