PDB-9omj: WrtF fucosyltransferase - GDP-beta-L-fucose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9omj

タイトル

WrtF fucosyltransferase - GDP-beta-L-fucose

要素

Glycosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / donor / metal-independent / GT-A / O-antigen

機能・相同性

Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / hexosyltransferase activity / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-BETA-L-FUCOPYRANOSE / Glycosyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Rhizobium tropici CIAT 899 (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Forrester, T.J.B. / Kimber, M.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: WrtF from Rhizobium tropici CIAT 899 is a GT-A fold fucosyltransferase that binds its donor nonproductively.
著者: Forrester, T.J.B. / Lin, S. / Lowary, T.L. / Kimber, M.S.

履歴

登録	2025年5月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年11月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9omj.cif.gz	376.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9omj.ent.gz	256.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9omj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9omj_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9omj_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9omj_validation.xml.gz	29.2 KB	表示
CIF形式データ	9omj_validation.cif.gz	39.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/9omj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/9omj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9omhC 9omiC 9omkC 9omlC 9ommC 9omnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (3) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycosyltransferase

B: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

62.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.910, 65.640, 124.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Glycosyltransferase 分子量: 30455.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal truncation 由来: (組換発現) Rhizobium tropici CIAT 899 (根粒菌) Cell: bacterial / 遺伝子: GXW80_17485 / プラスミド: pET28a / Cell (発現宿主): bacterial / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6P1C6J0
#2: 化合物	ChemComp-GFB / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-BETA-L-FUCOPYRANOSE 分子量: 589.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₅N₅O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.33 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 200 mM ammonium sulfate, 100 mM HEPES pH 7.5, 35% poly (acrylic acid sodium salt) 2100

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.181 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.181 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.48→46.15 Å / Num. obs: 87116 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 9.2 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 1.6→1.657 Å / 冗長度: 9.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.28 / Num. unique obs: 6960 / CC_1/2: 0.631 / CC star: 0.88 / % possible all: 99.86

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1-4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→46.15 Å / SU ML: 0.1991 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.6521
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.21	3529	5 %
R_work	0.1743	67087	-
obs	0.176	70616	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→46.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4025	0	88	354	4467

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0147	4199
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.4339	5704
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0759	655
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	724
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.6822	1501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.62	0.4006	139	0.376	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.62-1.65	0.3099	141	0.3392	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.65-1.67	0.33	138	0.3252	2623	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.67-1.7	0.3563	138	0.3104	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.7-1.72	0.3271	141	0.3099	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.72-1.75	0.3716	140	0.2805	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.75-1.79	0.2924	137	0.28	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.79-1.82	0.3279	142	0.2592	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.82-1.86	0.265	138	0.2149	2627	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.86-1.9	0.2585	139	0.201	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.9-1.94	0.2193	141	0.1849	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.94-1.99	0.2134	140	0.166	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.99-2.04	0.211	140	0.1614	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.04-2.1	0.1939	141	0.1572	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.1-2.17	0.1892	139	0.1528	2655	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.17-2.25	0.1897	142	0.1589	2691	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.25-2.34	0.2067	141	0.1629	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.34-2.45	0.1926	140	0.1462	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.45-2.57	0.174	141	0.1485	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.57-2.74	0.2132	143	0.1529	2711	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.74-2.95	0.1925	142	0.1632	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.95-3.24	0.183	143	0.1516	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
3.24-3.71	0.1689	144	0.1515	2733	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.71-4.68	0.1635	146	0.1396	2784	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.68-46.15	0.2441	153	0.1919	2888	X-RAY DIFFRACTION	99.77

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.57538000844	0.0340954204779	-0.677006185421	1.37546566136	-0.0922632578298	3.00208229897	-0.0323525274579	0.30381448869	0.136456649419	-0.279172161356	0.140347217861	0.211038024819	-0.135149419984	-0.642227648286	-0.0738550577597	0.248529362973	-0.00185224695091	-0.0457486774573	0.384715252053	0.0592224508471	0.236854847157	3.24574233167	-11.3757281678	-49.9553554503
2	2.51477706236	0.305103807256	0.61974310231	1.50607771534	-0.471070249043	3.1891355409	-0.136069796145	0.214993222669	0.024873018128	-0.19762069989	0.0353591538024	-0.118034305672	-0.0989772379611	0.10806918339	0.089577924809	0.177148339169	-0.00880633530599	0.0177266095607	0.221444760967	0.0151583860357	0.150449266642	21.7805120834	-13.4308008839	-48.5614985559
3	5.57221992096	0.783262238199	-0.611050205612	5.66056825589	0.85431740287	3.81374350296	-0.0640138975406	0.303705910954	0.255175201865	0.0141485232585	-0.0669228273672	-0.436745139054	-0.295354557584	0.811968698332	0.127767467241	0.206841985481	-0.0746570025628	-0.0463807185676	0.472306446127	0.0583712008065	0.261010591603	40.1995530387	-10.4388391629	-39.143842224
4	3.15950727642	0.610048841184	-0.602797087701	1.8231661699	-0.53005844151	3.1817128362	0.0942519987415	-0.330860383818	-0.0944006872097	0.241500633902	-0.131135357666	-0.167395841796	-0.0621035390273	0.596800242005	0.0395309078141	0.196987676509	-0.0063454936158	-0.0209304166155	0.353932233061	0.017872962245	0.191028381699	27.8524112165	-13.8242123257	-12.7262862735
5	2.16942680852	-0.451946454186	0.512831158048	0.61689851772	-0.228945482647	1.36200947204	0.032472837813	-0.0315563098603	0.00220530550709	0.062574476081	-0.0478319941744	0.108407512713	-0.0325455044802	0.0102537791598	0.0125300492573	0.174209485056	-0.0215016184318	0.0191363860355	0.202692510831	-0.0284497503078	0.18889245311	2.48448576086	-9.96496034992	-15.6235460889

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'B' and (resid 4 through 97 )	B	D	4 - 97	1 - 94
2	2	chain 'B' and (resid 98 through 215 )	B	D	98 - 215	95 - 204
3	3	chain 'B' and (resid 216 through 265 )	B	D	216 - 265	205 - 254
4	4	chain 'A' and (resid 3 through 79 )	A	A	3 - 79	1 - 77
5	5	chain 'A' and (resid 80 through 277 )	A	A	80 - 277	78 - 268

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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