PDB-9ojl: Crystal Structure of GH18 Chitinase Domain from Vibrio splendidus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ojl

タイトル

Crystal Structure of GH18 Chitinase Domain from Vibrio splendidus

要素

Chitinase

キーワード

HYDROLASE / Glycoside Hydrolase Family 18 / GH18 / Exochitinase / Endochitinase

機能・相同性

機能・相同性情報

chitin binding / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio splendidus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Horton, J.G. / Jackson, C.J. / Frkic, R.L.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of GH18 Chitinase Domain from Vibrio splendidus
著者: Horton, J.G. / Jackson, C.J. / Frkic, R.L.

履歴

登録	2025年5月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ojl.cif.gz	844.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ojl.ent.gz	702 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ojl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ojl_validation.pdf.gz	510.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ojl_full_validation.pdf.gz	526.9 KB	表示
XML形式データ	9ojl_validation.xml.gz	108.9 KB	表示
CIF形式データ	9ojl_validation.cif.gz	151.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/9ojl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/9ojl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chitinase

B: Chitinase

C: Chitinase

D: Chitinase

E: Chitinase

F: Chitinase

ヘテロ分子

227 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Chitinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
37.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Chitinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Chitinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Chitinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.8 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Chitinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.6 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Chitinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	109.918, 154.033, 156.602
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Chitinase 分子量: 37479.430 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Catalytic domain of A0A837NXJ2. Addition of custom Sec signal peptide on N-terminal. Signal peptide cleaved during translocation between Ala21/Ala22. C-terminal LEHHHHHH. Modeled residues Pro26 to Gly342 由来: (組換発現) Vibrio splendidus (バクテリア) / 遺伝子: AN168_05695 / プラスミド: pET-29b(+) 詳細 (発現宿主): Strain has IPTG-inducible T7 RNA polymerase cassette 発現宿主: Vibrio natriegens (バクテリア) / 株 (発現宿主): Vmax Express / 参照: UniProt: A0A837NXJ2
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.01 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M NaCl, 0.1M Bis-Tris 7.0, 1.7M Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年3月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→49.44 Å / Num. obs: 245129 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.201 / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.209 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 3404026
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / R_merge(I) obs: 2.092 / Num. measured all: 165627 / Num. unique obs: 11996 / CC_1/2: 0.358 / R_pim(I) all: 0.582 / R_rim(I) all: 2.172 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I) obs: 1.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.2_5419: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
PDB_EXTRACT		データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→49.44 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2098	12202	4.98 %
R_work	0.1693	-	-
obs	0.1713	244980	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→49.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15032	0	122	2400	17554

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	15694
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.295	21369
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.399	5597
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.087	2224
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	2854

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.3488	380	0.322	7689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.84	0.3356	375	0.3069	7723	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.86	0.3321	421	0.2899	7685	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.89	0.3108	464	0.2698	7628	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.91	0.2899	414	0.2559	7669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.94	0.2699	352	0.2401	7726	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.97	0.2571	413	0.2316	7722	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2	0.3007	411	0.2325	7714	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.03	0.2651	416	0.2223	7677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.06	0.2479	468	0.2141	7660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.1	0.2322	423	0.2026	7659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.13	0.2375	411	0.1861	7717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.18	0.2217	446	0.18	7718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.22	0.2162	415	0.1708	7664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.27	0.2374	363	0.1741	7768	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.32	0.2115	390	0.1703	7738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.38	0.2153	376	0.1671	7763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.44	0.2128	388	0.1676	7787	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.51	0.2218	410	0.1681	7711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.6	0.2077	428	0.1632	7737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.69	0.2259	416	0.169	7737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.8	0.2291	385	0.1701	7803	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.92	0.2108	382	0.1606	7793	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.08	0.2052	426	0.1599	7769	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.27	0.2244	380	0.1685	7846	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.52	0.1982	383	0.1531	7819	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-3.88	0.1638	389	0.1373	7858	X-RAY DIFFRACTION	100
3.88-4.44	0.1563	439	0.1214	7866	X-RAY DIFFRACTION	100
4.44-5.59	0.1602	412	0.1219	7950	X-RAY DIFFRACTION	100
5.59-49.44	0.1593	426	0.1491	8182	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 50.7676 Å / Origin y: -3.9614 Å / Origin z: -19.2532 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1657 Å²	0.0138 Å²	0.0052 Å²	-	0.1417 Å²	0.0231 Å²	-	-	0.1473 Å²
L	0.0738 °²	-0.0327 °²	0.0051 °²	-	0.1623 °²	-0.0583 °²	-	-	0.189 °²
S	-0.0295 Å °	-0.0052 Å °	0.0124 Å °	-0.0157 Å °	-0.03 Å °	-0.0969 Å °	-0.0036 Å °	0.0459 Å °	0.0514 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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