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- PDB-9og0: Cryo-EM structure of OS9-SEL1L-HRD1 dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9og0
タイトルCryo-EM structure of OS9-SEL1L-HRD1 dimer
要素
  • E3 ubiquitin-protein ligase synoviolin
  • Isoform 2 of Protein OS-9
  • Protein sel-1 homolog 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ERAD / SEL1L / OS9 / HRD1
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosylation-dependent protein binding / negative regulation of retrograde protein transport, ER to cytosol / protein retention in ER lumen / Hrd1p ubiquitin ligase complex / endoplasmic reticulum mannose trimming / Hedgehog ligand biogenesis / Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex / endoplasmic reticulum quality control compartment / ABC-family proteins mediated transport / XBP1(S) activates chaperone genes ...glycosylation-dependent protein binding / negative regulation of retrograde protein transport, ER to cytosol / protein retention in ER lumen / Hrd1p ubiquitin ligase complex / endoplasmic reticulum mannose trimming / Hedgehog ligand biogenesis / Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex / endoplasmic reticulum quality control compartment / ABC-family proteins mediated transport / XBP1(S) activates chaperone genes / immature B cell differentiation / Derlin-1 retrotranslocation complex / triglyceride metabolic process / retrograde protein transport, ER to cytosol / ubiquitin-specific protease binding / smooth endoplasmic reticulum / protein secretion / protein targeting / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein K48-linked ubiquitination / endoplasmic reticulum unfolded protein response / Notch signaling pathway / ERAD pathway / endomembrane system / ER Quality Control Compartment (ERQC) / response to endoplasmic reticulum stress / Hh mutants are degraded by ERAD / Hedgehog ligand biogenesis / Defective CFTR causes cystic fibrosis / RING-type E3 ubiquitin transferase / ABC-family proteins mediated transport / ubiquitin protein ligase activity / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / ATPase binding / carbohydrate binding / protease binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription factor binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein stabilization / protein ubiquitination / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane
類似検索 - 分子機能
Protein OS9-like domain / Protein OS-9-like / Glucosidase II beta subunit-like protein / : / : / Sel1 repeat / Sel1-like repeat / Sel1-like repeats. / Mannose-6-phosphate receptor binding domain superfamily / MRH domain ...Protein OS9-like domain / Protein OS-9-like / Glucosidase II beta subunit-like protein / : / : / Sel1 repeat / Sel1-like repeat / Sel1-like repeats. / Mannose-6-phosphate receptor binding domain superfamily / MRH domain / MRH domain profile. / Ring finger domain / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Kringle-like fold / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein OS-9 / E3 ubiquitin-protein ligase synoviolin / Protein sel-1 homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.64 Å
データ登録者Lin, L. / Maldosevic, E. / Jomaa, A. / Qi, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM130292 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Structural basis and pathological implications of the dimeric OS9-SEL1L-HRD1 ERAD Core Complex.
著者: Liangguang Leo Lin / Emir Maldosevic / Linyao Elina Zhou / Ahmad Jomaa / Ling Qi
要旨: The SEL1L-HRD1 complex represents the most conserved branch of endoplasmic reticulum (ER)-associated degradation (ERAD), a critical pathway that clears misfolded proteins to maintain ER proteostasis. ...The SEL1L-HRD1 complex represents the most conserved branch of endoplasmic reticulum (ER)-associated degradation (ERAD), a critical pathway that clears misfolded proteins to maintain ER proteostasis. However, the molecular organization and pathogenic mechanisms of mammalian ERAD have remained elusive. Here, we report the first cryo-EM structure of the core mammalian ERAD complex, comprising the ER lectin OS9, SEL1L, and the E3 ubiquitin ligase HRD1. The structure, validated by mutagenesis and crosslinking assays, reveals a dimeric assembly of the core complex in which SEL1L and OS9 form a claw-like configuration in the ER lumen that mediates substrate engagement, while HRD1 dimerizes within the membrane to facilitate substrate translocation. Pathogenic SEL1L mutations at the SEL1L-OS9 (Gly585Asp) and SEL1L-HRD1 (Ser658Pro) interfaces disrupt complex formation and impair ERAD activity. A newly identified disease-associated HRD1 variant (Ala91Asp), located in transmembrane helix 3, impairs HRD1 dimerization and substrate processing, underscoring the functional necessity of this interface and HRD1 dimerization. Finally, the structure also reveals two methionine-rich crevices flanking the HRD1 dimer, suggestive of substrate-conducting channels analogous to those in the ER membrane protein complex (EMC). These findings establish a structural framework for mammalian ERAD and elucidate how mutations destabilizing this machinery contribute to human disease.
概要: The dimeric structure of the human SEL1L-HRD1 ERAD core complex reveals key architectural and functional principles underlying the recognition and processing of misfolded proteins linked to human disease.
履歴
登録2025年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase synoviolin
B: E3 ubiquitin-protein ligase synoviolin
C: Protein sel-1 homolog 1
D: Protein sel-1 homolog 1
E: Isoform 2 of Protein OS-9
F: Isoform 2 of Protein OS-9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)451,0306
ポリマ－451,0306
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase synoviolin / RING-type E3 ubiquitin transferase synoviolin / Synovial apoptosis inhibitor 1


分子量: 67744.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SYVN1, HRD1, KIAA1810 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q86TM6, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質 Protein sel-1 homolog 1 / Suppressor of lin-12-like protein 1 / Sel-1L


分子量: 88435.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sel1l, Sel1h / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Z2G6
#3: タンパク質 Isoform 2 of Protein OS-9 / Amplified in osteosarcoma 9


分子量: 69335.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OS9 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13438
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: OS9-SEL1L-HRD1 Dimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 192786 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00218424
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.43124904
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.7856702
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0352620
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0043214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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