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- PDB-9oau: TNA polymerase, 7-47, binary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9oau
タイトルTNA polymerase, 7-47, binary complex
要素
  • 7-47, TNA polymerase
  • Primer
  • Template
キーワードTRANSFERASE/DNA / Enzyme Engineering / B-Family Polymerase / TNA Polymerase / Polymerase / Binary Complex / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性Chem-5CY / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Lee, J.J. / Maola, V.A. / Chim, N. / Chaput, J.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB 1946312 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Directed evolution of a TNA polymerase identifies independent paths to fidelity and catalysis.
著者: Hajjar, M. / Maola, V.A. / Lee, J.J. / Holguin, M.J. / Quijano, R.N. / Nguyen, K.K. / Ho, K.L. / Medina, J.V. / Botello-Cornejo, E. / Barpuzary, B. / Chim, N. / Chaput, J.C.
履歴
登録2025年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年12月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22026年2月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 7-47, TNA polymerase
T: Template
P: Primer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,1349
ポリマ－99,4733
非ポリマー6616
水7,927440
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7260 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area36310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.216, 110.570, 124.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 7-47, TNA polymerase


分子量: 89999.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Homologous Recombination from Thermococcus gorgonarius (Tgo), Pyrococcus Deep Vent (DV), Thermococcus 9N (9N), and Thermococcus kodakarensis (Kod)
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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DNA鎖 , 2種, 2分子 TP

#2: DNA鎖 Template


分子量: 5525.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 Primer


分子量: 3948.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 446分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-5CY / 1-(3-hydroxypropyl)-2-{(1E,3E,5E)-5-[1-(3-hydroxypropyl)-3,3-dimethyl-1,3-dihydro-2H-indol-2-ylidene]penta-1,3-dien-1-y l}-3,3-dimethyl-3H-indolium / N,N'-(dipropyl)-tetramethylindodicarbocyanine


分子量: 471.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H39N2O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.06 M magnesium chloride hexahydrate, 0.06 M calcium chloride dihydrate, 0.1 M imidazole, 0.1 M 2-(N-morpholino) ethanesulfonic acid pH 6, 19 % glycerol, and 9 % polyethylene glycol 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→50.6 Å / Num. obs: 62311 / % possible obs: 98.23 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 23.69 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.94
反射 シェル解像度: 2.18→2.258 Å / Rmerge(I) obs: 0.265 / Num. unique obs: 6183 / CC1/2: 0.772

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Blu-Iceデータ収集
iMOSFLMデータ削減
pointlessデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.18→50.6 Å / SU ML: 0.2074 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.7444
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2258 2000 3.21 %
Rwork0.1884 60311 -
obs0.1896 62311 98.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→50.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6238 635 45 440 7358
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00287131
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00129753
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04071039
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00381141
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.581167
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.18-2.230.26271440.21694318X-RAY DIFFRACTION99.44
2.23-2.290.27771410.21214284X-RAY DIFFRACTION99.39
2.29-2.360.24841420.20424274X-RAY DIFFRACTION99.1
2.36-2.440.23251430.2014309X-RAY DIFFRACTION99.02
2.44-2.520.23681420.20244289X-RAY DIFFRACTION98.99
2.52-2.630.25771390.20474191X-RAY DIFFRACTION96.5
2.63-2.750.27931390.21394193X-RAY DIFFRACTION96.4
2.75-2.890.23281440.2074336X-RAY DIFFRACTION99.36
2.89-3.070.28411430.2054343X-RAY DIFFRACTION99.31
3.07-3.310.23241440.20734320X-RAY DIFFRACTION98.85
3.31-3.640.20951440.18534333X-RAY DIFFRACTION98.48
3.64-4.170.19921400.16454247X-RAY DIFFRACTION95.85
4.17-5.250.18241460.14894417X-RAY DIFFRACTION98.94
5.25-50.60.20121490.17984457X-RAY DIFFRACTION95.92
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -32.0006138588 Å / Origin y: -2.27749395702 Å / Origin z: 13.2230858692 Å
111213212223313233
T0.159661282711 Å20.00209233661452 Å20.0133934633412 Å2-0.187226404545 Å20.00345844135644 Å2--0.188473973512 Å2
L0.0486409714881 °2-0.0397802213992 °20.0530228267597 °2-0.265202517 °20.0313015016078 °2--0.320773951231 °2
S0.00114317359546 Å °-0.00203563705493 Å °-0.0214056847098 Å °0.0157321788506 Å °-0.00692541988611 Å °-0.00747213176127 Å °0.0273785734869 Å °0.0490229942556 Å °7.01297750633E-5 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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