PDB-9oan: Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase from Cryptospo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9oan

タイトル

Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase from Cryptosporidium parvum in complex with with guanosine-5'-diphosphate and AMP-PNP

要素

nucleoside-diphosphate kinase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase Cryptosporidium parvum in complex with guanosine-5'-diphosphate and AMP-PNP
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2025年4月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9oan.cif.gz	202 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9oan.ent.gz	159.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9oan.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/9oan ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/9oan	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: nucleoside-diphosphate kinase

B: nucleoside-diphosphate kinase

C: nucleoside-diphosphate kinase

ヘテロ分子

54.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.829, 69.829, 316.142
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-388- HOH
2	1	C-404- HOH

#1: タンパク質	nucleoside-diphosphate kinase 分子量: 17612.361 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム) 遺伝子: cgd4_1940 / プラスミド: CrpaA.01302.a.B2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5CR64, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.58 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Berkeley F12: 25% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 8.9 mg/mL. Crystals soaked for 4 hours in 10mM ANP and GDP, 5mM MgCl2 in 40% MPD, 0.1M sodium ...詳細: Berkeley F12: 25% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 8.9 mg/mL. Crystals soaked for 4 hours in 10mM ANP and GDP, 5mM MgCl2 in 40% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. Ligands only bound if ANP is present. GDP only soaks did not produce binding. plate Liu-S-177 D2, Puck: PSL-0509, Cryo: direct from soaking solution

結晶

マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.58 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Berkeley F12: 25% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 8.9 mg/mL. Crystals soaked for 4 hours in 10mM ANP and GDP, 5mM MgCl2 in 40% MPD, 0.1M sodium ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年4月5日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→48.03 Å / Num. obs: 58143 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 17.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.106 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.109 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I): 18.7 / Num. measured all: 1010359
反射シェル	解像度: 1.63→1.67 Å / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 0.993 / Num. measured all: 34813 / Num. unique obs: 3978 / CC_1/2: 0.718 / R_pim(I) all: 0.346 / R_rim(I) all: 1.055 / Χ²: 0.69 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_5438: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.63→48.03 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1708	2910	5.02 %
R_work	0.1497	-	-
obs	0.1508	57987	99.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.63→48.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3497	0	90	390	3977

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3770
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.117	5128
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.583	1504
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	558
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.017	651

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.63-1.66	0.2437	136	0.2695	2414	X-RAY DIFFRACTION	93
1.66-1.69	0.258	133	0.2298	2444	X-RAY DIFFRACTION	96
1.69-1.72	0.259	122	0.2084	2501	X-RAY DIFFRACTION	97
1.72-1.75	0.2014	146	0.1793	2589	X-RAY DIFFRACTION	99
1.75-1.78	0.2277	136	0.1683	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.82	0.1787	149	0.1587	2560	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.87	0.1754	134	0.1538	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.91	0.1939	131	0.1647	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.96	0.1971	149	0.1721	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.02	0.1641	118	0.1393	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.09	0.1617	128	0.1394	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.16	0.1668	159	0.1351	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.25	0.1665	144	0.1368	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.35	0.1808	120	0.1402	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.47	0.1597	138	0.1408	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.63	0.1667	133	0.1529	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.83	0.1855	162	0.1453	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-3.12	0.1693	123	0.1476	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.57	0.1773	152	0.1389	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-4.5	0.1321	152	0.1262	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5-48.03	0.1591	145	0.1647	2996	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3649	0.2595	0.0784	0.1742	-0.0201	0.5778	-0.0167	-0.0091	0.0384	-0.0039	-0.0528	0.0102	-0.0365	-0.1112	-0.0403	0.1114	0.0341	-0.001	0.1489	-0.0045	0.1701	3.5249	37.2837	19.6134
2	0.304	0.4117	-0.2827	0.441	-0.469	0.8808	-0.2071	0.2678	-0.1066	-0.4343	0.1157	-0.1654	0.8309	-0.4777	-0.0064	0.2743	-0.0458	0.0274	0.351	-0.0446	0.2177	-12.2849	29.6669	10.9494
3	0.3025	-0.1633	0.2084	0.483	0.26	0.3943	0.0059	0.0743	-0.0063	-0.0619	-0.009	0.0341	0.0038	-0.0789	0	0.1253	0.0296	-0.0069	0.1669	0.003	0.165	4.51	32.0209	11.7417
4	0.0907	0.0152	-0.0262	0.011	-0.0377	0.0487	-0.0591	0.0937	0.1712	-0.2099	-0.1127	0.1867	-0.1335	-0.2267	-0.0077	0.186	0.0684	-0.0656	0.2069	-0.025	0.2344	-6.7552	43.3532	9.8974
5	0.0986	0.0291	0.0715	0.4199	0.4311	0.4054	-0.0168	0.0283	0.1972	-0.0887	-0.0493	0.0788	-0.2194	-0.0509	-0.0006	0.1945	0.0531	-0.0239	0.1656	0.0186	0.2328	6.5628	51.5206	19.2222
6	0.5608	0.0299	0.3995	0.0713	0.0409	0.8016	-0.0098	0.004	-0.01	-0.0069	0.0188	0.0222	0.2722	0.1233	0.063	0.2238	0.0814	0.0126	0.1683	0.0105	0.1534	20.4817	9.561	19.8022
7	0.2489	-0.054	-0.2808	0.4439	0.4193	0.6146	-0.0259	0.4151	0.0128	-0.2083	0.0566	0.1042	-0.2813	0.5704	0.0029	0.6778	0.1257	-0.0359	0.5229	-0.032	-0.101	31.502	1.2452	4.9551
8	0.6899	0.6312	0.1992	0.5748	0.1806	0.0602	-0.1112	0.2959	0.2336	-0.5988	0.1001	-0.087	-0.2581	0.4223	-0.035	0.3977	0.1364	0.0565	0.3527	0.0056	0.207	35.291	4.6884	14.1213
9	0.2629	0.0851	-0.2889	0.2331	0.059	0.4878	-0.0061	0.0805	-0.018	-0.0908	0.0208	0.0194	0.1992	0.1021	0.0006	0.1861	0.0545	-0.0018	0.1642	0.0054	0.1565	21.4956	15.061	12.3523
10	1.4217	0.0723	0.1192	0.4414	-0.315	0.2647	-0.1427	0.1262	-0.2138	0.1851	0.0733	-0.1348	0.7373	0.2607	-0.0438	0.449	0.0442	0.0297	0.1317	-0.0423	0.2026	17.4985	-0.4007	12.2245
11	0.3954	0.514	0.1315	0.7528	0.3621	0.4252	0.0968	-0.0886	0.005	-0.0089	-0.3034	0.3232	0.5703	-0.3986	-0.1682	0.3246	-0.0565	0.0457	0.1461	0.0516	0.1421	4.3627	8.6445	22.5333
12	0.2459	-0.2301	-0.1972	0.4744	0.3383	0.7652	0.0393	0.0086	0.052	-0.0561	-0.0285	-0.0263	-0.1178	0.2148	-0.0034	0.1228	0.0003	0.0126	0.2261	0.0224	0.1662	33.9572	40.5736	16.7267
13	0.068	-0.1189	0.0064	0.2431	-0.0258	0.4473	0.0364	0.2367	0.0976	-0.3894	-0.1181	0.2022	-0.1928	-0.4572	-0.0758	0.5153	0.2235	0.0311	0.542	0.1669	0.0686	33.8034	52.7376	0.5994
14	0.0757	0.0681	0.024	0.0846	0.0297	0.0251	0.3966	0.3294	0.1005	-0.0501	-0.3053	0.3155	-0.3588	-0.5771	-0.008	0.3691	0.0855	0.0306	0.3338	0.0943	0.2407	30.7327	55.4564	10.0679
15	0.3719	-0.354	-0.1753	0.2503	-0.102	0.3991	0.0097	0.108	-0.0442	-0.1178	-0.0278	0.0406	-0.0038	0.1471	-0.0016	0.1276	0.0138	0.0057	0.2063	0.0204	0.1623	28.0745	36.2187	10.4818
16	0.0639	-0.0235	-0.0727	0.1317	0.0547	0.0315	-0.0061	0.1662	0.0973	-0.0479	0.0059	-0.0011	-0.1008	0.1261	-0.0039	0.1387	-0.0099	0.0124	0.2664	0.0215	0.1604	34.1354	42.8752	8.6915
17	0.3513	-0.2026	0.1346	0.1452	-0.1552	0.157	-0.0556	0.0038	-0.0945	-0.1577	0.0108	-0.2216	0.0598	0.2589	-0.016	0.1262	0.0517	0.013	0.3222	0.0044	0.1828	43.3269	27.5128	19.2599

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 25 through 64 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 65 through 92 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 93 through 143 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 144 through 154 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 155 through 173 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 25 through 73 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 74 through 82 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 83 through 92 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 93 through 143 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 144 through 154 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 155 through 173 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 25 through 73 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 74 through 82 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 83 through 92 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 93 through 129 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 130 through 154 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 155 through 173 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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