PDB-9omm: WrtF fucosyltransferase - tetrasaccharide product

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9omm

タイトル

WrtF fucosyltransferase - tetrasaccharide product

要素

Glycosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / product / metal-independent / GT-A / O-antigen

機能・相同性

Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / hexosyltransferase activity / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / : / alpha-L-fucopyranose / GUANOSINE / Glycosyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Rhizobium tropici CIAT 899 (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Forrester, T.J.B. / Kimber, M.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: WrtF from Rhizobium tropici CIAT 899 is a GT-A fold fucosyltransferase which binds its donor non-productively
著者: Forrester, T.J.B. / Kimber, M.S. / Lowary, T.L. / Lin, S.

履歴

登録	2025年5月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9omm.cif.gz	375.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9omm.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9omm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9omm_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9omm_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	9omm_validation.xml.gz	24.2 KB	表示
CIF形式データ	9omm_validation.cif.gz	30.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/9omm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/9omm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9omhC 9omiC 9omjC 9omkC 9omlC 9omnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (3) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#254 - 2021年2月
セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase)
類似性 (3)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (1)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycosyltransferase

B: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

62.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.640, 65.670, 128.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Glycosyltransferase 分子量: 30499.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal truncation 由来: (組換発現) Rhizobium tropici CIAT 899 (根粒菌) Cell: bacterial / 遺伝子: GXW80_17485 / プラスミド: pET28a / Cell (発現宿主): bacterial / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6P1C6J0

#1: タンパク質

Glycosyltransferase

分子量: 30499.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal truncation
由来: (組換発現)

Rhizobium tropici CIAT 899 (根粒菌)
Cell: bacterial / 遺伝子: GXW80_17485 / プラスミド: pET28a / Cell (発現宿主): bacterial / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6P1C6J0

-
糖 , 3種, 3分子

#2: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 326.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(4+1)][a-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#6: 糖

ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose

タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#7: 糖

ChemComp-A1CCW / 2-O-acetyl-6-deoxy-alpha-D-talopyranose

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 206.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 4種, 17分子

#3: 化合物	ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE 分子量: 363.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-GMP / GUANOSINE 分子量: 283.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.94 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 200 mM ammonium sulfate, 100 mM HEPES pH 7.5, 35% poly (acrylic acid sodium salt) 2100

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.181 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.181 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→46.07 Å / Num. obs: 26660 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / B_iso Wilson estimate: 57.45 Å² / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 24.91
反射シェル	解像度: 2.25→2.3 Å / 冗長度: 13.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.13 / Num. unique obs: 1663 / CC_1/2: 0.593 / R_rim(I) all: 2.88 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.25→46.07 Å / SU ML: 0.4181 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.6971
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2653	4224	8.45 %
R_work	0.2155	45776	-
obs	0.2197	26646	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→46.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4083	0	93	14	4190

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0021	4255
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5053	5779
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0433	672
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0032	735
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.2607	1520

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.28	0.6435	135	0.5859	1499	X-RAY DIFFRACTION	99.27
2.28-2.3	0.5149	145	0.4731	1561	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.3-2.33	0.4211	133	0.4008	1516	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.33-2.36	0.3571	155	0.3516	1534	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.36-2.39	0.4095	132	0.3288	1505	X-RAY DIFFRACTION	99.27
2.39-2.42	0.3217	130	0.3118	1536	X-RAY DIFFRACTION	99.23
2.42-2.46	0.3381	146	0.3283	1468	X-RAY DIFFRACTION	99.45
2.46-2.5	0.361	142	0.3272	1584	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.5-2.53	0.3893	144	0.3493	1473	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.53-2.58	0.3859	139	0.3355	1548	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.58-2.62	0.2968	152	0.3016	1547	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.62-2.67	0.3754	126	0.2708	1506	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.67-2.72	0.3121	138	0.2649	1528	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.72-2.77	0.3386	140	0.2369	1535	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.77-2.83	0.3248	131	0.2395	1522	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.83-2.9	0.295	147	0.2412	1519	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.9-2.97	0.3182	145	0.2501	1552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.05	0.2756	135	0.2385	1527	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.05-3.14	0.3382	139	0.2428	1529	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.14-3.24	0.284	142	0.2202	1518	X-RAY DIFFRACTION	100
3.24-3.36	0.2736	152	0.2193	1523	X-RAY DIFFRACTION	100
3.36-3.5	0.2227	143	0.2059	1500	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.5-3.65	0.2395	150	0.211	1554	X-RAY DIFFRACTION	100
3.65-3.85	0.2906	122	0.1861	1547	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.85-4.09	0.2366	154	0.1804	1494	X-RAY DIFFRACTION	100
4.09-4.4	0.2153	144	0.157	1553	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4-4.85	0.2117	138	0.1701	1524	X-RAY DIFFRACTION	100
4.85-5.55	0.2047	148	0.1771	1520	X-RAY DIFFRACTION	99.94
5.55-6.98	0.2414	139	0.207	1522	X-RAY DIFFRACTION	99.94
6.98-46.07	0.2172	138	0.1721	1532	X-RAY DIFFRACTION	99.52

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.73111020989	0.0946043720349	-2.09882057397	1.52829689033	-0.883270720502	4.83537164306	-0.39607598556	0.321353721319	-0.267259255849	-0.12693206119	0.272062828528	0.225785310854	0.641432963827	-0.428511008935	0.129844343325	0.492554998651	-0.0436892385656	0.00441336647796	0.379568719454	-0.00548230657543	0.397703775018	13.4942400494	22.0276982493	11.5206031845
2	3.86677164584	1.21123968483	0.302968370453	0.672759899102	0.217249128532	7.49872014892	-0.137243507429	-0.0737403007197	-0.132082721845	0.0867561030185	-0.0324871313505	-0.0395319010163	0.696896268693	0.48645189292	0.189995575199	0.505811324052	0.142002551279	0.0784292720087	0.419685608933	0.0428187729575	0.457666534036	24.9692577714	21.7774345895	18.3132375359
3	4.19932384839	3.46590413575	-1.21253710321	4.46610940773	2.18357638579	8.99172364959	0.359170380026	1.238549626	0.839555104463	0.306365538018	-0.118137242101	-0.730906616588	-0.72505414432	0.497157884805	-0.111421886628	0.504174757705	0.154832438756	-0.0337697622503	0.862704798471	0.240773047471	0.785186794521	44.3279242648	25.1682621359	24.3426376195
4	4.93974760553	1.70156684384	-2.42630439889	3.73526834219	-1.95796412849	5.26571925228	0.0933197176205	-0.0430017184432	0.0151153021463	0.413071969693	-0.226699591969	-0.479013690174	-0.0764961267461	0.463103457534	0.191561101612	0.549039859539	0.114910505787	-0.0705213259259	0.425554324075	0.0538684777917	0.461716685264	32.115141803	20.0493355601	50.4926617546
5	4.24086042656	-0.384393066669	1.27052740508	1.63761468985	-0.726569352812	1.34460831985	-0.00177990380963	-0.246249132521	0.200074603418	0.344756619889	0.00712379141691	0.192334548256	-0.114002909335	-0.247336573468	0.0031245826905	0.548991307614	0.117595901363	0.0835849402583	0.388274917965	-0.0608283672915	0.42196497699	7.10521094522	24.2620545309	47.5273585022

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 3 through 141 )	A	A	3 - 141	1 - 139
2	2	chain 'A' and (resid 142 through 215 )	A	A	142 - 215	140 - 209
3	3	chain 'A' and (resid 216 through 264 )	A	A	216 - 264	210 - 258
4	4	chain 'B' and (resid 3 through 79 )	B	D	3 - 79	1 - 77
5	5	chain 'B' and (resid 80 through 277 )	B	D	80 - 277	78 - 271

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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