[日本語] English
万見
- PDB-9ore: CryoEM structure of 4F11 Fab bound to stabilized MPV-2c HMPV preF -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ore
タイトルCryoEM structure of 4F11 Fab bound to stabilized MPV-2c HMPV preF
要素
  • 4F11 Heavy Chain
  • 4F11 Light Chain
  • Fusion glycoprotein F0
キーワードIMMUNE SYSTEM / HMPV / prefusion F / ANTIBODY / site 0 / glycan dependent
機能・相同性Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / Fusion glycoprotein F0
機能・相同性情報
生物種human metapneumovirus (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.13 Å
データ登録者McGovern, M.R. / Pancera, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI171186 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: DEVELOPMENT OF A POTENT MONOCLONAL ANTIBODY FOR TREATMENT OF HUMAN METAPNEUMOVIRUS INFECTIONS.
著者: Evelyn D Harris / Morgan McGovern / Sara Pernikoff / Ren Ikeda / Lea Kipnis / William Hannon / Elizabeth B Sobolik / Matthew Gray / Alexander L Greninger / Sijia He / Chen-Ni Chin / Tong-Ming ...著者: Evelyn D Harris / Morgan McGovern / Sara Pernikoff / Ren Ikeda / Lea Kipnis / William Hannon / Elizabeth B Sobolik / Matthew Gray / Alexander L Greninger / Sijia He / Chen-Ni Chin / Tong-Ming Fu / Marie Pancera / Jim Boonyaratanakornkit /
要旨: Human metapneumovirus (HMPV) is a major cause of respiratory infections, particularly among vulnerable populations, yet effective therapeutics remain unavailable. Monoclonal antibodies (mAbs) offer a ...Human metapneumovirus (HMPV) is a major cause of respiratory infections, particularly among vulnerable populations, yet effective therapeutics remain unavailable. Monoclonal antibodies (mAbs) offer a promising approach for both treatment and prevention. Here, we describe the discovery and characterization of 4F11, a highly potent and broadly neutralizing mAb with demonstrated in vitro and in vivo efficacy against HMPV. Using cryo-electron microscopy, we defined a unique mechanism of binding HMPV employed by 4F11, which distinguishes it from previously characterized RSV and HMPV mAbs. 4F11 targets an epitope located at the apex of the prefusion F protein (site Ø) with a 1:1 stoichiometry, distinct from the 3:1 stoichiometry observed with other HMPV site Ø antibodies. Unlike other site Ø antibodies, which penetrate the glycan shield between Asn57 and Asn172, 4F11 binds vertically and directly interacts with the Asn172 glycan, representing a unique glycan-dependent mode of recognition. In vitro, 4F11 displayed high potency and broad neutralization across diverse HMPV strains. It also showed a low propensity for resistance development, with only a single escape mutation (K179E) identified, a mutation not found in any published HMPV sequence to date. Viruses rescued with the K179E escape mutation had significantly decreased fitness in vitro compared to wild-type virus. In a hamster challenge model, 4F11 significantly reduced viral loads in both the lungs and nasal turbinates. These findings highlight 4F11 as a promising candidate for therapeutic development, particularly for immunocompromised individuals and other high-risk groups.
履歴
登録2025年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02026年2月11日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / em_admin ...atom_site / em_admin / em_entity_assembly / em_software / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_branch_scheme / pdbx_contact_author / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _em_admin.last_update / _em_entity_assembly.entity_id_list ..._em_admin.last_update / _em_entity_assembly.entity_id_list / _pdbx_branch_scheme.entity_id / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_branch.entity_id / _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id / _pdbx_entity_branch_link.entity_id / _pdbx_entity_branch_list.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_validate_planes.auth_asym_id / _pdbx_validate_planes.auth_comp_id / _pdbx_validate_planes.auth_seq_id / _pdbx_validate_planes.rmsd / _struct_asym.entity_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_end
解説: Atomic clashes / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 1.12026年2月11日Data content type: EM metadata
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Group: Data processing / Database references ...Data processing / Database references / Experimental summary / Other / Source and taxonomy / Structure summary
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
カテゴリ: em_admin / em_entity_assembly ...em_admin / em_entity_assembly / em_software / entity / entity_poly / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _em_admin.last_update / _em_entity_assembly.entity_id_list ..._em_admin.last_update / _em_entity_assembly.entity_id_list / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_end

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fusion glycoprotein F0
B: Fusion glycoprotein F0
C: Fusion glycoprotein F0
H: 4F11 Heavy Chain
L: 4F11 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,61910
ポリマ－173,9445
非ポリマー1,6755
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCH

#1: タンパク質 Fusion glycoprotein F0


分子量: 49276.055 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) human metapneumovirus (ウイルス) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8B9P3
#2: タンパク質 4F11 Heavy Chain


分子量: 13728.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
抗体 , 1種, 1分子 L

#3: 抗体 4F11 Light Chain


分子量: 12387.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 3種, 5分子

#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
14F11 Fab bound to MPV-2cCOMPLEX#2-#30MULTIPLE SOURCES
2MPV-2cCOMPLEX#11RECOMBINANT
34F11 FabCOMPLEX#2-#31RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
32human metapneumovirus (ウイルス)162145
43Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
32Homo sapiens (ヒト)9606
43Homo sapiens (ヒト)9606
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIX1.20.1_4487モデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 276088 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る