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- PDB-9ojo: Crystal structure of TNF alpha in complex with compound 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ojo
タイトルCrystal structure of TNF alpha in complex with compound 1
要素Tumor necrosis factor
キーワードCYTOKINE / Tumor necrosis factor alpha / structure-based drug design
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of neutrophil activation / positive regulation of blood microparticle formation / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of fractalkine production / positive regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell ...negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of neutrophil activation / positive regulation of blood microparticle formation / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of fractalkine production / positive regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell / positive regulation of vitamin D biosynthetic process / positive regulation of protein transport / positive regulation of translational initiation by iron / response to macrophage colony-stimulating factor / regulation of membrane lipid metabolic process / regulation of endothelial cell apoptotic process / chronic inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis / negative regulation of protein-containing complex disassembly / response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine / response to gold nanoparticle / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of hair follicle development / negative regulation of myelination / response to isolation stress / negative regulation of cytokine production involved in immune response / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of amyloid-beta clearance / inflammatory response to wounding / positive regulation of interleukin-18 production / death receptor agonist activity / positive regulation of action potential / TNF signaling / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / embryonic digestive tract development / toll-like receptor 3 signaling pathway / negative regulation of D-glucose import / vascular endothelial growth factor production / leukocyte migration involved in inflammatory response / response to fructose / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of synoviocyte proliferation / necroptotic signaling pathway / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of mononuclear cell migration / positive regulation of fever generation / negative regulation of myoblast differentiation / positive regulation of protein-containing complex disassembly / regulation of establishment of endothelial barrier / endothelial cell apoptotic process / negative regulation of oxidative phosphorylation / cellular response to toxic substance / positive regulation of protein localization to cell surface / positive regulation of osteoclast differentiation / macrophage activation involved in immune response / negative regulation of systemic arterial blood pressure / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / regulation of immunoglobulin production / TNFR1-mediated ceramide production / positive regulation of hepatocyte proliferation / positive regulation of programmed cell death / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of podosome assembly / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of fat cell differentiation / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / TNFR1-induced proapoptotic signaling / regulation of metabolic process / negative regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of DNA biosynthetic process / response to L-glutamate / positive regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of heart rate / negative regulation of viral genome replication / regulation of synapse organization / negative regulation of fat cell differentiation / negative regulation of endothelial cell proliferation / Interleukin-10 signaling / positive regulation of JUN kinase activity / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / humoral immune response / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of lipid storage / negative regulation of mitotic cell cycle / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of osteoblast differentiation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of synaptic transmission / skeletal muscle contraction / positive regulation of MAP kinase activity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor alpha / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumour necrosis factor-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Tumor necrosis factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.358 Å
データ登録者Judge, R.A. / Bian, Z. / Longenecker, K.L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Discovery of Orally Efficacious Bridged Piperazines as smTNF Modulators.
著者: Bian, Z. / Schmidt, R.G. / Wilson, N.S. / Duignan, D.B. / Breinlinger, E. / Dombrowski, A.W. / Erdman, P. / Foley, C.M. / Friedman, M. / Gfesser, G.A. / Goess, C.A. / Gomtsyan, A. / Judge, R. ...著者: Bian, Z. / Schmidt, R.G. / Wilson, N.S. / Duignan, D.B. / Breinlinger, E. / Dombrowski, A.W. / Erdman, P. / Foley, C.M. / Friedman, M. / Gfesser, G.A. / Goess, C.A. / Gomtsyan, A. / Judge, R.A. / Kikuchi, R. / Koshman, Y. / Liu, X. / Longenecker, K.L. / McClure, A. / Sippy, K. / Wetter, J.M. / Stoffel, R. / Vasudevan, A.
履歴
登録2025年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor
B: Tumor necrosis factor
C: Tumor necrosis factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8904
ポリマ－52,5063
非ポリマー3841
水6,107339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5550 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area17360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.669, 80.173, 92.248
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor / Cachectin / TNF-alpha / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 2 / TNF-a


分子量: 17501.854 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNF, TNFA, TNFSF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01375
#2: 化合物 ChemComp-A1CB1 / 2-{5-[(1S,10S)-1-phenyl-1,2,3,4-tetrahydropyrido[1,2-a][1,3]benzimidazol-8-yl]pyrimidin-2-yl}propan-2-ol


分子量: 384.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H24N4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.68 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: 30% (w/v) PEG 1000, 0.1M Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.358→60.513 Å / Num. obs: 83658 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.358→1.382 Å / Num. unique obs: 4059 / CC1/2: 0.335

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.358→60.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU R Cruickshank DPI: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.064 / SU Rfree Blow DPI: 0.063 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.061
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2171 4078 -RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.2008 83344 98.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.0555 Å20 Å20 Å2
2--1.1153 Å20 Å2
3---1.9402 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.358→60.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3171 0 29 339 3539
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0083276HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.034464HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1070SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes553HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3276HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion418SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3015SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.36
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.69
LS精密化 シェル解像度: 1.36→1.37 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2911 77 -
Rwork0.2575 --
obs0.2591 1667 89.66 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7418-0.1218-0.18270.75850.17370.8388-0.0534-0.04640.0811-0.04640.02440.00790.08110.00790.0290.0065-0.00620.0069-0.034-0.0047-0.0106-9.2092-12.124510.1303
21.13790.5544-0.49331.2297-0.19961.5751-0.1089-0.1854-0.0922-0.18540.1181-0.0822-0.0922-0.0822-0.00920.00980.0071-0.0224-0.02530.01280.0031-13.495510.882814.0508
30.52150.2327-0.20250.88510.32070.941-0.02440.12120.07140.12120.07620.09740.07140.0974-0.05180.00660.0071-0.001-0.0156-0.019-0.0119-0.6156-0.137427.24
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A8 - 157
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A4000
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B10 - 157
4X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C3 - 157

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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