PDB-9obc: Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase from Cryptospo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9obc

タイトル

Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase from Cryptosporidium parvum in complex with with ADP

要素

nucleoside-diphosphate kinase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase from Cryptosporidium parvum in complex with ADP
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2025年4月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDBx/mmCIF形式	9obc.cif.gz	199.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9obc.ent.gz	158.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	9obc_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9obc_validation.xml.gz	26 KB	表示
CIF形式データ	9obc_validation.cif.gz	34.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/9obc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/9obc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: nucleoside-diphosphate kinase

B: nucleoside-diphosphate kinase

C: nucleoside-diphosphate kinase

ヘテロ分子

54.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.781, 69.781, 315.843
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-381- HOH

#1: タンパク質	nucleoside-diphosphate kinase 分子量: 17612.361 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム) 遺伝子: cgd4_1940 / プラスミド: CrpaA.01302.a.B2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5CR64, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.45 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Berkeley F12: 25% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 8.9 mg/mL. Crystals soaked for 4 hours in 10mM ADP, 5mM MgCl2 in 40% MPD, 0.1M sodium Formate, 0. ...詳細: Berkeley F12: 25% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 8.9 mg/mL. Crystals soaked for 4 hours in 10mM ADP, 5mM MgCl2 in 40% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. plate Liu-S-177 D2, Puck: PSL-0511, Cryo: direct from soaking solution

結晶

マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.45 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Berkeley F12: 25% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 8.9 mg/mL. Crystals soaked for 4 hours in 10mM ADP, 5mM MgCl2 in 40% MPD, 0.1M sodium Formate, 0. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年4月5日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→47.99 Å / Num. obs: 58837 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 17.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.098 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.101 / Χ²: 0.95 / Net I/σ(I): 19.5 / Num. measured all: 1013868
反射シェル	解像度: 1.62→1.66 Å / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 8.4 % / R_merge(I) obs: 0.953 / Num. measured all: 33558 / Num. unique obs: 3976 / CC_1/2: 0.778 / R_pim(I) all: 0.341 / R_rim(I) all: 1.014 / Χ²: 0.66 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_5669: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.62→47.99 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1804	2923	4.98 %
R_work	0.1537	-	-
obs	0.1551	58687	98.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.62→47.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3501	0	84	370	3955

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3719
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.158	5048
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.282	1449
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	551
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	641

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.62-1.65	0.2568	122	0.2729	2391	X-RAY DIFFRACTION	92
1.65-1.67	0.2663	118	0.2459	2477	X-RAY DIFFRACTION	94
1.68-1.71	0.2748	134	0.2258	2516	X-RAY DIFFRACTION	96
1.71-1.74	0.2518	127	0.1998	2541	X-RAY DIFFRACTION	97
1.74-1.77	0.2241	131	0.189	2603	X-RAY DIFFRACTION	99
1.77-1.81	0.2053	120	0.1707	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.85	0.2083	150	0.1601	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.9	0.1608	131	0.1559	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.95	0.1784	149	0.1613	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.01	0.217	138	0.1694	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.07	0.1964	122	0.1672	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.15	0.1763	153	0.1484	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.23	0.1973	152	0.1428	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.34	0.1852	135	0.1476	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.46	0.1709	130	0.1464	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.61	0.1943	170	0.1468	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.82	0.1703	166	0.1509	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-3.1	0.1582	146	0.1496	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.55	0.1742	149	0.141	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
3.55-4.47	0.1456	133	0.1255	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
4.47-47.99	0.1766	147	0.161	3041	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8085	0.1975	0.0159	0.7732	0.127	1.2702	-0.0398	-0.0059	0.0716	-0.0353	-0.0671	0.0629	-0.0955	-0.2329	0.0561	0.0979	0.0512	-0.007	0.1677	-0.0153	0.1725	3.3379	37.3483	19.5948
2	2.7574	0.5623	-1.0632	0.816	-0.7835	2.4114	-0.0004	0.1211	0.0966	-0.0373	-0.001	0.2138	-0.0017	-0.4475	-0.0659	0.0539	0.0358	-0.0011	0.5313	-0.0855	0.2726	-14.3203	34.7118	14.0246
3	1.1067	0.307	0.5138	1.6682	0.3958	3.5405	-0.2037	0.2254	-0.1872	-0.3913	0.0592	-0.0492	0.6341	-0.637	0.047	0.2713	-0.0743	0.0209	0.4974	-0.0469	0.278	-11.5148	27.7788	9.3236
4	0.1566	-0.0161	0.1267	0.9089	0.2992	1.33	-0.0123	0.0633	0.0449	-0.0493	-0.0339	0.0563	-0.0426	-0.1721	0.0645	0.0864	0.0341	-0.0131	0.1679	-0.0045	0.177	4.3071	32.0464	11.748
5	2.5624	-0.2752	-1.5015	1.2663	0.2842	1.5481	-0.012	0.1864	0.2473	-0.2049	-0.1771	0.1312	-0.3346	-0.3968	-0.1475	0.1979	0.1932	-0.1088	0.2929	-0.0575	0.2868	-6.7895	43.4583	9.8321
6	1.3959	-0.2911	0.3962	0.7013	0.1221	0.923	-0.1006	0.0236	0.2794	-0.1205	-0.0334	0.1496	-0.4494	-0.189	0.028	0.2689	0.095	-0.0571	0.1496	-0.0064	0.2291	6.8754	51.7271	19.0601
7	0.9816	-0.3706	0.1006	0.5431	-0.2886	0.7722	-0.0121	0.0533	-0.153	-0.0409	0.0286	0.007	0.8212	0.2485	0.0234	0.329	0.1989	0.0104	0.1499	-0.0067	0.1605	20.1788	9.8894	19.9382
8	1.5641	1.2206	0.8751	1.7908	2.0851	2.8477	-0.1392	0.7299	-0.1151	-0.6105	0.2044	-0.2023	0.1934	0.6082	-0.1242	0.6568	0.2607	0.0338	0.6175	-0.0503	0.2577	33.0196	3.022	9.6034
9	0.9065	0.1044	-0.0412	0.3071	-0.1574	0.8297	-0.0472	0.1164	-0.1025	-0.1021	0.0467	-0.0406	0.5909	0.2308	0.0175	0.279	0.0977	0.0044	0.1638	-0.0042	0.165	20.527	12.1306	12.3099
10	1.0864	0.0928	-0.536	1.5599	0.3584	1.1255	0.0225	-0.0053	-0.2696	0.1464	-0.1526	0.2386	0.7035	-0.2288	-0.0119	0.4339	-0.0977	0.0183	0.2045	0.0139	0.1887	4.375	8.38	22.7021
11	0.6827	-0.3389	-0.317	0.6192	-0.0824	1.1107	-0.0033	0.0284	-0.0157	-0.0135	-0.0088	-0.036	-0.1315	0.4918	-0.0376	0.1023	-0.0068	0.0002	0.2914	0.0149	0.1565	32.4279	37.7557	18.1939
12	1.9784	0.6903	-0.6911	2.7604	1.4611	2.7927	0.0778	0.4738	0.173	-0.8042	-0.1977	-0.1845	-1.0822	0.2018	0.0252	0.5086	-0.0866	0.0506	0.4557	0.0451	0.2354	35.8216	52.6738	5.0696
13	1.6417	0.6585	-0.4722	0.653	-1.7251	6.6012	0.0703	0.2707	0.2808	-0.3654	-0.0578	0.1525	-0.9861	0.135	-0.0081	0.5013	-0.0339	0.0387	0.3296	0.075	0.2819	30.2227	55.2939	10.011
14	1.1964	-0.4108	-0.0835	0.8462	0.3137	1.1628	0.0369	0.1208	-0.079	-0.1286	-0.042	0.0112	-0.1227	0.3565	0.0001	0.1031	-0.0066	0.0077	0.2348	0.0293	0.1497	27.379	38.3149	10.2189
15	0.7839	0.5755	0.0489	1.0166	1.0485	1.727	0.0571	0.061	0.2048	-0.1343	0.1026	-0.2522	-0.2779	0.5247	-0.0658	0.1452	-0.056	0.0152	0.4837	0.0184	0.218	42.6791	41.9467	7.5408
16	0.6984	-0.2471	0.0059	0.2576	-0.0435	0.3316	0.0012	-0.0174	-0.0737	-0.0241	0.0411	-0.1646	0.0759	0.4701	0.071	0.0921	0.1131	0.0222	0.573	-0.0125	0.2108	43.1428	27.5755	19.1842

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 25 through 64 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 65 through 73 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 74 through 92 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 93 through 143 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 144 through 154 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 155 through 173 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 25 through 73 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 74 through 92 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 93 through 154 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 155 through 173 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 25 through 64 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 65 through 82 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 83 through 92 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 93 through 143 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 144 through 154 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 155 through 173 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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