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万見
- PDB-9on8: Immature HIV-1 CACTD-SP1 lattice with Maturation inhibitor PF-463... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9on8
タイトルImmature HIV-1 CACTD-SP1 lattice with Maturation inhibitor PF-46396 (R) and Inositol hexakisphosphate (IP6)
要素Capsid protein p24
キーワードPROTEIN BINDING / HIV-1 / maturation inhibitors / PF-46396
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / lipid binding / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法個体NMR / simulated annealing
データ登録者Zadorozhnyi, R. / Quinn, C.M. / Zadrozny, K.K. / Ablan, S.D. / Kennedy, B.J. / Yap, G.P.A. / Sanner, D. / Kraml, C. / Freed, E.O. / Ganser-Pornillos, B.K. ...Zadorozhnyi, R. / Quinn, C.M. / Zadrozny, K.K. / Ablan, S.D. / Kennedy, B.J. / Yap, G.P.A. / Sanner, D. / Kraml, C. / Freed, E.O. / Ganser-Pornillos, B.K. / Pornillos, O. / Gronenborn, A.M. / Polenova, T.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1U54AI170791 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE0959496 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10-OD026896A 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Structural Basis for HIV-1 Maturation Inhibition by PF-46396 Determined by MAS NMR.
著者: Zadorozhnyi, R. / Quinn, C.M. / Zadrozny, K.K. / Ablan, S.D. / Kennedy, B.J. / Yap, G.P.A. / Sanner, D. / Kraml, C. / Freed, E.O. / Ganser-Pornillos, B.K. / Pornillos, O. / Gronenborn, A.M. / Polenova, T.
履歴
登録2025年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Capsid protein p24
H: Capsid protein p24
I: Capsid protein p24
J: Capsid protein p24
K: Capsid protein p24
L: Capsid protein p24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6838
ポリマ－66,5686
非ポリマー1,1152
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質
Capsid protein p24 / Pr160Gag-Pol


分子量: 11094.672 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 278-377 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (NEW YORK-5 ISOLATE) (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P12497
#2: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-A1CCY / 1-{(2R)-2-(4-tert-butylphenyl)-2-[(2,3-dihydro-1H-inden-2-yl)amino]ethyl}-3-(trifluoromethyl)pyridin-2(1H)-one


分子量: 454.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H29F3N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
114isotropic22D CORD 50 ms
124isotropic12D CORD 50 ms
134isotropic22D CORD 100 ms
144isotropic22D CORD 250 ms
154isotropic22D CORD 500 ms
164isotropic22D NCACX 50 ms
174isotropic22D PAIN-CP
284isotropic31D 19F-13C TEDOR
394isotropic22D hNH dREDOR-HETCOR
3104isotropic22D 1H-1H RFDR-dREDOR
4114isotropic11D 1H-31P CP
4124isotropic11D 1H-31P direct
4134isotropic12D 1H-31P HETCOR
5142isotropic12D 1H-13C HETCOR
4152isotropic12D 1H-13C HETCOR
1163isotropic22D CORD 50 ms
1173isotropic22D CORD 500 ms
4183isotropic12D 1H-31P HETCOR
4193isotropic11D 1H-31P direct
4203isotropic11D 1H-31P CP

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solid4400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] HIV-1 capsid C-terminal domain, 360 uM PF-46396 (racemic), 400 uM INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE, protein bufferU-13C,15N HIV-1 CACTD-SP1/PF-46396(racem)/IP6protein buffer
solid2400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] HIV-1 capsid C-terminal domain, 360 uM PF-46396 (racemic), 400 uM INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE, deuterated protein bufferFD-13C,15N HIV-1 CACTD-SP1/PF-46396(racem)/IP6deuterated protein buffer
solid3400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] HIV-1 capsid C-terminal domain, 360 uM PF-46396 (R), 400 uM INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE, protein bufferU-13C,15N HIV-1 CACTD-SP1/PF-46396(R)/IP6protein buffer
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
400 uMHIV-1 capsid C-terminal domain[U-100% 13C; U-100% 15N]4
360 uMPF-46396 (racemic)natural abundance4
400 uMINOSITOL HEXAKISPHOSPHATEnatural abundance4
400 uMHIV-1 capsid C-terminal domain[U-100% 13C; U-100% 15N]2
360 uMPF-46396 (racemic)natural abundance2
400 uMINOSITOL HEXAKISPHOSPHATEnatural abundance2
400 uMHIV-1 capsid C-terminal domain[U-100% 13C; U-100% 15N]3
360 uMPF-46396 (R)natural abundance3
400 uMINOSITOL HEXAKISPHOSPHATEnatural abundance3
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1250 mM4C81 atm277 K
2250 mM37C81 atm310 K
3250 mM33C81 atm306 K
4250 mM15C81 atm288 K
5250 mM-10C81 atm263 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8501
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD6002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III5003

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
NMRFAM-SPARKYLee, Tonelli and Markleychemical shift assignment
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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