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- PDB-9ogw: Identification of ligands for E3 ligases using fragment-based methods -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ogw
タイトルIdentification of ligands for E3 ligases using fragment-based methods
要素E3 ubiquitin-protein ligase CBL-C
キーワードLIGASE / small molecule / complex crystal structure / CBL-c / TKB (TYROSINE KINASE BINDING) / REGULATOR OF EGFR MEDIATED SIGNAL TRANSDUCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


response to glial cell derived neurotrophic factor / epidermal growth factor receptor binding / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of MAPK cascade / phosphotyrosine residue binding / receptor tyrosine kinase binding / RING-type E3 ubiquitin transferase / SH3 domain binding / ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process ...response to glial cell derived neurotrophic factor / epidermal growth factor receptor binding / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of MAPK cascade / phosphotyrosine residue binding / receptor tyrosine kinase binding / RING-type E3 ubiquitin transferase / SH3 domain binding / ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of neuron apoptotic process / cell surface receptor signaling pathway / protein stabilization / protein ubiquitination / membrane raft / calcium ion binding / signal transduction / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Adaptor protein Cbl, N-terminal helical / Adaptor protein Cbl, EF hand-like / Adaptor protein Cbl, SH2-like domain / Adaptor protein Cbl, PTB domain / Adaptor protein Cbl / CBL proto-oncogene N-terminal domain 1 / CBL proto-oncogene N-terminus, EF hand-like domain / CBL proto-oncogene N-terminus, SH2-like domain / Cbl-type phosphotyrosine-binding (Cbl-PTB) domain profile. / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily ...Adaptor protein Cbl, N-terminal helical / Adaptor protein Cbl, EF hand-like / Adaptor protein Cbl, SH2-like domain / Adaptor protein Cbl, PTB domain / Adaptor protein Cbl / CBL proto-oncogene N-terminal domain 1 / CBL proto-oncogene N-terminus, EF hand-like domain / CBL proto-oncogene N-terminus, SH2-like domain / Cbl-type phosphotyrosine-binding (Cbl-PTB) domain profile. / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / SH2 domain superfamily / EF-hand domain pair / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / E3 ubiquitin-protein ligase CBL-C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Phan, J. / Fesik, S.W.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2025
タイトル: Identification of ligands for E3 ligases with restricted expression using fragment-based methods.
著者: Waterson, A.G. / Lehmann, B.D. / Lu, Z. / Sensintaffar, J.L. / Olejniczak, E.T. / Zhao, B. / Rietz, T. / Payne, W.G. / Phan, J. / Fesik, S.W.
履歴
登録2025年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase CBL-C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6962
ポリマ－35,4631
非ポリマー2331
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.998, 63.103, 108.205
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase CBL-C / RING finger protein 57 / RING-type E3 ubiquitin transferase CBL-C / SH3-binding protein CBL-3 / SH3- ...RING finger protein 57 / RING-type E3 ubiquitin transferase CBL-C / SH3-binding protein CBL-3 / SH3-binding protein CBL-C / Signal transduction protein CBL-C


分子量: 35462.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBLC, CBL3, RNF57 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ULV8, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物 ChemComp-A1CA8 / 2-{[(thiophen-3-yl)methyl]amino}benzoic acid


分子量: 233.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H11NO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.92 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 10-20% PEG 3350, 0.1 M ammonium formate, pH 6.5 / PH範囲: 6.5 - 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 300 mm / 検出器: CCD / 日付: 2020年1月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 28515 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 7.8 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Num. unique obs: 1370 / CC1/2: 0.17

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→27.894 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 21.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2269 1979 7.02 %
Rwork0.1861 --
obs0.189 28198 98.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→27.894 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2354 0 16 177 2547
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092437
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0983319
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.6231423
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05358
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006433
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.8450.35681370.3251811X-RAY DIFFRACTION97
1.845-1.89490.35411370.30531808X-RAY DIFFRACTION97
1.8949-1.95060.32091360.28491807X-RAY DIFFRACTION97
1.9506-2.01360.29761400.261852X-RAY DIFFRACTION98
2.0136-2.08550.28411400.23541851X-RAY DIFFRACTION98
2.0855-2.1690.25981380.20591837X-RAY DIFFRACTION99
2.169-2.26770.23141410.19461861X-RAY DIFFRACTION99
2.2677-2.38720.22741390.1871844X-RAY DIFFRACTION99
2.3872-2.53660.24391420.17291884X-RAY DIFFRACTION99
2.5366-2.73230.20211420.17841893X-RAY DIFFRACTION99
2.7323-3.0070.2381430.17641883X-RAY DIFFRACTION99
3.007-3.44140.22611430.16931897X-RAY DIFFRACTION99
3.4414-4.33320.19291480.14671956X-RAY DIFFRACTION100
4.3332-100.18271530.16642035X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.98810.0838-0.00372.9733-0.41211.5042-0.04480.15460.1083-0.07020.0364-0.0971-0.09310.1186-0.01580.142-0.0149-0.00960.1604-0.04390.1369-19.975310.0297-8.5384
21.5282-1.2886-0.91062.84292.39594.37420.20910.2174-0.0717-0.20950.0433-0.07240.34470.4671-0.22180.27630.0765-0.03880.2881-0.05740.2924-17.4249-14.3625-15.1135
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 217 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 218 through 322 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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