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- PDB-9oak: Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase from Cryptospo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9oak
タイトルCrystal structure of nucleoside-diphosphate kinase from Cryptosporidium parvum in complex with cytidine-5'-diphosphate and cytidine-5'-triphosphate
要素nucleoside-diphosphate kinase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / nucleoside-diphosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00036 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030394 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase Cryptosporidium parvum in complex with cytidine-5'-diphosphate and cytidine-5'-triphosphate
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P.
履歴
登録2025年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: nucleoside-diphosphate kinase
B: nucleoside-diphosphate kinase
C: nucleoside-diphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0127
ポリマ－53,0773
非ポリマー9354
水7,728429
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6770 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area19890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.734, 69.734, 316.121
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-418-

HOH

21C-374-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 nucleoside-diphosphate kinase


分子量: 17692.340 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム)
遺伝子: cgd4_1940 / プラスミド: CrpaA.01302.a.B2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5CR64, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 化合物 ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 483.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CDP / CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 403.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N3O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.15 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Berkeley F12: 25% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 8.9 mg/mL. Crystals soaked for 4 hours in 10mM ligand, 5mM MgCl2 in 40% MPD, 0.1M sodium Formate, ...詳細: Berkeley F12: 25% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 8.9 mg/mL. Crystals soaked for 4 hours in 10mM ligand, 5mM MgCl2 in 40% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. Subunit A contains partially occupied CTP and HIP from reaction. Subunit C contains partially occupied CDP and HIP. plate Liu-S-177 D2, Puck: PSL-0503, Cryo: direct from soaking solution

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年4月5日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→47.99 Å / Num. obs: 60534 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.102 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 19.8 / Num. measured all: 1023118
反射 シェル解像度: 1.61→1.65 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.869 / Num. measured all: 32252 / Num. unique obs: 4362 / CC1/2: 0.765 / Rpim(I) all: 0.335 / Rrim(I) all: 0.934 / Χ2: 0.68 / Net I/σ(I) obs: 1.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_5669: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.61→47.99 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1715 3014 4.99 %
Rwork0.1449 --
obs0.1462 60366 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.61→47.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3519 0 56 429 4004
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093765
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0475120
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4091517
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058563
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011655
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.61-1.640.29061520.27442526X-RAY DIFFRACTION100
1.64-1.660.24331270.22382575X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.690.2269970.1912548X-RAY DIFFRACTION100
1.69-1.720.22161340.17492548X-RAY DIFFRACTION100
1.72-1.750.21751280.16432567X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.790.19321340.15252566X-RAY DIFFRACTION100
1.79-1.830.19161310.14722569X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.870.16781320.15022527X-RAY DIFFRACTION100
1.87-1.920.17441560.15182547X-RAY DIFFRACTION100
1.92-1.970.17921330.1532572X-RAY DIFFRACTION100
1.97-2.030.17241570.132553X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.090.16061280.12712591X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.170.14381390.12422592X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.260.16741400.1282583X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.360.17851440.12952576X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.480.15571290.13722625X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.640.18471450.1472613X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.840.1591130.14582658X-RAY DIFFRACTION100
2.84-3.130.15831220.1442674X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.580.16581490.13782671X-RAY DIFFRACTION100
3.58-4.510.1361600.12352729X-RAY DIFFRACTION100
4.51-47.990.19261640.16332942X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.0974 Å / Origin y: 28.7826 Å / Origin z: 14.1556 Å
111213212223313233
T0.1216 Å20.0247 Å20.0001 Å2-0.1407 Å20.0079 Å2--0.1084 Å2
L0.4051 °2-0.0501 °20.0078 °2-0.2672 °20.0548 °2--0.3715 °2
S0.0075 Å °0.0539 Å °0.0099 Å °-0.0521 Å °-0.014 Å °0.0085 Å °0.0274 Å °0.0281 Å °0.0069 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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