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- PDB-9oin: The von Hippel Lindau-ElonginB-ElonginC (VCB) complex with fragment 13 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9oin
タイトルThe von Hippel Lindau-ElonginB-ElonginC (VCB) complex with fragment 13
要素
  • (Elongin-C) x 2
  • Elongin-B
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードPROTEIN TRANSPORT / VHL / E3 ligase / Fragment-based drug discovery
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / negative regulation of signal transduction / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / negative regulation of autophagy / protein serine/threonine kinase binding / transcription corepressor binding / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / positive regulation of cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / Evasion by RSV of host interferon responses / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cell morphogenesis / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / transcription corepressor activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / regulation of gene expression / microtubule cytoskeleton / Replication of the SARS-CoV-2 genome / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / cellular response to hypoxia / molecular adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / amyloid fibril formation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / protein stabilization / cilium / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Elongin B ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Elongin B / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Amporndanai, K. / Katinas, J.M. / Chopra, A. / Fesik, S.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other privateAWD00000788 米国
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2025
タイトル: NMR-Based Fragment Screen of the von Hippel-Lindau Elongin C&B Complex
著者: Amporndanai, K. / Katinas, J.M. / Chopra, A. / Kayode, O. / Vadukoot, A.K. / Waterson, A.G. / Fesik, S.W.
履歴
登録2025年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongin-B
B: Elongin-C
C: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
D: Elongin-B
E: Elongin-C
F: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
G: Elongin-B
H: Elongin-C
I: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
J: Elongin-B
K: Elongin-C
L: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,19413
ポリマ－174,97412
非ポリマー2191
水1448
1
A: Elongin-B
B: Elongin-C
C: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8223
ポリマ－43,8223
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4610 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area15660 Å2
手法PISA
2
D: Elongin-B
E: Elongin-C
F: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7183
ポリマ－43,7183
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area15580 Å2
手法PISA
3
G: Elongin-B
H: Elongin-C
I: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7183
ポリマ－43,7183
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4500 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area15630 Å2
手法PISA
4
J: Elongin-B
K: Elongin-C
L: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9374
ポリマ－43,7183
非ポリマー2191
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area15730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.044, 94.044, 363.683
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Space group name HallP4w2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+3/4
#8: -y,-x,-z+1/4

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要素

-
タンパク質 , 4種, 12分子 ADGJBCFILEHK

#1: タンパク質
Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 11852.389 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 11135.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#3: タンパク質
von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 20833.514 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337
#4: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 11031.668 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369

-
非ポリマー , 2種, 9分子

#5: 化合物 ChemComp-A1CBJ / 1-(propan-2-yl)-4-[(pyridin-2-yl)methyl]piperazine


分子量: 219.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H21N3 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 5.5, 0.2 M magnesium acetate, 5 mM DTT and 14-20% PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月4日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→49.08 Å / Num. obs: 64429 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 58.95 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.41→2.47 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 1.516 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 64429 / CC1/2: 0.239 / Rpim(I) all: 1.516 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.41→49.08 Å / SU ML: 0.4232 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.0986
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2827 3163 4.93 %
Rwork0.2328 60956 -
obs0.2353 64119 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 65.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→49.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10337 0 16 8 10361
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008810613
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.033314464
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05511670
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01011875
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.60573868
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.41-2.450.37651370.37382542X-RAY DIFFRACTION98.78
2.45-2.480.40571490.36242584X-RAY DIFFRACTION99.06
2.48-2.520.42461230.36162572X-RAY DIFFRACTION99.48
2.52-2.570.4271480.35592604X-RAY DIFFRACTION99.67
2.57-2.620.38111320.34152621X-RAY DIFFRACTION99.85
2.62-2.670.42861400.3512595X-RAY DIFFRACTION99.82
2.67-2.720.39421370.33012592X-RAY DIFFRACTION99.85
2.72-2.780.37351260.33132673X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.840.37591440.332593X-RAY DIFFRACTION99.85
2.84-2.910.3341280.30512629X-RAY DIFFRACTION99.86
2.91-2.990.34411400.26572596X-RAY DIFFRACTION99.78
2.99-3.080.35051460.27512626X-RAY DIFFRACTION99.82
3.08-3.180.33681230.27142668X-RAY DIFFRACTION99.93
3.18-3.290.3281310.26092617X-RAY DIFFRACTION99.89
3.29-3.430.30911230.25462674X-RAY DIFFRACTION99.93
3.43-3.580.29291280.25052677X-RAY DIFFRACTION99.89
3.58-3.770.30421550.23362640X-RAY DIFFRACTION99.86
3.77-4.010.24271400.20012646X-RAY DIFFRACTION99.82
4.01-4.320.24281360.17972697X-RAY DIFFRACTION99.86
4.32-4.750.20281430.16742707X-RAY DIFFRACTION99.86
4.75-5.440.231360.18032706X-RAY DIFFRACTION99.82
5.44-6.850.26521420.22882781X-RAY DIFFRACTION99.56
6.85-49.080.21831560.19092916X-RAY DIFFRACTION98.37
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.8423606795 Å / Origin y: -29.8426556898 Å / Origin z: -23.8710594189 Å
111213212223313233
T0.597002779278 Å20.0257050243918 Å2-0.0439135157046 Å2-0.385703595067 Å20.00434364482642 Å2--0.399943883055 Å2
L0.0498980626868 °2-0.0188085057906 °2-0.0406138064905 °2-0.181275772483 °20.0371131910858 °2---0.0587605878782 °2
S0.0251802864449 Å °0.0162290853379 Å °0.000843136429385 Å °-0.0347315321712 Å °-0.0324142256442 Å °-0.0112389932749 Å °-0.00312723951538 Å °0.0219159112393 Å °0.00882314288207 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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