PDB-9ohl: TRMT112-METTL5 bound to SAM and FWG-33B

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ohl

タイトル

TRMT112-METTL5 bound to SAM and FWG-33B

要素

Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein
rRNA N(6)-adenosine-methyltransferase METTL5

キーワード

TRANSFERASE / tRNA methyltransferase 112 homolog / Methyltransferase-like protein 5 / stereoselective probe

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA (adenine-N6-)-methyltransferase activity / peptidyl-glutamine methylation / tRNA (m2G10) methyltransferase complex / rRNA (guanine-N7)-methylation / tRNA methyltransferase activator activity / tRNA modification in the nucleus and cytosol / Methylation / protein methyltransferase activity / tRNA methylation / positive regulation of rRNA processing ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.286 Å

データ登録者

Goetzke, F.W. / Bernard, S.M.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Complexoform-restricted covalent TRMT112 ligands that allosterically agonize METTL5.
著者: Goetzke, F.W. / Bernard, S.M. / Ju, C.W. / Pollock, J. / DeMeester, K.E. / Gross, J. / Simon, G.M. / He, C. / Melillo, B. / Cravatt, B.F.

履歴

登録	2025年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ohl.cif.gz	98.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ohl.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ohl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/9ohl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/9ohl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

C: rRNA N(6)-adenosine-methyltransferase METTL5

D: Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein

ヘテロ分子

38.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.684, 70.640, 84.553
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 2種, 2分子 CD

#1: タンパク質	rRNA N(6)-adenosine-methyltransferase METTL5 / Methyltransferase-like protein 5 分子量: 23752.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL5, DC3, HSPC133 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NRN9, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: タンパク質	Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein / tRNA methyltransferase 112 homolog 分子量: 14215.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRMT112, AD-001, HSPC152, HSPC170 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UI30

#1: タンパク質

rRNA N(6)-adenosine-methyltransferase METTL5 / Methyltransferase-like protein 5

分子量: 23752.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL5, DC3, HSPC133 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NRN9, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

#2: タンパク質

Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein / tRNA methyltransferase 112 homolog

分子量: 14215.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRMT112, AD-001, HSPC152, HSPC170 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UI30

-
非ポリマー , 4種, 455分子

#3: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#4: 化合物	ChemComp-A1CBE / N-(4-{[(3aS,4R,6S,6aR)-6-(3-chlorophenyl)-2-propanoyloctahydrocyclopenta[c]pyrrol-4-yl]oxy}phenyl)acetamide 分子量: 426.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₇ClN₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.83 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 21% PEG3350, 0.36 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.00005 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年11月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00005 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.286→47.127 Å / Num. obs: 80248 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 5.8 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 1.29→1.336 Å / Num. unique obs: 5110 / CC_1/2: 0.333

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.286→47.127 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 0.994 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.059 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2174	4112	5.124 %
R_work	0.1864	76136	-
all	0.188	-	-
obs	-	80248	92.409 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.347 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.178 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.041 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.138 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.286→47.127 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2589	0	63	452	3104

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2716
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2629
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.749	1.651	3669
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.566	1.573	6066
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.49	5	326
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.264	5	22
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.295	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.244	10	491
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	5.72	10	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.835	10	120
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	415
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3109
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	600
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	490
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	2405
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1335
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1453
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	266
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.216	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.199	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.231	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.564	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.337	1.167	1310
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.336	1.167	1310
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.028	2.098	1634
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.028	2.099	1635
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.716	1.537	1406
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.715	1.538	1407
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.19	2.651	2035
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.189	2.652	2036
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.298	20.194	3152
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.017	15.59	2988

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.286-1.319	0.352	155	0.343	3000	0.344	6332	0.912	0.919	49.8263	0.334
1.319-1.355	0.312	225	0.323	4181	0.323	6173	0.93	0.934	71.3753	0.308
1.355-1.395	0.314	253	0.283	4800	0.285	6034	0.947	0.95	83.7421	0.264
1.395-1.437	0.261	273	0.247	5284	0.248	5862	0.956	0.96	94.797	0.222
1.437-1.485	0.25	313	0.209	5333	0.211	5659	0.958	0.969	99.7703	0.18
1.485-1.537	0.201	294	0.193	5202	0.193	5522	0.971	0.974	99.5292	0.165
1.537-1.595	0.22	265	0.182	4981	0.184	5283	0.967	0.977	99.2996	0.158
1.595-1.66	0.226	260	0.175	4815	0.178	5098	0.966	0.979	99.5488	0.156
1.66-1.733	0.215	241	0.174	4658	0.176	4920	0.971	0.979	99.5732	0.156
1.733-1.818	0.199	233	0.17	4469	0.171	4720	0.973	0.981	99.6186	0.155
1.818-1.916	0.196	223	0.168	4216	0.169	4469	0.976	0.982	99.3287	0.157
1.916-2.032	0.205	221	0.171	4019	0.173	4264	0.975	0.983	99.4371	0.165
2.032-2.172	0.212	205	0.184	3775	0.185	4011	0.975	0.98	99.2271	0.18
2.172-2.346	0.224	210	0.176	3496	0.178	3729	0.966	0.981	99.3832	0.177
2.346-2.569	0.204	198	0.17	3228	0.172	3447	0.97	0.981	99.3908	0.175
2.569-2.871	0.203	151	0.172	2963	0.174	3129	0.973	0.98	99.5206	0.183
2.871-3.313	0.217	137	0.176	2637	0.178	2798	0.969	0.98	99.1423	0.193
3.313-4.053	0.194	110	0.165	2260	0.166	2395	0.977	0.983	98.9562	0.188
4.053-5.71	0.195	89	0.177	1778	0.178	1873	0.984	0.986	99.6797	0.21
5.71-47.127	0.255	56	0.231	1041	0.232	1121	0.972	0.975	97.8591	0.267

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 CD

-
非ポリマー , 4種, 455分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 2種, 2分子 CD

-非ポリマー , 4種, 455分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 CD

-
非ポリマー , 4種, 455分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)