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- PDB-9ot6: Cryo-EM structure of the PI4KA complex bound to an EFR3 interferi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ot6
タイトルCryo-EM structure of the PI4KA complex bound to an EFR3 interfering nanobody (F3IN)
要素
  • EFR3 interfering Nanobody (F3IN)
  • Hyccin
  • Phosphatidylinositol 4-kinase alpha
  • Tetratricopeptide repeat protein 7B
キーワードSIGNALING PROTEIN / PI4KA / TTC7B / FAM126A / Nanobody / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


reorganization of cellular membranes to establish viral sites of replication / Synthesis of PIPs at the ER membrane / 1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / host-mediated perturbation of viral process / Golgi-associated vesicle membrane / phosphatidylinositol biosynthetic process / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process ...reorganization of cellular membranes to establish viral sites of replication / Synthesis of PIPs at the ER membrane / 1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / host-mediated perturbation of viral process / Golgi-associated vesicle membrane / phosphatidylinositol biosynthetic process / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / myelination / protein localization to plasma membrane / neuron projection / cadherin binding / focal adhesion / signal transduction / extracellular exosome / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PI4-kinase, N-terminal / PI4-kinase N-terminal region / Hyccin / Tetratricopeptide repeat protein 7, N-terminal / Hyccin / Tetratricopeptide repeat protein 7 N-terminal / : / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / Tetratricopeptide repeat / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) ...PI4-kinase, N-terminal / PI4-kinase N-terminal region / Hyccin / Tetratricopeptide repeat protein 7, N-terminal / Hyccin / Tetratricopeptide repeat protein 7 N-terminal / : / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / Tetratricopeptide repeat / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Tetratricopeptide repeat / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylinositol 4-kinase alpha / Tetratricopeptide repeat protein 7B / Hyccin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.54 Å
データ登録者Shaw, A.L. / Suresh, S. / Yip, C.K. / Burke, J.E.
資金援助 カナダ, 4件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-195808 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-168907 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2018-03951 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)AWD-007855 カナダ
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2025
タイトル: Development of an inhibitory TTC7B selective nanobody that blocks EFR3 recruitment of PI4KA.
著者: Sushant Suresh / Alexandria L Shaw / Damilola K Akintola / Martine Lunke / Sophia Doerr / Pooja Rohilla / Tamas Balla / Calvin K Yip / Scott D Hansen / Jennifer A Cobb / John E Burke /
要旨: Phosphatidylinositol 4 kinase IIIα (PI4KIIIα/PI4KA) is an essential lipid kinase that plays a critical role in regulating plasma membrane identity. PI4KA is primarily recruited to the plasma ...Phosphatidylinositol 4 kinase IIIα (PI4KIIIα/PI4KA) is an essential lipid kinase that plays a critical role in regulating plasma membrane identity. PI4KA is primarily recruited to the plasma membrane through the targeted recruitment by the proteins, EFR3A and EFR3B, which bind to the PI4KA accessory proteins TTC7 (TTC7A/B) and FAM126 (FAM126A/B). Here we characterised how both EFR3 isoforms interact with all possible TTC7-FAM126 combinations and developed a nanobody that specifically blocked EFR3-mediated PI4KA recruitment in TTC7B containing complexes. Most EFR3-TTC7-FAM126 combinations show similar binding affinities, with the exception of EFR3A-TTC7B-FAM126A, which binds with a ∼10-fold higher affinity. Moreover, we showed that EFR3B phosphorylation markedly decreased binding to TTC7-FAM126. Using a yeast display approach, we isolated a TTC7B selective nanobody that blocked EFR3 binding. Cryo-electron microscopy and hydrogen deuterium exchange mass spectrometry showed an extended interface with both PI4KA and TTC7B that sterically blocks EFR3 binding. The nanobody caused decreased membrane recruitment both on lipid bilayers and in cells, with decreased PM production of PI4P. Collectively, these findings provide new insights into PI4KA regulation and provide a tool for manipulating PI4KA complexes, that may be valuable for therapeutic targeting.
履歴
登録2025年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 4-kinase alpha
B: Phosphatidylinositol 4-kinase alpha
C: EFR3 interfering Nanobody (F3IN)
D: Tetratricopeptide repeat protein 7B
E: Hyccin
F: Tetratricopeptide repeat protein 7B
G: Hyccin
H: EFR3 interfering Nanobody (F3IN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)768,4098
ポリマ－768,4098
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 4-kinase alpha / PI4-kinase alpha / PI4K-alpha / PtdIns-4-kinase alpha / Phosphatidylinositol 4-Kinase III alpha


分子量: 237246.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PI4KA, PIK4, PIK4CA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P42356, 1-phosphatidylinositol 4-kinase
#2: 抗体 EFR3 interfering Nanobody (F3IN)


分子量: 18025.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Nanobody library in yeast surface display library / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: タンパク質 Tetratricopeptide repeat protein 7B / TPR repeat protein 7B / Tetratricopeptide repeat protein 7-like-1 / TPR repeat protein 7-like-1


分子量: 94294.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTC7B, TTC7L1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q86TV6
#4: タンパク質 Hyccin / Down-regulated by CTNNB1 protein A


分子量: 34638.867 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 1-308 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HYCC1, DRCTNNB1A, FAM126A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9BYI3
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Dimer of heterotetramers of PI4KA,TTC7B,FAM126A, and EFR3 interfering nanobody (F3IN)COMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2PI4KA,TTC7B,FAM126A complexCOMPLEX#1, #3-#41RECOMBINANT
3EFR3 interfering nanobody (F3IN)COMPLEX#21RECOMBINANT
分子量値: 0.767 MDa / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Lama glama (ラマ)9844
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
33Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMImidazoleC3H4N21
2150 mMSodium ChlorideNaCl1
35 %GlycerolC3H8O31
40.5 mMTris(2-carboxyethyl)phosphine1
試料濃度: 0.75 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Gel filtration buffer, filtered through 0.22um filter and degassed. 0.75mg/ml of PI4KA with 3 fold molar excess F3IN Nanobody, with 0.25 mM BS3 crosslinker.
試料支持詳細: Glow discharged using the Pelco EasiGlow. 15mA Current.
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: Blot force -5, blot time 1.5 s.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 14026
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4cryoSPARC4.5.2CTF補正
7UCSF ChimeraX1.8モデルフィッティング
9cryoSPARC4.5.2初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.5.2最終オイラー角割当
11cryoSPARC4.5.2分類
12cryoSPARC4.5.2３次元再構成
13PHENIX1.21_5207モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 282982 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1

IDPDB-IDAccession code詳細Initial refinement model-IDSource nameタイプ
19BAX

9bax

9BAXexcluding chain C and H1PDBexperimental model
2Nanobody F3INAlphaFoldin silico model
精密化最高解像度: 3.54 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00243590
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.47958990
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.01416130
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0366662
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0037438

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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