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- PDB-9og3: Crystal structure of WRN in complex with compound 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9og3
タイトルCrystal structure of WRN in complex with compound 4
要素Bifunctional 3'-5' exonuclease/ATP-dependent helicase WRN
キーワードHYDROLASE / Werner syndrome helicase
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-flap-structured DNA binding / positive regulation of strand invasion / telomeric G-quadruplex DNA binding / positive regulation of hydrolase activity / 8-hydroxy-2'-deoxyguanosine DNA binding / telomeric D-loop binding / regulation of growth rate / telomere maintenance via semi-conservative replication / t-circle formation / telomeric D-loop disassembly ...3'-flap-structured DNA binding / positive regulation of strand invasion / telomeric G-quadruplex DNA binding / positive regulation of hydrolase activity / 8-hydroxy-2'-deoxyguanosine DNA binding / telomeric D-loop binding / regulation of growth rate / telomere maintenance via semi-conservative replication / t-circle formation / telomeric D-loop disassembly / DNA geometric change / Y-form DNA binding / G-quadruplex DNA binding / bubble DNA binding / MutLalpha complex binding / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / Processive synthesis on the C-strand of the telomere / protein localization to nucleolus / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / response to UV-C / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / exonuclease activity / 3'-5' DNA helicase activity / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / DNA 3'-5' helicase / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / DNA metabolic process / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / DNA synthesis involved in DNA repair / replication fork processing / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / replicative senescence / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / DNA helicase activity / four-way junction DNA binding / 3'-5' exonuclease activity / telomere maintenance / cellular response to starvation / replication fork / determination of adult lifespan / isomerase activity / double-strand break repair via homologous recombination / G2/M DNA damage checkpoint / cellular response to gamma radiation / base-excision repair / HDR through Homologous Recombination (HRR) / cellular senescence / double-strand break repair / manganese ion binding / chromosome / Processing of DNA double-strand break ends / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / response to oxidative stress / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / chromosome, telomeric region / DNA replication / nuclear speck / centrosome / DNA damage response / chromatin binding / protein-containing complex binding / nucleolus / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helicase Helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix domain / RQC domain / RQC / RQC domain / Helicase and RNase D C-terminal / HRDC domain / HRDC domain / HRDC domain profile. / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain ...Helicase Helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix domain / RQC domain / RQC / RQC domain / Helicase and RNase D C-terminal / HRDC domain / HRDC domain / HRDC domain profile. / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / HRDC domain superfamily / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / HRDC-like superfamily / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Bifunctional 3'-5' exonuclease/ATP-dependent helicase WRN
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Pemberton, O.A. / Tong, Y. / Nocek, B. / Tang, H.Y.H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Validation, Key Pharmacophores, and X-ray Cocrystal Structures of Novel Biochemically and Cellularly Active WRN Inhibitors Derived from a DNA-Encoded Library Screen.
著者: Tong, Y. / Baker, K.A. / Chapman, A.M. / Elsen, N.L. / Fowler, F. / George, M.D. / Gesmundo, N.J. / Hatton, H. / Hickey, M. / Hutchins, C.W. / Jeffries, C.L. / Kelly, A. / Korepanova, A. / ...著者: Tong, Y. / Baker, K.A. / Chapman, A.M. / Elsen, N.L. / Fowler, F. / George, M.D. / Gesmundo, N.J. / Hatton, H. / Hickey, M. / Hutchins, C.W. / Jeffries, C.L. / Kelly, A. / Korepanova, A. / Miller, I.R. / Nocek, B. / Panchal, S.C. / Pemberton, O.A. / Qiu, W. / Talaty, N.N. / Hin Tang, H.Y. / Towne, D. / Zhang, M. / Zhao, Y. / Gopalakrishnan, S.M. / Sun, C. / Kort, M.E. / Dart, M.J. / Firestone, A.J.
履歴
登録2025年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional 3'-5' exonuclease/ATP-dependent helicase WRN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9623
ポリマ－48,2341
非ポリマー7282
水2,792155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.370, 68.717, 108.069
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional 3'-5' exonuclease/ATP-dependent helicase WRN / DNA helicase / RecQ-like type 3 / RecQ protein-like 2 / Werner syndrome protein


分子量: 48233.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WRN, RECQ3, RECQL2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q14191, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, DNA 3'-5' helicase
#2: 化合物 ChemComp-A1CA4 / (3R,4S)-N-[(2R)-3-cyclohexyl-1-(dimethylamino)-1-oxopropan-2-yl]-1-[(2-fluoro-4-methylphenyl)acetyl]-4-[3-(2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)propanamido]piperidine-3-carboxamide


分子量: 662.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H47FN6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.12 %
結晶化温度: 290.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 18% w/v PEG3350 and 0.18 M Tri-sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→57.99 Å / Num. obs: 29296 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.21 / Rpim(I) all: 0.088 / Rrim(I) all: 0.228 / Χ2: 0.89 / Net I/σ(I): 6.6 / Num. measured all: 193274
反射 シェル解像度: 2.06→2.17 Å / % possible obs: 87.4 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 2.141 / Num. measured all: 24910 / Num. unique obs: 3887 / CC1/2: 0.389 / Rpim(I) all: 0.902 / Rrim(I) all: 2.328 / Χ2: 0.82 / Net I/σ(I) obs: 0.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
Aimless0.7.15データスケーリング
autoPROC1.1.7データ削減
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT4.3データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.06→55.93 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 28.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2584 2615 4.84 %
Rwork0.2235 --
obs0.2251 28866 92.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→55.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3317 0 49 155 3521
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023436
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4774639
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.491322
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042509
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005604
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.06-2.10.3596720.38121344X-RAY DIFFRACTION46
2.1-2.140.4041510.33892802X-RAY DIFFRACTION97
2.14-2.180.37791410.33542906X-RAY DIFFRACTION98
2.18-2.230.36261680.32792794X-RAY DIFFRACTION98
2.23-2.280.35011190.32271984X-RAY DIFFRACTION69
2.28-2.340.31421290.29612939X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.40.31171230.29722938X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.470.29521390.282928X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.550.27761530.26742893X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.640.33961440.26162954X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.750.33631190.26552237X-RAY DIFFRACTION77
2.75-2.870.29661420.24872947X-RAY DIFFRACTION100
2.87-3.020.30191640.242864X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.210.25921450.22752935X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.460.2541380.21622676X-RAY DIFFRACTION92
3.46-3.810.21381300.17962711X-RAY DIFFRACTION92
3.81-4.360.17491590.16712782X-RAY DIFFRACTION95
4.36-5.490.19111300.15882917X-RAY DIFFRACTION100
5.49-55.930.22431490.1872905X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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