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- PDB-9ovf: Rubredoxin covalently linked to benzo-18-crown-6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ovf
タイトルRubredoxin covalently linked to benzo-18-crown-6
要素Rubredoxin-1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / benzo-18-crown-6 / Cys arylation / site-selective protein modification
機能・相同性
機能・相同性情報


alkane catabolic process / electron transfer activity / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ACETATE ION / : / Rubredoxin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio desulfuricans ATCC 27774 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Adhami, N. / Sawaya, M.R. / Shafaat, H.S. / Rodriguez, J.A. / Spokoyny, A.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R35GM124746-08 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Site-selective Au(III)-mediated metalloenzyme conjugations
著者: Adhami, N. / Rebelo, M.J.P. / Teptarkulkarn, H. / Ando, S.H. / Olivares, E.J. / Goff, T.L. / Munoz, A.J. / Qu, S. / Kerr, T.A. / Coutinho, R.J. / Sawaya, M.R. / Shafaat, H.S. / Rodrigues, J.A. / Spokoyny, M.A.
履歴
登録2025年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Rubredoxin-1
B: Rubredoxin-1
C: Rubredoxin-1
D: Rubredoxin-1
E: Rubredoxin-1
F: Rubredoxin-1
G: Rubredoxin-1
H: Rubredoxin-1
I: Rubredoxin-1
J: Rubredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,19889
ポリマ－51,17710
非ポリマー9,02279
水3,081171
1
A: Rubredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,75110
ポリマ－5,1181
非ポリマー6339
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Rubredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1768
ポリマ－5,1181
非ポリマー2,0587
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Rubredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7289
ポリマ－5,1181
非ポリマー6108
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Rubredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7289
ポリマ－5,1181
非ポリマー6108
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Rubredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,25810
ポリマ－5,1181
非ポリマー2,1409
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Rubredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,75110
ポリマ－5,1181
非ポリマー6339
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Rubredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7289
ポリマ－5,1181
非ポリマー6108
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Rubredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6467
ポリマ－5,1181
非ポリマー5286
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
I: Rubredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,75110
ポリマ－5,1181
非ポリマー6339
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
10
J: Rubredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6827
ポリマ－5,1181
非ポリマー5646
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.000, 89.150, 94.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 2 through 13 or (resid 14...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 2 through 13 or (resid 14...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 2 through 13 or (resid 14...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 2 through 13 or (resid 14...
d_5ens_1(chain "E" and (resid 2 through 13 or (resid 14...
d_6ens_1(chain "F" and (resid 2 through 13 or (resid 14...
d_7ens_1(chain "G" and (resid 2 through 20 or (resid 21...
d_8ens_1(chain "H" and (resid 2 through 13 or (resid 14...
d_9ens_1(chain "I" and (resid 2 through 13 or (resid 14...
d_10ens_1(chain "J" and (resid 2 through 13 or (resid 14...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11GLNGLNASPASPAA2 - 282 - 28
d_12TRPTRPALAALAAA30 - 4530 - 45
d_13FEFEFEFEAK101
d_14LIGLIGLIGLIGAL102
d_15NANANANAAM103
d_16ACTACTACTACTAN104
d_21GLNGLNASPASPBB2 - 282 - 28
d_22TRPTRPALAALABB30 - 4530 - 45
d_23FEFEFEFEBP101
d_24LIGLIGLIGLIGBQ102
d_25NANANANABR103
d_26ACTACTACTACTBS104
d_31GLNGLNASPASPCC2 - 282 - 28
d_32TRPTRPALAALACC30 - 4530 - 45
d_33FEFEFEFECV101
d_34LIGLIGLIGLIGCW102
d_35NANANANACX103
d_36ACTACTACTACTCY104
d_41GLNGLNASPASPDD2 - 282 - 28
d_42TRPTRPALAALADD30 - 4530 - 45
d_43FEFEFEFEDBA101
d_44LIGLIGLIGLIGDCA102
d_45NANANANADDA103
d_46ACTACTACTACTDEA104
d_51GLNGLNASPASPEE2 - 282 - 28
d_52TRPTRPALAALAEE30 - 4530 - 45
d_53FEFEFEFEEGA101
d_54LIGLIGLIGLIGEHA102
d_55NANANANAEIA103
d_56ACTACTACTACTEJA104
d_61GLNGLNASPASPFF2 - 282 - 28
d_62TRPTRPALAALAFF30 - 4530 - 45
d_63FEFEFEFEFLA101
d_64LIGLIGLIGLIGFMA102
d_65NANANANAFNA103
d_66ACTACTACTACTFOA104
d_71GLNGLNASPASPGG2 - 282 - 28
d_72TRPTRPALAALAGG30 - 4530 - 45
d_73FEFEFEFEGQA101
d_74LIGLIGLIGLIGGRA102
d_75NANANANAGSA103
d_76ACTACTACTACTGTA104
d_81GLNGLNASPASPHH2 - 282 - 28
d_82TRPTRPALAALAHH30 - 4530 - 45
d_83FEFEFEFEHUA101
d_84LIGLIGLIGLIGHVA102
d_85NANANANAHWA103
d_86ACTACTACTACTHXA104
d_91GLNGLNASPASPII2 - 282 - 28
d_92TRPTRPALAALAII30 - 4530 - 45
d_93FEFEFEFEIYA101
d_94LIGLIGLIGLIGIZA102
d_95NANANANAIAB103
d_96ACTACTACTACTIBB104
d_101GLNGLNASPASPJJ2 - 281 - 27
d_102TRPTRPALAALAJJ30 - 4529 - 44
d_103FEFEFEFEJDB101
d_104LIGLIGLIGLIGJEB102
d_105NANANANAJFB103
d_106ACTACTACTACTJGB104

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.349917764523, -0.936779839299, 0.00104439131346), (0.936774225502, 0.349919287522, 0.00324694551704), (-0.00340712576397, -0.000157805053062, 0.999994183279)52.5593913841, 15.0436448757, 0.0947775160108
2given(-0.791767862505, -0.609979228456, -0.0320779169512), (0.609837258749, -0.792381435772, 0.0151716210301), (-0.0346723195807, -0.00754990698615, 0.999370216266)56.7537117462, 70.7780009952, 0.771905797641
3given(-0.804459784136, 0.590042107013, -0.0685183746176), (-0.586850043155, -0.80731405664, -0.0620567546767), (-0.0919319452508, -0.00971215237016, 0.995717927698)4.92792506654, 93.5299786217, 1.63413834669
4given(0.300066652554, 0.953769020546, 0.0168718544126), (-0.949620284538, 0.300345026106, -0.0895219553339), (-0.0904506452102, 0.0108406982791, 0.99584193527)-33.1325265349, 50.6582282295, 0.764183535423
5given(0.673285405009, -0.737121274111, 0.0577839999875), (-0.737102549806, -0.675289071114, -0.0257779266632), (0.0580223618227, -0.025236831935, -0.997996246407)35.9880826777, 88.1288216977, 83.0915018821
6given(-0.508942421479, -0.86041736714, -0.0256820159232), (-0.858518568333, 0.509538244349, -0.0575903235993), (0.0626376839089, -0.00726167120409, -0.998009914122)63.6742264216, 38.2244405955, 82.4139729933
7given(-0.965241351794, 0.260722320985, -0.0182484006835), (0.260138757801, 0.965128121191, 0.0292495534227), (0.0252380561226, 0.0234857621995, -0.999405553065)20.1751683756, -3.86418875915, 81.8053040677
8given(-0.101616327008, 0.994769017973, 0.0104270305498), (0.993857033404, 0.101050078765, 0.0451340086336), (0.0438442611873, 0.0149493298299, -0.998926522973)-28.3076467187, 23.1891795342, 81.7679522318
9given(0.922756159511, 0.38228322401, 0.0487914615948), (0.381187137746, -0.923996405015, 0.0304468313021), (0.0567224479401, -0.0094963235298, -0.998344822063)-18.2769428916, 79.4181558589, 82.5847091175

-
要素

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質・ペプチド
Rubredoxin-1 / Rd-1


分子量: 5117.656 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio desulfuricans ATCC 27774 (バクテリア)
遺伝子: rd1, Ddes_2011 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04170

-
非ポリマー , 6種, 250分子

#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-A1CET / 2,3,5,6,8,9,11,12,14,15-decahydro-1,4,7,10,13,16-benzohexaoxacyclooctadecine-18-thiol


分子量: 344.423 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H24O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物...
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-15P / POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) / PEG 1500


分子量: 1529.829 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C69H140O35 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.3 % / 解説: chunky
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M Sodium acetate trihydrate , 0.1 M Sodium citrate 5.5 , 5 % w/v PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92025 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92025 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→64.93 Å / Num. obs: 93529 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rrim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 12.64
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.45-1.492.25467970.3772.3531
1.49-1.531.78966930.591.8581
1.53-1.571.47864710.6691.5361
1.57-1.621.25363180.7411.3041
1.62-1.670.88960970.8940.9251
1.67-1.730.69359280.9250.7191
1.73-1.80.5957210.940.6121
1.8-1.870.46955310.9610.4871
1.87-1.960.37652760.9740.391
1.96-2.050.29850780.9840.311
2.05-2.160.22148380.990.231
2.16-2.290.1745790.9940.1771
2.29-2.450.14643040.9960.1521
2.45-2.650.12640400.9970.1311
2.65-2.90.09637170.9980.11
2.9-3.240.07133760.9980.0741
3.24-3.740.05330080.9990.0551
3.74-4.590.04225520.9990.0431
4.59-6.490.04220280.9990.0431
6.49-64.930.03711770.9990.0391

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XSCALE20241002データスケーリング
XDS20241002データ削減
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→51.88 Å / SU ML: 0.1579 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.8457
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2119 9350 10 %
Rwork0.199 84156 -
obs0.2003 93506 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→51.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3521 0 512 171 4204
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00564100
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8395482
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0931484
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059727
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.87511686
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.56326754482
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.64310430602
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.800679708835
ens_1d_5AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.786767425892
ens_1d_6AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.925170424193
ens_1d_7AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.642912347546
ens_1d_8AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.627672130998
ens_1d_9AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.582934929995
ens_1d_10AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.808825565146
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.470.32453030.3172725X-RAY DIFFRACTION97.93
1.47-1.480.32053100.30662792X-RAY DIFFRACTION99.94
1.48-1.50.29863060.28962750X-RAY DIFFRACTION99.87
1.5-1.520.28813060.272752X-RAY DIFFRACTION99.87
1.52-1.540.27243070.24852767X-RAY DIFFRACTION99.9
1.54-1.560.24923100.2432789X-RAY DIFFRACTION100
1.56-1.580.23573090.22812777X-RAY DIFFRACTION100
1.58-1.610.2393080.22782777X-RAY DIFFRACTION100
1.61-1.630.25063100.23762794X-RAY DIFFRACTION99.87
1.63-1.660.2313070.20662772X-RAY DIFFRACTION99.9
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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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