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万見
- PDB-9ob7: Crystal structure of delipidated human fatty acid binding protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ob7
タイトルCrystal structure of delipidated human fatty acid binding protein 4 (FABP4) in the apo form
要素Fatty acid-binding protein, adipocyte
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / apo form / hydrophobic cavity / beta-barrel / adipocyte
機能・相同性
機能・相同性情報


hormone receptor binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / long-chain fatty acid binding / cellular response to lithium ion / Triglyceride catabolism / white fat cell differentiation / long-chain fatty acid transport / fatty acid transport / brown fat cell differentiation / lipid droplet ...hormone receptor binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / long-chain fatty acid binding / cellular response to lithium ion / Triglyceride catabolism / white fat cell differentiation / long-chain fatty acid transport / fatty acid transport / brown fat cell differentiation / lipid droplet / cholesterol homeostasis / fatty acid binding / response to bacterium / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / positive regulation of inflammatory response / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of cold-induced thermogenesis / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / negative regulation of DNA-templated transcription / extracellular exosome / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin
類似検索 - ドメイン・相同性
Fatty acid-binding protein, adipocyte
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Birchfield, A.B. / Musayev, F.N. / Fuglestad, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM147221 米国
引用ジャーナル: Jacs Au / 年: 2025
タイトル: Broad PFAS Binding with Fatty Acid Binding Protein 4 Is Enabled by Variable Binding Modes
著者: Birchfield, A.S. / Musayev, F.N. / Castillo, A.J. / Zorn, G. / Fuglestad, B.
履歴
登録2025年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein, adipocyte
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1273
ポリマ－14,9351
非ポリマー1922
水4,089227
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, No additional assembly beyond crystallographic asymmetric unit. Monomeric in crystal.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area340 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area7130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.319, 53.617, 74.684
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Fatty acid-binding protein, adipocyte / Adipocyte lipid-binding protein / ALBP / Adipocyte-type fatty acid-binding protein / A-FABP / AFABP ...Adipocyte lipid-binding protein / ALBP / Adipocyte-type fatty acid-binding protein / A-FABP / AFABP / Fatty acid-binding protein 4


分子量: 14935.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15090
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.55-1.6 M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→25.95 Å / Num. obs: 32446 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 10.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 24.8 / Num. measured all: 337962
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / % possible obs: 87.8 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.586 / Num. measured all: 4177 / Num. unique obs: 1367 / CC1/2: 0.688 / Rpim(I) all: 0.346 / Rrim(I) all: 0.686 / Net I/σ(I) obs: 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
CrysalisProデータ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.3→25.23 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1929 1556 4.8 %
Rwork0.1805 --
obs0.1811 32389 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→25.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1021 0 10 227 1258
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051051
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8391416
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.923388
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084164
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007177
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.340.26791340.24592533X-RAY DIFFRACTION92
1.34-1.390.25381310.22062809X-RAY DIFFRACTION100
1.39-1.450.21071170.2122773X-RAY DIFFRACTION100
1.45-1.510.21351630.20272771X-RAY DIFFRACTION100
1.51-1.590.17781330.1782817X-RAY DIFFRACTION100
1.59-1.690.19441410.17212797X-RAY DIFFRACTION100
1.69-1.820.20661450.17432802X-RAY DIFFRACTION100
1.82-2.010.18571500.16622825X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.30.16091410.16742831X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.890.19821470.18132870X-RAY DIFFRACTION100
2.89-25.230.18241540.17233005X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 7.8922 Å / Origin y: -8.9428 Å / Origin z: -15.3454 Å
111213212223313233
T0.041 Å20.0008 Å2-0.0082 Å2-0.0454 Å20.0004 Å2--0.0415 Å2
L0.45 °2-0.139 °2-0.1366 °2-0.6074 °2-0.24 °2--0.1826 °2
S0.0188 Å °-0.0077 Å °0.0138 Å °-0.0219 Å °0.0174 Å °0.0156 Å °0.0083 Å °-0.0019 Å °0.0001 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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