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- PDB-9ob1: S.c INO80 in complex with Yeast 0/80 nucleosome, Apo State -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ob1
タイトルS.c INO80 in complex with Yeast 0/80 nucleosome, Apo State
要素
  • (Chromatin-remodeling ...) x 2
  • (DNA (227-MER)) x 2
  • (RuvB-like protein ...) x 2
  • Actin-related protein 5
  • Histone H2A.1
  • Histone H2B.1
  • Histone H3
  • Histone H4
  • Ino eighty subunit 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Chromatin Remodeler / nucleosome / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / cupric reductase (NADH) activity / TTT Hsp90 cochaperone complex / HATs acetylate histones / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / Condensation of Prophase Chromosomes / : / : / Assembly of the ORC complex at the origin of replication ...sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / cupric reductase (NADH) activity / TTT Hsp90 cochaperone complex / HATs acetylate histones / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / Condensation of Prophase Chromosomes / : / : / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / R2TP complex / HDACs deacetylate histones / regulation of TOR signaling / Swr1 complex / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Oxidative Stress Induced Senescence / Ino80 complex / telomere maintenance via recombination / RMTs methylate histone arginines / ATP-dependent chromatin remodeler activity / regulation of metabolic process / DNA damage tolerance / box C/D snoRNP assembly / cellular response to stress / 3'-5' DNA helicase activity / RNA Polymerase I Promoter Escape / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / NuA4 histone acetyltransferase complex / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / rRNA transcription / intracellular copper ion homeostasis / chromosome, centromeric region / Ub-specific processing proteases / subtelomeric heterochromatin formation / enzyme regulator activity / CENP-A containing nucleosome / DNA helicase activity / aerobic respiration / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / rRNA processing / structural constituent of chromatin / heterochromatin formation / nucleosome / chromatin organization / histone binding / 5'-3' DNA helicase activity / transcription by RNA polymerase II / DNA helicase / chromosome, telomeric region / protein stabilization / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / DNA repair / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DBINO domain / DNA helicase Ino80 / DNA-binding domain / DBINO domain profile. / INO80 complex, subunit Ies6 / INO80 complex subunit B-like conserved region / INO80 complex, subunit Ies2 / PAPA-1-like conserved region / PAPA-1 / : ...DBINO domain / DNA helicase Ino80 / DNA-binding domain / DBINO domain profile. / INO80 complex, subunit Ies6 / INO80 complex subunit B-like conserved region / INO80 complex, subunit Ies2 / PAPA-1-like conserved region / PAPA-1 / : / Vps72/YL1, C-terminal / YL1 nuclear protein C-terminal domain / YL1 nuclear protein C-terminal domain / RuvB-like / RuvB-like, AAA-lid domain / RuvBL1/2, DNA/RNA binding domain / TIP49 P-loop domain / TIP49 AAA-lid domain / TIP49, P-loop domain / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Actin / Actin family / Actin / : / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Helicase conserved C-terminal domain / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / ATPase, nucleotide binding domain / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Histone-fold / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H2B.1 / Histone H2A.1 / Chromatin-remodeling complex subunit IES6 / Ino eighty subunit 2 / Chromatin-remodeling ATPase INO80 / Actin-related protein 5 ...ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H2B.1 / Histone H2A.1 / Chromatin-remodeling complex subunit IES6 / Ino eighty subunit 2 / Chromatin-remodeling ATPase INO80 / Actin-related protein 5 / Histone H3 / Histone H4 / RuvB-like protein 1 / RuvB-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wu, H. / Kaur, U. / Narlikar, G.J. / Cheng, Y.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD) 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Autoinhibition imposed by a large conformational switch of INO80 regulates nucleosome positioning.
著者: Upneet Kaur / Hao Wu / Yifan Cheng / Geeta J Narlikar /
要旨: Increasing the flanking DNA from 40 to 80 base pairs (bp) causes ~100-fold faster nucleosome sliding by INO80. A prevalent hypothesis posits that the Arp8 module within INO80 enables a ruler-like ...Increasing the flanking DNA from 40 to 80 base pairs (bp) causes ~100-fold faster nucleosome sliding by INO80. A prevalent hypothesis posits that the Arp8 module within INO80 enables a ruler-like activity. Using cryogenic electron microscopy, we show that on nucleosomes with 40 bp of flanking DNA, the Arp8 module rotates 180° away from the DNA. Deleting the Arp8 module enables rapid sliding irrespective of flanking DNA length. Thus, rather than enabling a ruler-like activity, the Arp8 module acts as a brake on INO80 remodeling when flanking DNA is short. This autoinhibition-based mechanism has broad implications for understanding how primitive nucleosome mobilization enzymes may have evolved into sophisticated remodelers.
履歴
登録2025年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: DNA (227-MER)
J: DNA (227-MER)
Q: Chromatin-remodeling ATPase INO80
R: Actin-related protein 5
S: Chromatin-remodeling complex subunit IES6
T: RuvB-like protein 1
U: RuvB-like protein 2
V: RuvB-like protein 1
W: RuvB-like protein 2
X: RuvB-like protein 1
Y: RuvB-like protein 2
Z: Ino eighty subunit 2
A: Histone H3
B: Histone H4
C: Histone H2A.1
D: Histone H2B.1
E: Histone H3
F: Histone H4
G: Histone H2A.1
H: Histone H2B.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)873,63326
ポリマ－871,06920
非ポリマー2,5636
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#1: DNA鎖 DNA (227-MER)


分子量: 69840.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (227-MER)


分子量: 70347.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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Chromatin-remodeling ... , 2種, 2分子 QS

#3: タンパク質 Chromatin-remodeling ATPase INO80 / Inositol-requiring protein 80


分子量: 171693.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: P53115, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#5: タンパク質 Chromatin-remodeling complex subunit IES6 / Ino eighty subunit 6


分子量: 18564.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: MSGSRGNSSNSSVSNNSNNNNNNDGGDERLLFLRSVGERNEIGFPSRFKSAHYKKPTRRHKSARQLISDENKRINALLTK ANKAAESSTAARRLVPKATYFSVEAPPSIRPAKKYCDVTGLKGFYKSPTNNIRYHNAEIYQLIVKPMAPGVDQEYLKLRG ANFVLK
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32617

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タンパク質 , 6種, 10分子 RZAEBFCGDH

#4: タンパク質 Actin-related protein 5 / Actin-like protein ARP5


分子量: 87682.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53946
#8: タンパク質 Ino eighty subunit 2


分子量: 36210.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40154
#9: タンパク質 Histone H3


分子量: 15391.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: HHT1, YBR010W, YBR0201, HHT2, SIN2, YNL031C, N2749
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61830
#10: タンパク質 Histone H4


分子量: 11394.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62798
#11: タンパク質 Histone H2A.1


分子量: 14013.177 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: HTA1, H2A1, SPT11, YDR225W, YD9934.10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04911
#12: タンパク質 Histone H2B.1 / Suppressor of Ty protein 12


分子量: 14280.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: HTB1, H2B1, SPT12, YDR224C, YD9934.09C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02293

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RuvB-like protein ... , 2種, 6分子 TVXUWY

#6: タンパク質 RuvB-like protein 1 / RUVBL1 / TIP49-homology protein 1 / TIP49a homolog


分子量: 50516.941 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03940, DNA helicase
#7: タンパク質 RuvB-like protein 2 / RUVBL2 / TIP49-homology protein 2 / TIP49b homolog


分子量: 51673.488 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12464, DNA helicase

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非ポリマー , 1種, 6分子

#13: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: S.c INO80 in complex with Yeast 0/80 nucleosome, Apo State
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#12 / 由来: MULTIPLE SOURCES
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: OTHER

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 47.7 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17836 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00541727
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.90957675
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d23.1837746
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0526709
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0076361

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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