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万見
- PDB-9ohr: Structure of CRBN:IKZF2:Compound 35 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ohr
タイトルStructure of CRBN:IKZF2:Compound 35
要素
  • Protein cereblon
  • Zinc finger protein Helios
キーワードIMMUNE SYSTEM / Protein Degrader
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / locomotory exploration behavior / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of protein-containing complex assembly / Potential therapeutics for SARS / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transmembrane transporter binding / protein ubiquitination ...negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / locomotory exploration behavior / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of protein-containing complex assembly / Potential therapeutics for SARS / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transmembrane transporter binding / protein ubiquitination / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / perinuclear region of cytoplasm / zinc ion binding / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) ...: / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / PUA-like superfamily / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Protein cereblon / Zinc finger protein Helios
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Strickland, C.O. / Rice, C.T.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Discovery of a Novel Series of iso -Indolinone-Based Glutarimides as Highly Efficacious and Selective IKZF2 Molecular Glue Degraders.
著者: Zhang, X. / Dhruv, H. / Deng, Q. / Tudor, M. / Bechtel, N. / Nagilla, R. / Jolivette, L. / Rice, C.T. / Orth, P. / Behshad, E. / Strickland, C. / Mohammad, H.P. / Bai, L. / McEachern, D. / ...著者: Zhang, X. / Dhruv, H. / Deng, Q. / Tudor, M. / Bechtel, N. / Nagilla, R. / Jolivette, L. / Rice, C.T. / Orth, P. / Behshad, E. / Strickland, C. / Mohammad, H.P. / Bai, L. / McEachern, D. / Wang, S. / Sui, Z. / Priestley, E.S.
履歴
登録2025年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein cereblon
B: Zinc finger protein Helios
C: Protein cereblon
D: Zinc finger protein Helios
E: Protein cereblon
F: Zinc finger protein Helios
G: Protein cereblon
H: Zinc finger protein Helios
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,02621
ポリマ－62,4398
非ポリマー2,58713
水66737
1
A: Protein cereblon
B: Zinc finger protein Helios
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2405
ポリマ－15,6102
非ポリマー6303
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Protein cereblon
D: Zinc finger protein Helios
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2405
ポリマ－15,6102
非ポリマー6303
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Protein cereblon
F: Zinc finger protein Helios
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2405
ポリマ－15,6102
非ポリマー6303
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Protein cereblon
H: Zinc finger protein Helios
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3066
ポリマ－15,6102
非ポリマー6964
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.463, 45.270, 65.493
Angle α, β, γ (deg.)99.92, 90.58, 104.38
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Protein cereblon


分子量: 12309.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: IKZF2 ZF2 Domain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRBN, AD-006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96SW2
#2: タンパク質・ペプチド
Zinc finger protein Helios / Ikaros family zinc finger protein 2


分子量: 3300.756 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cereblon TBD / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IKZF2, HELIOS, ZNFN1A2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UKS7
#3: 化合物
ChemComp-A1CBG / (3S)-3-[(5M)-5-{1-(oxetan-3-yl)-4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione


分子量: 499.561 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H29N5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.85 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2 M Magnesium Chloride, 0.5 M Sodium Chloride, 0.1 M Tris-HCl pH 8.1, 32.5% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97628 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97628 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→29.68 Å / Num. obs: 19467 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.908 / Rmerge(I) obs: 0.182 / Rpim(I) all: 0.13 / Rrim(I) all: 0.225 / Χ2: 0.84 / Net I/σ(I): 5.7 / Num. measured all: 62811
反射 シェル解像度: 2.34→2.42 Å / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.571 / Num. measured all: 6559 / Num. unique obs: 1951 / CC1/2: 0.503 / Rpim(I) all: 0.377 / Rrim(I) all: 0.687 / Χ2: 0.53 / Net I/σ(I) obs: 2.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PDB_EXTRACTデータ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.34→29.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 12.096 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.2 / ESU R Free: 0.343 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28975 992 5.1 %RANDOM
Rwork0.2244 ---
obs0.22768 18455 94.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.426 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å2-0 Å2-0.01 Å2
2---0.02 Å2-0.08 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.34→29.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4211 0 157 37 4405
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0124503
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0164040
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5021.8036144
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5441.7429364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8235538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.99527
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025123
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02993
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5353.832176
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5343.832176
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.5846.842706
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.5836.8412707
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1993.9432327
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1993.9442328
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.9867.1533431
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.28244.615031
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.28244.615032
LS精密化 シェル解像度: 2.34→2.4 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 77 -
Rwork0.288 1384 -
obs--96.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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