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- PDB-9omn: WrtF fucosyltransferase - GDP-2-deoxy-2-fluoro-beta-L-fucose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9omn
タイトルWrtF fucosyltransferase - GDP-2-deoxy-2-fluoro-beta-L-fucose
要素Glycosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / inhibitor / metal-independent / GT-A / O-antigen
機能・相同性Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / hexosyltransferase activity / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / : / GLYCINE / PHOSPHATE ION / Glycosyltransferase
機能・相同性情報
生物種Rhizobium tropici CIAT 899 (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Forrester, T.J.B. / Kimber, M.S.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2020-07113 カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: WrtF from Rhizobium tropici CIAT 899 is a GT-A fold fucosyltransferase which binds its donor non-productively
著者: Forrester, T.J.B. / Kimber, M.S. / Lowary, T.L. / Lin, S.
履歴
登録2025年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyltransferase
B: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,32616
ポリマ－61,0272
非ポリマー2,30014
水1,08160
1
A: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7479
ポリマ－30,5131
非ポリマー1,2338
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5807
ポリマ－30,5131
非ポリマー1,0666
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.530, 124.330, 45.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.950, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glycosyltransferase


分子量: 30513.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminally truncated
由来: (組換発現) Rhizobium tropici CIAT 899 (根粒菌)
Cell: bacterial / 遺伝子: GXW80_17485 / プラスミド: pET28a / Cell (発現宿主): bacterial / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6P1C6J0

-
非ポリマー , 5種, 74分子

#2: 化合物 ChemComp-A1CCU / GDP-2-deoxy-2-fluoro-beta-L-fucose


分子量: 591.333 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H24FN5O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 200 mM ammonium sulfate, 100 mM HEPES pH 7.5, 35% poly (acrylic acid sodium salt) 2100

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.181 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.181 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→45.66 Å / Num. obs: 29467 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / Num. unique obs: 2115 / CC1/2: 0.731

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→45.66 Å / SU ML: 0.3048 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.2714
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 2872 6.78 %
Rwork0.2104 39505 -
obs0.2137 21529 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4067 0 136 60 4263
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00264286
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54395828
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0437664
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041736
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.85971521
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.340.39871270.36341820X-RAY DIFFRACTION99.69
2.34-2.380.39791450.33511893X-RAY DIFFRACTION99.71
2.38-2.420.32971320.32921956X-RAY DIFFRACTION99.95
2.42-2.470.32491260.30581805X-RAY DIFFRACTION99.54
2.47-2.520.35031460.31791915X-RAY DIFFRACTION99.61
2.52-2.570.3691420.27261918X-RAY DIFFRACTION99.71
2.57-2.630.31451360.2731800X-RAY DIFFRACTION99.79
2.63-2.70.32341370.26611937X-RAY DIFFRACTION99.62
2.7-2.770.26081290.2411854X-RAY DIFFRACTION99.6
2.77-2.850.3361390.23861891X-RAY DIFFRACTION99.8
2.85-2.950.25351290.22661893X-RAY DIFFRACTION99.7
2.95-3.050.26141450.22371904X-RAY DIFFRACTION99.76
3.05-3.170.33441250.20931855X-RAY DIFFRACTION99.75
3.17-3.320.21031380.19541887X-RAY DIFFRACTION99.75
3.32-3.490.20991420.18061878X-RAY DIFFRACTION99.7
3.49-3.710.2421240.19111877X-RAY DIFFRACTION99.8
3.71-40.20781310.1721926X-RAY DIFFRACTION99.81
4-4.40.19961470.161882X-RAY DIFFRACTION100
4.4-5.030.25941490.17431876X-RAY DIFFRACTION99.9
5.03-6.340.26751440.21231866X-RAY DIFFRACTION99.41
6.34-45.660.2261390.19231872X-RAY DIFFRACTION99.55
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.528219097710.00976012080039-0.664829478694.91797347999-0.896516139223.54400866796-0.0358400973503-0.3138210905110.19521523310.6799795164670.1507429341560.447478576087-0.147970691626-0.153859960133-0.08657891727970.5390991130580.0163979245820.1786269100990.241120379485-0.01891086033430.481500713668-17.692636781-11.090923754-1.09007903787
23.766805518-0.734446847627-1.596320142042.900854210160.8886477950433.10728904430.02276360834660.1876474357990.0562113200896-0.6328619680910.115852066955-0.640706964873-0.1810395120240.398288974678-0.1227719797220.626750829082-0.07454148422120.2222706963820.350429936998-0.04045663706810.5336448096430.503909831737-15.8401318811-16.5414457835
32.514779408160.139758506088-1.023951202284.85106583660.7475617153964.548946217550.04795725076960.0855307515498-0.319801377315-0.6770184281520.195002087904-1.244651328190.03954358411050.469897303901-0.2159340346430.6606572539180.05279022180950.3038411566640.333490322038-0.0134866391230.755638848137-0.174924155211-49.2285967658-18.5411521594
45.10369470546-0.5820054100581.418571054855.745403643991.191126845383.958050535-0.131333059341-0.00993303038476-0.7599803228730.153665517558-0.101246101825-0.07044929915910.777217407663-0.1573777899440.2244869675330.6554963611990.03397626827330.1963074966150.258323212801-0.01593105268870.44892167851-10.4650485339-57.1130238097-10.98462822
53.08069831369-0.0863293882646-0.6833501209434.34289850245-1.815136554463.36976852321-0.01798580565420.109322293262-0.1670583360351.20171414044-0.0570992409190.2797074893920.218302830135-0.117723066744-0.007543075693320.4820253542730.05052996733080.05835071451630.1711963739530.007646520332460.329945165978-14.7382600784-45.9595216083-4.39041891946
65.926718890350.610551855041-0.3320898608490.204621698994-0.8573610544254.769323612440.111036135963-0.7238433645270.05311491383650.0832093450137-0.202477050987-0.3058466630460.0714957534564-0.003387324057360.06890313933870.7387244741020.07162188662870.1337344987950.369231302822-0.07565518592050.538845295701-9.34206061091-52.7222826715-2.70633915515
79.29930969817-0.245851283741-2.010943125241.085591404750.5941336462614.815039719170.0756699195445-0.4693567727170.9005582290560.638213337090.2119042711140.00516092513849-0.1033295865990.102274033826-0.1348996083370.7467484243060.08177701834680.1460935049290.289485697482-0.03339871256580.51230018254-15.7919613836-34.73778505176.85204360935
86.711106635412.624761196661.267067684256.34867005292-2.909083722322.614328386570.298393806186-1.47771798273-0.9824950862521.52068110167-0.446563552638-0.355342178727-0.1892970501490.5109603055110.3907900774571.343027034740.0604652305490.6436637277820.663707065345-0.1508378550420.885164622306-24.9023220545-37.014351564815.4473782368
91.53827319161.84970863289-1.993763553932.33295527174-1.732209582324.56539535765-0.4153464770320.2730567937810.02042445696420.8091648963720.02636798373331.181957534450.784933392325-0.6178737963980.2926610750051.157823091670.0570606569540.5606434775490.5630390322540.02678885077140.952019730614-32.8300453368-42.945930750211.163505502
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 3 through 97 )AA3 - 971 - 95
22chain 'A' and (resid 98 through 302 )AA - C98 - 30296 - 257
33chain 'B' and (resid 3 through 78 )BE3 - 781 - 76
44chain 'B' and (resid 79 through 119 )BE79 - 11977 - 117
55chain 'B' and (resid 120 through 176 )BE120 - 176118 - 174
66chain 'B' and (resid 177 through 200 )BE177 - 200175 - 195
77chain 'B' and (resid 201 through 231 )BE201 - 231196 - 226
88chain 'B' and (resid 232 through 250 )BE232 - 250227 - 244
99chain 'B' and (resid 251 through 278 )BE251 - 278245 - 272

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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