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- PDB-9om4: Cryo-EM structure of filament form Acidithiobacillus caldus (Aca)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9om4
タイトルCryo-EM structure of filament form Acidithiobacillus caldus (Aca) short prokaryotic argonautes, HNH-associated (SPARHA) with gRNA and tDNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*T)-3')
  • HNH endonuclease
  • Prokaryotic argonaute MID-PIWI family protein
  • RNA (5'-R(P*AP*UP*UP*UP*GP*GP*UP*UP*GP*CP*GP*GP*UP*GP*CP*UP*CP*U)-3')
キーワードIMMUNE SYSTEM/DNA/RNA / SPARHA / prokaryotic argonaute / nuclease / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-DNA-RNA complex
機能・相同性: / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Acidithiobacillus caldus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.38 Å
データ登録者Murakami, K.S. / Narwal, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM156623 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Target-induced Argonaute-HNH filaments confer bacterial immunity
著者: Murakami, K.S. / Narwal, M. / Kanevskaya, A. / Kulbachinskiy, A.
履歴
登録2025年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HNH endonuclease
B: Prokaryotic argonaute MID-PIWI family protein
C: RNA (5'-R(P*AP*UP*UP*UP*GP*GP*UP*UP*GP*CP*GP*GP*UP*GP*CP*UP*CP*U)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*T)-3')
E: HNH endonuclease
F: Prokaryotic argonaute MID-PIWI family protein
G: RNA (5'-R(P*AP*UP*UP*UP*GP*GP*UP*UP*GP*CP*GP*GP*UP*GP*CP*UP*CP*U)-3')
H: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*T)-3')
I: HNH endonuclease
J: Prokaryotic argonaute MID-PIWI family protein
K: RNA (5'-R(P*AP*UP*UP*UP*GP*GP*UP*UP*GP*CP*GP*GP*UP*GP*CP*UP*CP*U)-3')
L: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*T)-3')
M: HNH endonuclease
N: Prokaryotic argonaute MID-PIWI family protein
O: RNA (5'-R(P*AP*UP*UP*UP*GP*GP*UP*UP*GP*CP*GP*GP*UP*GP*CP*UP*CP*U)-3')
P: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)458,70720
ポリマ－458,48816
非ポリマー2204
水00
1
A: HNH endonuclease
B: Prokaryotic argonaute MID-PIWI family protein
C: RNA (5'-R(P*AP*UP*UP*UP*GP*GP*UP*UP*GP*CP*GP*GP*UP*GP*CP*UP*CP*U)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,6775
ポリマ－114,6224
非ポリマー551
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, C2 symmetry related to chain IDs M,N,O,P
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
3
E: HNH endonuclease
F: Prokaryotic argonaute MID-PIWI family protein
G: RNA (5'-R(P*AP*UP*UP*UP*GP*GP*UP*UP*GP*CP*GP*GP*UP*GP*CP*UP*CP*U)-3')
H: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,6775
ポリマ－114,6224
非ポリマー551
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
4
I: HNH endonuclease
J: Prokaryotic argonaute MID-PIWI family protein
K: RNA (5'-R(P*AP*UP*UP*UP*GP*GP*UP*UP*GP*CP*GP*GP*UP*GP*CP*UP*CP*U)-3')
L: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,6775
ポリマ－114,6224
非ポリマー551
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
5
M: HNH endonuclease
N: Prokaryotic argonaute MID-PIWI family protein
O: RNA (5'-R(P*AP*UP*UP*UP*GP*GP*UP*UP*GP*CP*GP*GP*UP*GP*CP*UP*CP*U)-3')
P: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,6775
ポリマ－114,6224
非ポリマー551
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
HNH endonuclease


分子量: 50263.348 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Acidithiobacillus caldus short prokaryotic Argonaute HNH-APAZ endonuclease
由来: (組換発現) Acidithiobacillus caldus (バクテリア)
プラスミド: pBAD_AcaAgo / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質
Prokaryotic argonaute MID-PIWI family protein


分子量: 53150.621 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Acidithiobacillus caldus argonaute MID-PIWI family protein
由来: (組換発現) Acidithiobacillus caldus (バクテリア)
プラスミド: pBAD_AcaAgo / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: RNA鎖
RNA (5'-R(P*AP*UP*UP*UP*GP*GP*UP*UP*GP*CP*GP*GP*UP*GP*CP*UP*CP*U)-3')


分子量: 5720.355 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: guide RNA with 5'-phosphate group / 由来: (合成) Acidithiobacillus caldus (バクテリア)
#4: DNA鎖
DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*T)-3')


分子量: 5487.598 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: target DNA / 由来: (合成) Acidithiobacillus caldus (バクテリア)
#5: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Acidithiobacillus caldus SPARHA complex with guide RNA and target DNACOMPLEXTetramer with C2 symmetry#1-#40MULTIPLE SOURCES
2SPARHA complexCOMPLEX#1-#21RECOMBINANT
3guide RNA and target DNACOMPLEX#3-#41SYNTHETIC
分子量値: 103.14 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Acidithiobacillus caldus (バクテリア)33059
33Acidithiobacillus caldus (バクテリア)33059
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3)
緩衝液pH: 7 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, 50 mM NaCl, and MnCl2 (0.1 mM)
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 4 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
4cryoSPARC4.6.2CTF補正Patch CTF Estimation
7UCSF ChimeraX1.9モデルフィッティング
12cryoSPARC4.6.2３次元再構成Local refinement
13cryoSPARC4.6.2３次元再構成Non-uniform refinement
14PHENIXdev_5330モデル精密化minimization_global, local_grid_search, secondary structure restraints
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 103628 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 57.6 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004227944
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.845438468
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05264204
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00784452
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.86465308

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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