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- PDB-9obj: Room temperature structure of carbonic anhydrase II in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9obj
タイトルRoom temperature structure of carbonic anhydrase II in complex with vorinostat (drug soak)
要素Carbonic anhydrase 2
キーワードLYASE / Carbonic anhydrase II / Vorinostat / Inhibitor Complex / Zinc Binding Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase
類似検索 - ドメイン・相同性
OCTANEDIOIC ACID HYDROXYAMIDE PHENYLAMIDE / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Gulkis, M.C. / McKenna, R. / Fisher, S.Z.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2025
タイトル: Off-target binding of the histone deacetylase inhibitor vorinostat to carbonic anhydrase II and IX.
著者: Gulkis, M.C. / Hodgkinson, J.T. / Sele, C.P. / Knecht, W. / McKenna, R. / Fisher, S.Z.
履歴
登録2025年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6193
ポリマ－29,2891
非ポリマー3302
水4,360242
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.925, 41.771, 72.877
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.499, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II


分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TUNER (DE3) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SHH / OCTANEDIOIC ACID HYDROXYAMIDE PHENYLAMIDE / SAHA / ボリノスタット


分子量: 264.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 50 mM Tris HCl pH 8.0, 1.25 M sodium citrate / Temp details: Room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Ambient temp details: Room temperature / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.7293 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7293 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→25.62 Å / Num. obs: 49479 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 13.15 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.411 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 4199 / CC1/2: 0.77 / Rpim(I) all: 0.289 / % possible all: 85.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→24.08 Å / SU ML: 0.1188 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 17.5811
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1764 3533 4.07 %
Rwork0.1525 83252 -
obs0.1535 48415 89.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→24.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2048 0 20 242 2310
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00652255
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95833081
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087321
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0079403
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4993859
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.420.2426890.25222536X-RAY DIFFRACTION68.56
1.42-1.440.26111250.23612727X-RAY DIFFRACTION72.98
1.44-1.460.23931290.23272952X-RAY DIFFRACTION80.42
1.46-1.480.23971360.22743230X-RAY DIFFRACTION87.86
1.48-1.510.22061420.21853309X-RAY DIFFRACTION89.89
1.51-1.530.26821470.21043376X-RAY DIFFRACTION89.28
1.53-1.560.20661580.20483293X-RAY DIFFRACTION90.27
1.56-1.590.20291270.19123335X-RAY DIFFRACTION89.13
1.59-1.620.18221550.18223328X-RAY DIFFRACTION90.49
1.62-1.660.1951580.18043336X-RAY DIFFRACTION90.42
1.66-1.70.21741300.17663380X-RAY DIFFRACTION91.26
1.7-1.740.20391460.1663389X-RAY DIFFRACTION90.2
1.74-1.790.1761260.16283366X-RAY DIFFRACTION91.32
1.79-1.840.18041470.16413350X-RAY DIFFRACTION91.45
1.84-1.90.161510.15393426X-RAY DIFFRACTION91.67
1.9-1.970.14041360.1523411X-RAY DIFFRACTION92.3
1.97-2.050.1841510.14423444X-RAY DIFFRACTION92.73
2.05-2.140.16051420.14773453X-RAY DIFFRACTION92.82
2.14-2.250.19191550.14853440X-RAY DIFFRACTION93.84
2.25-2.390.1691530.14883478X-RAY DIFFRACTION93.73
2.39-2.580.20191410.15563489X-RAY DIFFRACTION94.43
2.58-2.840.18241490.15293456X-RAY DIFFRACTION93.47
2.84-3.250.17411550.14233551X-RAY DIFFRACTION96.18
3.25-4.090.1491420.11983626X-RAY DIFFRACTION97.14
4.09-24.080.13851430.12283571X-RAY DIFFRACTION96.14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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