PDB-9obi: Room Temperature X-Ray Structure of HIV-1 Protease in Complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9obi

タイトル

Room Temperature X-Ray Structure of HIV-1 Protease in Complex with Inhibitor GRL-075-24A

要素

Protease

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Aspartic protease / enzyme-inhibitor complex / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Bhandari, D. / Kovalevsky, A. / Ghosh, A.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Design, synthesis, evaluation and X-ray structural studies of potent HIV-1 protease inhibitors containing substituted oxaspirocyclic carbamates as the P2 ligands.
著者: Ghosh, A.K. / Shaktah, R. / Ghosh, A.K. / Johnson, M.E. / Bhandari, D. / Amano, M. / Aoki, M. / Kovalevsky, A. / Mitsuya, H.

履歴

登録	2025年4月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9obi.cif.gz	178.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9obi.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9obi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9obi_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9obi_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	9obi_validation.xml.gz	41.8 KB	表示
CIF形式データ	9obi_validation.cif.gz	54.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/9obi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/9obi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

C: Protease

D: Protease

E: Protease

F: Protease

G: Protease

H: Protease

ヘテロ分子

88.8 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.2 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Protease

D: Protease

ヘテロ分子

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22.2 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Protease

F: Protease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.2 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Protease

H: Protease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	68.088, 69.487, 89.433
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.06, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Protease 分子量: 10740.677 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5RZ08, HIV-1 retropepsin
#2: 化合物	ChemComp-A1CAJ / (1S,5S,7S)-7-(2-methoxyphenyl)-8-oxaspiro[4.5]decan-1-yl {(2S,3R)-3-hydroxy-4-[(4-methoxybenzene-1-sulfonyl)(2-methylpropyl)amino]-1-phenylbutan-2-yl}carbamate 分子量: 694.877 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₈H₅₀N₂O₈S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 493 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.04 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1M MES, pH 6.0, 0.7-1.0M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年1月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→89.43 Å / Num. obs: 91426 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.958 / R_merge(I) obs: 0.082 / R_pim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 14.37
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.442 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 8892 / CC_1/2: 0.713 / R_pim(I) all: 0.328 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→27.32 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.16 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1982	4565	5.01 %	random
R_work	0.1681	-	-	-
obs	0.1696	91181	99.32 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→27.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6048	0	198	493	6739

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6450
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.107	8763
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.785	903
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	1029
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1076

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.72	0.3253	147	0.2914	2698	X-RAY DIFFRACTION	93
1.72-1.74	0.3322	157	0.2625	2856	X-RAY DIFFRACTION	98
1.74-1.76	0.2858	165	0.238	2785	X-RAY DIFFRACTION	99
1.76-1.78	0.2551	161	0.2327	2912	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.81	0.2466	142	0.2083	2862	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.83	0.2307	138	0.2046	2923	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.86	0.2166	165	0.1981	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.89	0.2377	173	0.1828	2922	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.91	0.2132	146	0.1833	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.95	0.22	162	0.1894	2915	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-1.98	0.2253	148	0.1933	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.02	0.2297	155	0.1698	2868	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.05	0.2132	157	0.1608	2884	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.1	0.1964	144	0.1599	2932	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.14	0.2076	131	0.1526	2874	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.19	0.1711	126	0.152	2935	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.25	0.2177	113	0.1566	2957	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.31	0.208	125	0.1655	2913	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.37	0.2115	152	0.1702	2893	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.45	0.2322	164	0.177	2902	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.54	0.1923	181	0.184	2887	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.64	0.2131	163	0.1714	2909	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.76	0.2454	162	0.1757	2894	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.91	0.1889	133	0.1756	2931	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.09	0.171	201	0.1689	2865	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.33	0.2012	172	0.1538	2913	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.66	0.1738	115	0.1412	2957	X-RAY DIFFRACTION	100
3.66-4.19	0.1433	157	0.1308	2927	X-RAY DIFFRACTION	100
4.19-5.27	0.1155	166	0.1175	2948	X-RAY DIFFRACTION	100
5.27-27.32	0.2712	144	0.2243	2797	X-RAY DIFFRACTION	93

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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