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万見
- PDB-9ods: Structure of CRBN TBD bound to compound C3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ods
タイトルStructure of CRBN TBD bound to compound C3
要素Protein cereblon
キーワードIMMUNE SYSTEM / Protein degrader
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / locomotory exploration behavior / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Potential therapeutics for SARS / transmembrane transporter binding / protein ubiquitination ...negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / locomotory exploration behavior / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Potential therapeutics for SARS / transmembrane transporter binding / protein ubiquitination / perinuclear region of cytoplasm / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / PUA-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Protein cereblon
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Strickland, C. / Rice, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Discovery and Characterization of PVTX-321 as a Potent and Orally Bioavailable Estrogen Receptor Degrader for ER+/HER2- Breast Cancer.
著者: Xu, G. / Havens, C.G. / Deng, Q. / Lowenstein, C. / Samanta, D. / Vidal, B. / Behshad, E. / Russell, M. / Orth, P. / Rice, C.T. / Nagilla, R. / Kirchhoff, P. / Chen, Z. / Rej, R.K. / ...著者: Xu, G. / Havens, C.G. / Deng, Q. / Lowenstein, C. / Samanta, D. / Vidal, B. / Behshad, E. / Russell, M. / Orth, P. / Rice, C.T. / Nagilla, R. / Kirchhoff, P. / Chen, Z. / Rej, R.K. / Acharyya, R.K. / Wu, D. / Wang, S. / Zhang, W. / Wu, W. / Jolivette, L. / Strickland, C. / Sui, Z. / Mohammad, H.P. / Zhang, X. / Priestley, E.S.
履歴
登録2025年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein cereblon
B: Protein cereblon
C: Protein cereblon
D: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,85512
ポリマ－49,2364
非ポリマー1,6198
水55831
1
A: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7143
ポリマ－12,3091
非ポリマー4052
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7143
ポリマ－12,3091
非ポリマー4052
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7143
ポリマ－12,3091
非ポリマー4052
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7143
ポリマ－12,3091
非ポリマー4052
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.559, 86.279, 90.972
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.42, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Protein cereblon


分子量: 12309.062 Da / 分子数: 4 / 断片: TBD domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRBN, AD-006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96SW2
#2: 化合物
ChemComp-A1CAW / (1P)-1-[(4S)-8H-spiro[furo[2,3-c]imidazo[1,2-a]pyridine-7,4'-piperidin]-3-yl]pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione


分子量: 339.349 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H17N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 0.2M tri-Sodium citrate 18 % w/v PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→60.36 Å / Num. obs: 12509 / % possible obs: 62.6 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.61→2.85 Å / Num. unique obs: 3353 / CC1/2: 0.293

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PDB_EXTRACTデータ抽出
FFT位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.61→60.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 13.896 / SU ML: 0.279 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.419 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24802 614 4.9 %RANDOM
Rwork0.21484 ---
obs0.21642 11895 62.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 65.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.22 Å20 Å20.28 Å2
2---0.91 Å2-0 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.61→60.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3393 0 104 31 3528
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0123609
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163265
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.021.8224935
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3361.7387575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.245430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg11.962548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.69610569
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0470.2537
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024086
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02786
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6586.6751732
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6586.6751732
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.01511.9852158
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.01511.9872159
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3516.7081877
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.3516.7081877
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.51112.2742778
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.06762.013896
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.06662.013897
LS精密化 シェル解像度: 2.61→2.674 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 3 -
Rwork0.357 54 -
obs--3.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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