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万見
- PDB-9oh6: H117A/M121H Azurin with Cu(II), pH 7.7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9oh6
タイトルH117A/M121H Azurin with Cu(II), pH 7.7
要素Azurin
キーワードOXIDOREDUCTASE / Metal binding mutant azurin protein
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion binding / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Azurin / : / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Azurin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Van Stappen, C. / Lu, Y.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-2420683 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM145134 米国
Robert A. Welch FoundationF-0020 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Beyond Blue: Systematic Modulation of Electronic Structure and Redox Properties of Type 1 Copper in Azurin.
著者: Van Stappen, C. / Xu, J. / Liu, Y. / Van Stappen, J. / Kim, W. / Zhang, Y.J. / Lu, Y.
履歴
登録2025年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Azurin
E: Azurin
H: Azurin
K: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,60416
ポリマ－55,6074
非ポリマー99712
水9,980554
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.905, 48.836, 81.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Azurin


分子量: 13901.681 Da / 分子数: 4 / 変異: H117A, M121H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: azu, PA4922 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00282
#2: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 554 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.52 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: Well buffer: 27% PEG 4000, 100 mM LiNO3, 50 mM Tris at pH 7.7 Protein stock: 1.5 mM in 25 mM Tris pH 7.8, 1.8 mM CuSO4 Crystallization drop: 1 uL protein stock + 3 uL well buffer
Temp details: Cold room

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月4日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→81.31 Å / Num. obs: 29554 / % possible obs: 99.26 % / 冗長度: 3.36 % / Biso Wilson estimate: 19.57 Å2 / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.094 / Rrim(I) all: 0.175 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.04→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.548 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1389 / CC1/2: 0.269 / Rpim(I) all: 0.365 / Rrim(I) all: 0.662 / % possible all: 96.26

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
DIALS2データ削減
DIALS2データスケーリング
PHENIX1.21.2_5419位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.04→81.31 Å / SU ML: 0.2041 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.9324
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2328 1474 5 %
Rwork0.1764 28014 -
obs0.1791 29488 99.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→81.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3884 0 40 554 4478
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00663980
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83975372
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0501604
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057696
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.6723540
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.04-2.10.27921300.22022456X-RAY DIFFRACTION96.93
2.1-2.180.25311510.2012492X-RAY DIFFRACTION99.03
2.18-2.270.25681490.20162525X-RAY DIFFRACTION99.11
2.27-2.370.27261450.1942506X-RAY DIFFRACTION99.25
2.37-2.50.24461400.192513X-RAY DIFFRACTION98.81
2.5-2.650.23721400.17512583X-RAY DIFFRACTION99.49
2.65-2.860.26811360.17872538X-RAY DIFFRACTION99.89
2.86-3.140.24881310.172557X-RAY DIFFRACTION99.45
3.14-3.60.20781190.15492582X-RAY DIFFRACTION99.19
3.6-4.530.17791160.15042624X-RAY DIFFRACTION99.67
4.54-81.310.22041170.18452638X-RAY DIFFRACTION98.64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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