PDB-9otj: Crystal Structure of Salmonella FraB Deglycase, Crystal Form 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9otj

タイトル

Crystal Structure of Salmonella FraB Deglycase, Crystal Form 1

要素

SIS domain protein

キーワード

ANTIBIOTIC / FraB deglycase / Salmonella / Amadori compounds / Fructose-asparagine

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamine-fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing) activity / UDP-N-acetylglucosamine metabolic process / carbohydrate derivative binding / protein N-linked glycosylation / fructose 6-phosphate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.851 Å

データ登録者

Bell, C.E. / Zakharova, K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2025
タイトル: Crystal structures of Salmonella enterica FraB deglycase reveal a conformational heterodimer with remarkable structural plasticity at the active site.
著者: Zakharova, K. / Law, J.D. / Gao, Y. / Kovvali, S. / Wysocki, V.H. / Gopalan, V. / Bell, C.E.

履歴

登録	2025年5月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年9月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9otj.cif.gz	144.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9otj.ent.gz	107.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9otj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9otj_validation.pdf.gz	440.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9otj_full_validation.pdf.gz	455.2 KB	表示
XML形式データ	9otj_validation.xml.gz	31.5 KB	表示
CIF形式データ	9otj_validation.cif.gz	42 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/9otj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/9otj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SIS domain protein

B: SIS domain protein

77.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry, AB dimer is present in asymmetric unit. Dimer is observed by native mass spectrometry.

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.292, 108.515, 120.856
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SIS domain protein / FraB Deglycase 分子量: 38772.652 Da / 分子数: 2 / 変異: K275A,E276A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: A628_00340 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V7IWJ0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.39 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 15% v/v 2-propanol, 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M MES, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→80.743 Å / Num. obs: 53947 / % possible obs: 86 % / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.049 / R_pim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 16.1
反射シェル	解像度: 1.851→1.975 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 1.57 / Num. unique obs: 2697 / R_pim(I) all: 0.648 / % possible all: 24.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
XDS	Jan 26, 2018 (BUILT 20180808)	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.851→80.743 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 5.964 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.158 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2538	2620	4.869 %
R_work	0.1955	51194	-
all	0.198	-	-
obs	-	53814	85.724 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.417 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.032 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.224 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.191 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.851→80.743 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4801	0	0	273	5074

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	4917
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4491
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.96	1.799	6675
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.66	1.737	10297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.135	5	617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	14.375	5	19
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.88	10	751
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.412	10	230
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	726
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	5854
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	1159
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	4365
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.193	0.2	2473
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	2733
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.2	0.2	279
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.084	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.268	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.231	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.467	5.115	2480
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.464	5.115	2480
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.486	9.172	3093
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.485	9.174	3094
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.163	5.799	2437
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.161	5.8	2438
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.736	10.398	3582
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.735	10.399	3583
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.348	51.666	5777
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.305	51.414	5714

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.851-1.899	0.286	9	0.443	94	0.428	4586	0.869	0.794	2.246	0.436
1.899-1.951	0.482	48	0.456	1210	0.457	4446	0.818	0.794	28.2951	0.474
1.951-2.008	0.4	181	0.334	3358	0.338	4343	0.908	0.923	81.4874	0.331
2.008-2.07	0.41	210	0.399	3952	0.4	4236	0.82	0.855	98.2531	0.401
2.07-2.137	0.383	195	0.312	3878	0.315	4098	0.896	0.924	99.3899	0.293
2.137-2.212	0.313	200	0.252	3787	0.255	3993	0.933	0.955	99.8497	0.226
2.212-2.296	0.46	179	0.418	3435	0.42	3803	0.835	0.846	95.0302	0.387
2.296-2.389	0.285	181	0.262	3502	0.263	3692	0.94	0.952	99.7562	0.226
2.389-2.496	0.303	183	0.211	3362	0.216	3553	0.941	0.972	99.7748	0.18
2.496-2.617	0.259	152	0.184	3223	0.188	3382	0.964	0.979	99.793	0.158
2.617-2.759	0.271	164	0.188	3079	0.192	3260	0.957	0.979	99.4785	0.167
2.759-2.926	0.289	141	0.181	2902	0.186	3062	0.946	0.98	99.3795	0.17
2.926-3.127	0.214	159	0.172	2709	0.174	2877	0.971	0.982	99.6872	0.17
3.127-3.378	0.245	112	0.189	2591	0.192	2710	0.965	0.981	99.7417	0.194
3.378-3.699	0.238	120	0.191	2373	0.194	2515	0.968	0.981	99.1253	0.199
3.699-4.135	0.179	99	0.154	2137	0.155	2254	0.98	0.986	99.2014	0.172
4.135-4.773	0.185	105	0.127	1900	0.13	2030	0.978	0.99	98.7685	0.156
4.773-5.84	0.197	85	0.147	1635	0.149	1732	0.98	0.988	99.3072	0.18
5.84-8.238	0.262	53	0.18	1309	0.183	1379	0.965	0.98	98.7672	0.22
8.238-80.743	0.294	44	0.195	758	0.2	816	0.936	0.97	98.2843	0.333

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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