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- PDB-9oft: Rotavirus NSP2 WT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9oft
タイトルRotavirus NSP2 WT
要素Non-structural protein 2
キーワードVIRAL PROTEIN / Rotavirus / NSP2 / viral factory
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside diphosphate kinase activity / viral genome replication / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / host cell cytoplasm / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rotavirus NSP2, N-terminal / Rotavirus NSP2, C-terminal / : / : / Rotavirus non-structural protein 35, C-terminal / Rotavirus non-structural protein 35, N-terminal / Rotavirus non-structural protein 2
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-structural protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rotavirus A (ロタウイルス A)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Hollis, T.J. / Nichols, S.L. / Esstman, S.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other privateDM 米国
引用ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 2025
タイトル: K294E change in the rotavirus factory forming protein NSP2 stabilizes a rare C-terminal conformation.
著者: Nichols, S.L. / Hollis, T. / Salsbury, F.R. / Esstman, S.M.
履歴
登録2025年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2351
ポリマ－36,2351
非ポリマー00
水1267
1
A: Non-structural protein 2
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)289,8798
ポリマ－289,8798
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation5_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation6_565x,-y+1,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
Buried area18770 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area118220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.673, 108.673, 153.416
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 Non-structural protein 2 / NSP2 / NCVP3 / Non-structural RNA-binding protein 35 / NS35


分子量: 36234.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rotavirus A (ロタウイルス A) / 株: SA11 / 遺伝子: NSP2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: A2T3N6, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM Tris-HCl pH 7.5, 0.2M MgAc, 12% PEG6K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月23日 / 詳細: VariMax HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→35 Å / Num. obs: 10045 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.1 % / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.179 / Χ2: 1.113 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 121329
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.95-3.0413.30.6018220.9340.9830.170.6251.061100
3.04-3.1313.30.5828220.9580.9890.1640.6050.98100
3.13-3.2513.20.3988060.9720.9930.1130.4140.968100
3.25-3.38130.3138210.9790.9950.090.3261.28100
3.38-3.53130.2138210.9910.9980.0610.2221.109100
3.53-3.72130.178200.9930.9980.0490.1771.181100
3.72-3.9512.70.1738240.9920.9980.050.1811.168100
3.95-4.2512.40.1568320.9940.9990.0460.1631.168100
4.25-4.6811.70.1438450.9930.9980.0430.1491.214100
4.68-5.3610.10.1088430.9950.9990.0360.1141.09399.9
5.36-6.74100.1098700.9960.9990.0350.1141.07799.9
6.74-359.70.0599190.99810.0190.0631.051100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC1.20.1_4487精密化
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.95→34.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 35.13 / SU ML: 0.281 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.439 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26608 1001 10.1 %RANDOM
Rwork0.2281 ---
obs0.23186 8873 98.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.251 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.73 Å20 Å2-0 Å2
2---0.73 Å20 Å2
3---1.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→34.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2546 0 0 7 2553
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0172600
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162511
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8221.8193511
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3231.5685783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5845.17323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.96810487
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.040.2392
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.022974
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02602
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0362.961251
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0352.961251
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4395.331562
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4385.331563
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9853.0141349
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9853.0141349
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.3785.5021950
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.8234.3510524
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.81934.3510525
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.023 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.463 95 -
Rwork0.368 610 -
obs--98.33 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 42.731 Å / Origin y: 20.434 Å / Origin z: 18.723 Å
111213212223313233
T0.2277 Å2-0.0114 Å20.0052 Å2-0.0626 Å20.023 Å2--0.0888 Å2
L2.2624 °20.1483 °20.1593 °2-0.5233 °2-0.079 °2--0.7487 °2
S0.0821 Å °-0.063 Å °-0.4153 Å °0.0783 Å °-0.0383 Å °0.0357 Å °0.2236 Å °-0.0614 Å °-0.0438 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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