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万見
- PDB-9ops: Structural Insights into Monoterpene Cyclisation of Limonene Synt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ops
タイトルStructural Insights into Monoterpene Cyclisation of Limonene Synthase from Cannabis sativa
要素(-)-limonene synthase TPS1, chloroplastic
キーワードLYASE / terpene synthase / metal ion binding / plastid
機能・相同性
機能・相同性情報


terpinolene synthase / (+)-beta-pinene synthase / (4S)-limonene synthase / (4S)-limonene synthase activity / myrcene synthase / myrcene synthase activity / (R)-limonene synthase / (R)-limonene synthase activity / (+)-alpha-pinene synthase / pinene synthase activity ...terpinolene synthase / (+)-beta-pinene synthase / (4S)-limonene synthase / (4S)-limonene synthase activity / myrcene synthase / myrcene synthase activity / (R)-limonene synthase / (R)-limonene synthase activity / (+)-alpha-pinene synthase / pinene synthase activity / diterpenoid biosynthetic process / chloroplast / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Terpene cyclase-like 1, C-terminal domain / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / : / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Isoprenoid synthase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(-)-limonene synthase TPS1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Cannabis sativa (アサ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wiles, D. / Roest, J. / Vivian, J.P. / Beddoe, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2025
タイトル: Structural insights into monoterpene cyclisation of limonene synthase from Cannabis sativa.
著者: Wiles, D. / Roest, J. / Vivian, J.P. / Beddoe, T.
履歴
登録2025年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (-)-limonene synthase TPS1, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4081
ポリマ－66,4081
非ポリマー00
水27015
1
A: (-)-limonene synthase TPS1, chloroplastic

A: (-)-limonene synthase TPS1, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,8172
ポリマ－132,8172
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
Buried area2530 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area42980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.336, 97.336, 117.723
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 (-)-limonene synthase TPS1, chloroplastic / (-)-(4S)-limonene synthase / (+)-alpha-pinene synthase TPS1 / (+)-beta-pinene synthase TPS1 / (R)- ...(-)-(4S)-limonene synthase / (+)-alpha-pinene synthase TPS1 / (+)-beta-pinene synthase TPS1 / (R)-limonene synthase / Myrcene synthase TPS1 / Terpene synthase 1 / CsTPS1 / Terpene synthase 14 CT / CsTPS14CT / Terpinolene synthase TPS1


分子量: 66408.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cannabis sativa (アサ) / 遺伝子: TPS1, TPS14CT / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: A7IZZ1, (4S)-limonene synthase, (+)-alpha-pinene synthase, (+)-beta-pinene synthase, (R)-limonene synthase, myrcene synthase, terpinolene synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20 mM Tris-HCl (pH 7.0), 100 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 30% PEG-3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→60 Å / Num. obs: 10899 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.5 % / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.29 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 3.2→3.25 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Num. unique obs: 545 / CC1/2: 0.12 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.1_5286: ???)精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→19.84 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2876 625 5.75 %
Rwork0.2296 --
obs0.2328 10877 98.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→19.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4290 0 0 15 4305
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034392
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5915923
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5711629
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041633
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003751
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.520.29621560.27892536X-RAY DIFFRACTION100
3.52-4.030.30421780.24282491X-RAY DIFFRACTION98
4.03-5.050.26421350.21082595X-RAY DIFFRACTION100
5.06-19.840.28221560.20132630X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1379-0.1522-0.23351.1894-0.25240.6737-0.12650.0155-0.2103-0.3678-0.05460.19870.3543-0.1385-0.4930.2864-0.15860.03320.35380.23540.208614.9529-0.073939.5967
21.03220.44320.06721.1231-0.47020.78340.14940.123-0.037-0.0513-0.0731-0.3699-0.27790.36730.07580.3365-0.04160.01170.16450.05520.266434.702418.780331.1678
31.2695-0.25450.19330.6548-0.24150.69520.01930.1572-0.1274-0.2361-0.08730.1841-0.03430.09390.14210.2938-0.0577-0.06480.12630.03140.26034.660711.754731.5412
40.6120.1914-0.11810.4756-0.09750.71550.0256-0.09270.33860.192-0.07550.11530.0915-0.21650.11270.30240.0452-0.160.2219-0.09910.2492-3.393331.293231.0061
51.8156-0.1535-0.35561.5709-0.42130.9326-0.14410.23950.393-0.3422-0.2671-0.1198-0.39640.09840.03940.3965-0.0516-0.12320.21280.05290.233316.509530.071924.7942
61.25940.5763-0.66041.94510.83361.31310.09680.48760.3763-0.7301-0.23460.282-0.1788-0.29790.07820.4439-0.1161-0.07080.5039-0.04430.49813.3468.157421.6538
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 13 through 48 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 49 through 222 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 223 through 305 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 306 through 432 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 433 through 522 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 523 through 550 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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