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- PDB-9oht: CD1c presenting GD3 ganglioside -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9oht
タイトルCD1c presenting GD3 ganglioside
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • T-cell surface glycoprotein CD1c/T-cell surface glycoprotein CD1b chimeric protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / CD1c / lipid mediated immunity / lipid antigen presentation / GD3 / ganglioside
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion ...negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-2-Microglobulin / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / 2-(cyclohexylazaniumyl)ethanesulfonate / MALONIC ACID / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Cao, T.P. / Rossjohn, J. / Shahine, A.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DE210101031 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CD1c presenting GD3 ganglioside
著者: Cao, T.P. / Rossjohn, J. / Shahine, A.
履歴
登録2025年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell surface glycoprotein CD1c/T-cell surface glycoprotein CD1b chimeric protein
B: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7108
ポリマ－43,2562
非ポリマー2,4546
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Eluted as monomeric heterodimer by size exclusion chromatography
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4500 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.496, 89.496, 158.438
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD1c/T-cell surface glycoprotein CD1b chimeric protein


分子量: 31497.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD1C / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11759.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61769

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糖 , 1種, 1分子

#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 5分子

#4: 化合物 ChemComp-A1CB4 / (2R,3R,4E)-3-hydroxy-2-octadecanamidooctadec-4-en-1-yl 5-acetamido-3,5-dideoxy-L-glycero-beta-L-altro-non-2-ulopyranonosyl-(2->8)-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranonosyl-(2->3)-beta-D-galactopyranosyl-(1->4)-beta-D-glucopyranoside / ganglioside GD3


分子量: 1472.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C70H125N3O29 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-A1CB5 / (2S)-2,3-dihydroxypropyl heptadecanoate


分子量: 344.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H40O4
#6: 化合物 ChemComp-KZF / 2-(cyclohexylazaniumyl)ethanesulfonate


分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID


分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.95 % / 解説: Diamond
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.46
詳細: 0.1 M CHES pH 9.46 1.05 M tri-Na citrate 0.025 M tri-glycine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2022年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→43.64 Å / Num. obs: 15589 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.171 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 132394
反射 シェル解像度: 2.98→3.16 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 1.649 / Num. unique obs: 2467 / CC1/2: 0.533 / Rpim(I) all: 0.613 / Χ2: 0.95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21rc1_5107: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PDB_EXTRACTデータ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.98→43.64 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 793 5.1 %
Rwork0.1868 --
obs0.1886 15540 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.98→43.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2992 0 153 0 3145
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113229
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3774388
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.8431151
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079473
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01552
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.98-3.170.31111440.27562391X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.410.27711210.23332406X-RAY DIFFRACTION100
3.41-3.750.22851230.20742452X-RAY DIFFRACTION100
3.75-4.30.2121360.17632425X-RAY DIFFRACTION100
4.3-5.410.18271490.15722450X-RAY DIFFRACTION100
5.41-43.640.22811200.17822623X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -15.9604 Å / Origin y: 13.064 Å / Origin z: 7.5993 Å
111213212223313233
T0.5433 Å20.0415 Å2-0.0329 Å2-0.4237 Å2-0.065 Å2--0.385 Å2
L3.9398 °21.0866 °20.5612 °2-2.0705 °20.4941 °2--2.3219 °2
S0.1513 Å °0.0265 Å °0.1282 Å °-0.1178 Å °-0.0504 Å °-0.0213 Å °-0.0444 Å °0.0694 Å °-0.0846 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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